场景

从GISAID上面批量下载下来的序列id很长，格式如下：



太长了，并且makeblastdb的时候-parse_seqids参数会导致报错，大概是长度太长不符合要求无法处理之类的。

不作处理去掉-parse_seqids也没问题，不过怕后期引起不必要的麻烦，这个时候就需要处理一下这些id

sed

想着直接sed处理一下就好，因为有两个“|”存在，结果发现sed没法做到非贪婪……

grep '>' ../gisaid.fasta|sed s/hMpxV.*?\|//g|less

没效果啊~

添加-r用扩展的正则也没用~

看help，sed也没有-p参数……

原来sed并不支持“非贪婪”的正则，有地方是这么解释的：

https://www.codenong.com/40117611/

https://qa.1r1g.com/sf/ask/2808232801/

大概就是说非贪婪匹配是通过perl的PCRE引入主流的，而sed的规范比PCRE早了好几年……

有点难以令人信服……

解决

不支持就绕道吧，不要中间有“|”就得了

grep '>' ../gisaid.fasta|sed s/hMpxV[^\|]*\|//g|less

就这样吧

sed -i s/hMpxV[^\|]*\|//g gisaid.fasta

sed -i s/\|.*//g gisaid.fasta

原来sed不支持非贪婪匹配的更多相关文章

  1. VIM 用正则表达式,非贪婪匹配,匹配竖杠,竖线, 匹配中文,中文正则,倒数第二列, 匹配任意一个字符 :

    VIM 用正则表达式 批量替换文本,多行删除,复制,移动 在VIM中 用正则表达式 批量替换文本,多行删除,复制,移动 :n1,n2 m n3     移动n1-n2行(包括n1,n2)到n3行之下: ...

  2. php正则贪婪匹配与非贪婪匹配一些例子

    http://www.111cn.net/phper/210/55600.htm 贪婪模式匹配的原则是: 在可匹配也可不匹配的情况下, 优先匹配,直到不能匹配成功的情况下,记录备选状态,并把匹配控制交 ...

  3. PHP正则 贪婪匹配与非贪婪匹配

    $str = ".abcdeabcde"; preg_match('/a.+?e/', $str, $match); print_r($match); Array ( [0] =& ...

  4. Delphi 正则表达式语法(6): 贪婪匹配与非贪婪匹配

    Delphi 正则表达式语法(6): 贪婪匹配与非贪婪匹配 //贪婪匹配 var   reg: TPerlRegEx; begin   reg := TPerlRegEx.Create(nil);   ...

  5. 正则表达式 整理(\w \s \d 点 贪婪匹配 非贪婪匹配 * + ? {} | [] ^ $ \b 单词边界 分组、re.findall()、re.split()、re.search()、re.match()、re.compile()、re.sub())

    re.findall  匹配到正则表达式的字符,匹配到的每个字符存入一个列表,返回一个匹配到的所有字符列表 一. 匹配单个字符 import re # \w 匹配所有字母.数字.下划线 re.find ...

  6. shell 中 贪婪匹配 和 非贪婪匹配

    举个栗子: v=jfedu.shiyiwen.com echo ${v%.*} 一个%为非贪婪匹配,即匹配最短结果.%从右到左进行非贪婪匹配,匹配什么呢? 匹配已 .*的字符. 那么当然是匹配到了.c ...

  7. re模块中的非贪婪匹配

    python的re模块中有贪婪匹配和非贪婪匹配之分,当使用*时会匹配零个或多个,使用+时会匹配一个或多个.当使用?在前边特殊符号前时会进行非贪婪匹配,匹配零个或者一个,今天主要讨论非贪婪匹配中存在的坑 ...

  8. re 正则匹配的非贪婪匹配

    非贪婪匹配 将尽可能少的匹配内容,当?出现在其他的重复次数后面时会将贪婪模式改为非贪婪模式. ? 如 abc.*? abc.+? 非贪婪匹配:尽可能少的匹配{n,}?{,n}?{n,m}?*? # * ...

  9. 廖雪峰Java9正则表达式-2正则表达式进阶-5非贪婪匹配

    1.贪婪匹配 问题:给定一个字符串表示的数字,判断该数字末尾0的个数? "123000": 3个0 "10100": 2个0 "1001": ...

  10. 正则表达式之前戏、字符组、量词、特殊符号、贪婪与非贪婪匹配等，python正则模块之re

    目录 正则表达式前戏 正则表达式之字符组 正则表达式之特殊符号 正则表达式之量词 贪婪匹配与非贪婪匹配 转义符 正则表达式实战建议 re模块 re模块补充说明 作业 正则表达式前戏 案例:京东注册手机 ...

随机推荐

  1. debian / deepin （Ubuntu）安装 mariadb

    debian / deepin 安装 mariadb 安装步骤: LINUX安装mariadb本质和mysql一致,可以参考官网教程进行安装.https://mariadb.org/download/ ...

  2. webpack从零开始打造react项目(更新中...)

    创建项目 创建文件夹 webpack-test  使用编辑器打开文件夹,我们初始化管理包 npm init -y 生成一个默认的 pageage.json 文件 要想创建react项目,思考我们之前使 ...

  3. python中如何获取主机的ip和主机名

    使用python中的socket库,可以轻松获取主机ip和主机名. 一.获取主机名 import socket hostname = socket.gethostname() print(hostna ...

  4. Pycharm实现sqlite数据库可视化

  5. Counting Triangles

  6. 二进制k8s 集群新增加node 节点

    环境 名称 ip地址 cpu 内存 lgy-k8s-master0021 10.65.0.21 4c 8G lgy-k8s-node0012 10.65.0.12 4c 8G node节点初始化(以新 ...

  7. 在子组件中使用$parent获取不到父组件里的变量值?

    一直用的都是this.$parent来取父组件的值,现在发现,element-UI内的组件,也是一层父组件 例如 父组件内 子组件内   console.log 打印结果

  8. antd Vue--this.$confirm弹窗使用

    看API中this.$confirm弹窗使用不对 讲的也不明确,在此记录下正确的用法 this.$confirm("确认删除文件?",{ type:'error'}).then(( ...

  9. python web学习

    Web http.server 最简单的,一句命令搞定: # python -m http.server 8001 然后一个常见的文件目录下载竟然就搞定了,太神奇了: WSGI接口 Web Serve ...

  10. linux改变用户属主

    将test文件的属主改为root:sudo chown root test 改变所在组:sudo chgrp root test 同时改变属主和所在组:sudo chown root.root tes ...