一些常用基本概念的介绍:
flowcell流动池

是指Illumina测序时,测序反应发生的位置,1个flowcell含有8条lane

lane通道

每一个flowcell上都有8条泳道,用于测序反应,可以添加试剂,洗脱等等

tile

每一次测序荧光扫描的最小单位

reads

指测序的结果,1条序列一般称为1条reads

bp

base pair碱基对,用于衡量序列长度

双端测序

指一条序列可能比较长如500bp,我们可以两端每端各测150bp

junction

上面说的双端测序,中间会留有200bp测不到的东西,我们叫junction

adapter

就是测序中需要的一段特定的序列,有类似于引物的功能

primer

PCR中的引物

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