bwa用法

一 建立索引

　　比对之前，需要对fasta文件构建FM-index索引：bwa index -a bwtsw hg19.fasta

　　生成 hg19.fasta.amb、hg19.fasta.ann、hg19.fasta.bwt、hg19.fasta.pac、hg19.fasta.sa四个文件。

　　起可参数 -a 有两种构建index算法: bwtsw 大的基因组数据，必须大于10MB，比如人的全基因组. is 默认的算法，速度较快，需要较大的内存，不能构建大于2GB的数据库

　　　　　　 -P  str  输出数据库的前缀，默认和输入的文件名一致。

二 比对

1. 　aln：  bwa aln hg19.fasta fq1.gz > aln_sa1.sai

　　　　　　　  bwa aln hg19.fasta fq2.gz > aln_sa2.sai

　　　　　　　  bwa sampe hg19.fasta aln_sa1.sa aln_sa2.sai fq1.gz fq2.gz > aln.sam

http://starsyi.github.io/2016/05/24/BWA-%E5%91%BD%E4%BB%A4%E8%AF%A6%E8%A7%A3/