在处理文本文件时,很多时候需要我们处理跨行的数据,但是用for循环处理不是很方便,想了一个歪招来处理不是很大的数据。

核心思想就是将上一行的东西存在一个列表里,到下一行用完这个数据在循环体里将列表初始化,再将这行数据存到列表里,这样循环就可以把两行数据联系起来。

另外这样做的还有另外一个好处,就是可以初始化第一行,我们可以通过判断这个“传递列表”空与否来区分标题行的输入和其他循环体的输入情况。

from __future__ import division

from sys import argv

from itertools import islice

Mutation = open('DivFile_sort_chr' + argv[1] +'.txt',"r")

REC = open('GeneticMap_Chr' + argv[1],"r")

RECList = open('REC_Chr_' + argv[1], "a")

transList = []

SNPPosList = []

rholist = []

for lines in islice(Mutation, 1, None):

    line = lines.strip('\n').split("\t")

    POS = line[0]

    SNPPosList.append(POS)

print "SNPPos done"

for lines in islice(REC, 1, None):

    line = lines.strip('\n').split("\t")

    if transList == []:

        transList.append((line[0],line[1]))

        RECList.write("position\trate\n")

        RECList.write('%s\t%s\n' %(line[0],0))

        print "headline"

    else:

        rho = (float(line[1]) - float(transList[0][1])) / (float(line[0]) - float(transList[0][0]))

        for i in SNPPosList:

            if int(i) < int(line[0]) and int(i) > int(transList[0][0]):

                index = int(SNPPosList.index(i) - 1)

                site_rho = (int(i) - int(SNPPosList[index])) * rho

                RECList.write('%s\t%s\n' %(i,site_rho))

            else:

                continue

        transList = []

        transList.append((line[0],line[1],rho))

        rholist.append(rho)

print rholist

for i in SNPPosList:

    if i > int(transList[0][0]):

        index = int(SNPPosList.index(i) - 1)

        site_rho = (int(i) - int(SNPPosList[index])) * rho

        RECList.write('%s\t%s\n' %(i,site_rho))

    else:

        continue

Mutation.close()

REC.close()

RECList.close()

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