Molecular Dynamics

First]前处理

Second]运行MD

Third]后处理

一、获得结构文件-来自实验数据或者某些化学软件工具

1】第一步: 获取并处理pdb文件

从Protein Data Bank下载小肽的pdb文件1OMB.PDB(或点击这里下载). 在Linux下你可使用如下命令:

wget http://www.rcsb.org/pdb/files/1OMB.pdb

二、选择力场，获得力场参数

pdb2gmx  -f *.pdb -o *.gro -ignh -ter -water spc

三、构建盒子（editconf），填充溶剂分子（genbox），添加离子（genion）

四、能量最小化Energy Minimination（grompp-->em.tpr；mdrun）

五、温度平衡（NVT），压力平衡（NPT）

六、成品MD模拟

七、结果分析