samtools的基本用法
1.sam,bam的格式转换:
$samtools view -sb file.sam >file.bam
$samtools view -sb file.sam -o file.bam
#sam文件转换为bam,-s 输入文件为sam -b 输出文件为bam $samtools view file.bam>file.sam
$samtools view -h file.bam -o file.sam
#bam文件转换为sam文件
2.对bam文件进行排序
$samtools sort -n -o file.sort file.bam
#以reads的名字排序,输入file.bam 输出file.sort
3.对bam文件进行简单的统计
$samtools flagstat file.bam
#得到比对的统计结果,包括比对率等等。。
4.筛选特定的区域
#筛选不需要的flag值
$samtools view –F 4 file.bam –o file.filter.sam #限定比对质量值最小值
$samtools view –q 20 file.bam –o file.quality.sam #得到指定位置的sam文件
$samtools view file.sort.bam Chr1:1-5000 –o file.position.sam
5.对多个read重复mapping 到基因组上同一个区域时,只保留匹配度最高的
$samtools rmdup file.bam file.rmdup.bam
6.合并某个样本的多个重复实验的bam文件
前提:bam文件已排序
#! /bin/bash
#合并test_L1.bam和test_L2.bam文件
samtools merge -h test.sam \
test_L1_L2.bam \
test_L1.sorted.bam \
test_L2.sroted.bam
#合并test_L1.bam和test_L2.bam文件中的指定区域chr7
samtools merge -h test.sam \
-R chr7
test_L1_L2.bam \
test_L1.sorted.bam \
test_L2.sroted.bam
samtools的基本用法的更多相关文章
- 区别samtools faid产生的.fai文件功能和bwa index 产生的四个文件的功能
samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件,根据这个.fai 文件和原始的fastsa文件, 能够快速的提取任意区域的序列 用法: samtools faidx ...
- samtools 使用简述
功能如下: 1.View 主要功能讲sam文件转位bam文件. 涉及的参数: -b 输出bam格式..默认是sam文件 -h 输出的sam文件带header..默认不带 -H 仅仅输出header - ...
- StringTie用法详解
StringTie 参考链接: https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual#input https://www.cnblog ...
- samtools
samtools 用法 samtools <command> [options] command 见以下列表, 每个 command 的 options 也不同 dict faidx in ...
- samtools软件的使用
1)samtools简介--------------------------------------------------------------------------背景:前面我们讲过sam/b ...
- samtools faidx 命令处理fasta序列
samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件,根据这个.fai 文件和原始的fastsa文件, 能够快速的提取任意区域的序列 用法: samtools faidx ...
- EditText 基本用法
title: EditText 基本用法 tags: EditText,编辑框,输入框 --- EditText介绍: EditText 在开发中也是经常用到的控件,也是一个比较必要的组件,可以说它是 ...
- jquery插件的用法之cookie 插件
一.使用cookie 插件 插件官方网站下载地址:http://plugins.jquery.com/cookie/ cookie 插件的用法比较简单,直接粘贴下面代码示例: //生成一个cookie ...
- Java中的Socket的用法
Java中的Socket的用法 Java中的Socket分为普通的Socket和NioSocket. 普通Socket的用法 Java中的 ...
随机推荐
- Servlet 表单数据
很多情况下,需要传递一些信息,从浏览器到 Web 服务器,最终到后台程序.浏览器使用两种方法可将这些信息传递到 Web 服务器,分别为 GET 方法和 POST 方法. GET 方法 GET 方法向页 ...
- Python urllib的urlretrieve()函数解析 (显示下载进度)
#!/usr/bin/python #encoding:utf-8 import urllib import os def Schedule(a,b,c): ''''' a:已经下载的数据块 b:数据 ...
- Intellij IDEA 搜索文件内容
位置:Edit-Find-Find in Path 把KeyMap改成Eclipse的就可以用Ctrl+H查找了.
- mybatis if test 相等的情况怎样动态拼接sql
今天程序须要依据前台的传过来的状态推断在数据库里是取 where a>b 还是 a<b 还是 a=0 的情况 搞了一下午最后试了下 在if 里面拼接 #{status}=#{statu ...
- redis 集群出现的错误
1 解决方法: 不用 Jedis jed =new jedis("192.168.56.101"); jed.set(key,value); 用 Set<HostAndPor ...
- android Service 保持不被杀死
Android开发的过程中,每次调用startService(Intent)的时候,都会调用该Service对象的onStartCommand(Intent,int,int)方法,然后在onStart ...
- 集成 SOLR 到 TOMCAT 中(傻瓜教程)
按照如下配置,整个 Solr 是绿色版的,可以将 Tomcat 目录复制到任何一个地方运行 1.下载 solr 4.3 版本 2.下载 Tomcat 7 ( 6 也可以),另外可以根据系统下载 32 ...
- iOS 数组的去重(普通的无序的去重和排序好的去重)
本文转载至 http://blog.csdn.net/zhaopenghhhhhh/article/details/24972645 有时需要将NSArray中去除重复的元素,而存在NSArray中的 ...
- Highway
Highway Accepted : 78 Submit : 275 Time Limit : 4000 MS Memory Limit : 65536 KB Highway In ICPCC ...
- <2013 12 17> 专业技能
Specialties: • Mechanical design modeling using Pro/ENGINEER and SolidWorks.• Robot control, path pl ...