1.sam,bam的格式转换:

$samtools view -sb file.sam >file.bam
$samtools view -sb file.sam -o file.bam
#sam文件转换为bam,-s 输入文件为sam -b 输出文件为bam $samtools view file.bam>file.sam
$samtools view -h file.bam -o file.sam
#bam文件转换为sam文件

2.对bam文件进行排序

$samtools sort -n -o file.sort file.bam
#以reads的名字排序,输入file.bam 输出file.sort

3.对bam文件进行简单的统计

$samtools flagstat file.bam
#得到比对的统计结果,包括比对率等等。。

 

4.筛选特定的区域

#筛选不需要的flag值
$samtools view –F 4 file.bam –o file.filter.sam #限定比对质量值最小值
$samtools view –q 20 file.bam –o file.quality.sam #得到指定位置的sam文件
$samtools view file.sort.bam Chr1:1-5000 –o file.position.sam

5.对多个read重复mapping 到基因组上同一个区域时,只保留匹配度最高的

$samtools  rmdup  file.bam  file.rmdup.bam

  

6.合并某个样本的多个重复实验的bam文件

前提:bam文件已排序

#! /bin/bash
#合并test_L1.bam和test_L2.bam文件
samtools merge -h test.sam \
test_L1_L2.bam \
test_L1.sorted.bam \
test_L2.sroted.bam
#合并test_L1.bam和test_L2.bam文件中的指定区域chr7
samtools merge -h test.sam \
-R chr7
test_L1_L2.bam \
test_L1.sorted.bam \
test_L2.sroted.bam

  

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