问题展开

学习生物信息的时候发现，需要将一个M * N的csv文件作为anndata文件的.X部分，一个M * 2的csv文件作为anndata文件的空间位置信息标识。

首先先读M*N的文件

mydata = pd.read_csv(denoised_result_path,sep='\t')

其次读取M * 2的csv文件

spot = pd.read_csv(spot_path,sep=',')

随后将M*N的文件转换为anndata格式

adata = anndata.AnnData(mydata)

然后检查作为adata文件的属性列obs的类型

发现adata.obs和spot的index是不同的



因此需要更改spot的index为adata的index类型格式

spot.index = adata.obs_names

随后便可以将spot这一dataframe添加为adata文件的一个属性列

adata.obsm['spatial'] = spot

adata.write_h5ad(denoised_sprod_path)

如何将一个h5ad文件内部添加一个csv文件作为属性obsm的更多相关文章

  1. 合并csv文件保存到一个csv文件中-保留表头

    主要实现功能: 在同一文件夹下的所有csv文件全部合并到同一个csv文件中,并将csv文件的表头保留 1 import os 2 import pandas as pd 3 path = os.get ...

  2. C#代码篇：代码产生一个csv文件调用有两个核心的坑

    忙活了半天终于可以开工了,a物品到底要不要放进去取决于两个因素,第一是a有4kg重,只有背包大于等于4kg的时候才能装进去(也就是说当i=1,k<4时f[i,k]=0):第二是当背包的重量大于等 ...

  3. 在Web.Config文件中使用configSource,避免动态修改web.config导致asp.net重启（另添加一个Config文件用于管理用户数据）

    原文:在Web.Config文件中使用configSource,避免动态修改web.config导致asp.net重启(另添加一个Config文件用于管理用户数据) 我们都知道,在asp.net中修改 ...

  4. C++ 把数组数据存入 CSV 文件，以及读取 CSV 文件的数据

    1. CSV-百度百科 2. 代码 #pragma once //Microsoft Visual Studio 2015 Enterprise #include<iostream> #i ...

  5. PyCharm在同一个包（package）下，如何把一个.py文件导入另外一个.py文件下

    PyCharm在同一个包(package)下,如何把一个.py文件导入另外一个.py文件下 在同一个包下只需要用import 掉以后就可以找到模块所在的位置,但是如果不在同一个包下,在需要返回父级调用 ...

  6. 向php文件中添加php.ini文件

    向php文件中添加php.ini文件 默认情况下,php是没有php.ini配置文件的,必须手工添加php.ini文件 在php安装目录中,复制php.ini文件到/usr/local/php/lib ...

  7. Linux内核驱动将多个C文件编译成一个ko文件的方法——每一个C文件中都有module_init与module_exit

    以两个C文件为例: 将本该被分别编译成adc_device.ko和adc_driver.ko的adc_device.c.adc_driver.c编译成一个ko文件! 採用方法: 第一步.改动C文件 1 ...

  8. gitignore文件中添加新过滤文件，但是此文件已经提交，如何解决？

    gitignore文件中添加新过滤文件,但是此文件已经提交到远程库,如何解决? 第一步,为避免冲突需要先同步下远程仓库 git pull 第二步,在本地项目目录下删除缓存 git rm -r --ca ...

  9. 多个.txt文件合并到一个.txt文件中

    如果想要将多个.txt文件合并到一个.txt文件中,可以先将所有.txt文件放到一个文件夹中,然后使用.bat文件完成任务. 例如,在一个文件夹下有1.txt, 2.txt, 3.txt三个文件,想把 ...

  10. 把当前文件夹的xlsx或xls文件合并到一个excel文件中的不同sheet中

    把当前文件夹的xlsx或xls文件合并到一个excel文件中的不同sheet中步骤如下: 把需要合并的文件放到同一个文件夹 在该文件夹中新建一个excel文件 打开新建的excel问价,把鼠标放到sh ...

随机推荐

  1. Python实验报告（第13章）

    实验13:Pygame游戏编程 一.实验目的和要求 学会Pygame的基本应用 二.Pygame的优点及应用 使用Python进行游戏开发的首选模块就是Pygame,专为电子游戏设计(包括图像.声音) ...

  2. CH334U与FE1.1S功能对比

    CH334U与FE1.1S功能对比 介绍: CH334U是符合 USB2.0 协议规范的高性能MTT 4 端口 USB2.0  HUB 控制器芯片,高ESD特性,工业级设计,外围精简,可应用于计算机和 ...

  3. Vue前后端分离实现登录的一个简单demo

    1.建立一个Maven项目,并添加Spring相关依赖 2.编写Controller类相应的接口和配置类 LoginController类,编写接口的业务逻辑 package com.springbo ...

  4. [深度学习] tf.keras入门5-模型保存和载入

    目录 设置 基于checkpoints的模型保存 通过ModelCheckpoint模块来自动保存数据 手动保存权重 整个模型保存 总体代码 模型可以在训练中或者训练完成后保存.具体文档参考:http ...

  5. [python]《Python编程快速上手:让繁琐工作自动化》学习笔记7

    1. 用GUI 自动化控制键盘和鼠标第18章 (代码下载) pyautogui模块可以向Windows.OS X 和Linux 发送虚拟按键和鼠标点击.根据使用的操作系统,在安装pyautogui之前 ...

  6. Java用户交互方法——Scanner

    Scanner用户交互 使用Next方法接收 Scanner scanner = new Scanner(System.in); if(scanner.hasNext()){//判断用户有无输入 St ...

  7. day07-Spring管理Bean-IOC-05

    Spring管理Bean-IOC-05 3.基于注解配置bean 3.3自动装配 基本说明: 基于注解配置bean,也可以实现自动装配,使用的注解是:@AutoWired或者@Resource @Au ...

  8. Python博客导航

    第一部分 - Python程序设计基础 第一章 - Python介绍 1.1 - Python简介 1.2 - Python准备 1.2 - 创建虚拟环境 第二章 - Python基础(建设中) 2. ...

  9. 上古神兵,先天至宝,Win11平台安装和配置NeoVim0.8.2编辑器搭建Python3开发环境(2023最新攻略)

    毫无疑问,我们生活在编辑器的最好年代,Vim是仅在Vi之下的神级编辑器,而脱胎于Vim的NeoVim则是这个时代最好的编辑器,没有之一.异步支持.更好的内存管理.更快的渲染速度.更多的编辑命令,是大神 ...

  10. 数学工具类Math-练习

    数学工具类Math 概述 java.lang.Math 类包含用于执行基本数学运算的方法,如初等指数.对数.平方根和三角函数.类似这样的工具 类,其所有方法均为静态方法,并且不会创建对象,调用起来非常 ...