Linux一些错误总结

1、cannot verify <mydomainname> certificate, issued by ‘/C=US/O=Let’s Encrypt/CN=R3’:

解决1：wget --no-check-certificate <website> //再运行一遍

解决2：sudo yum install -y ca-certificates //之后再运行wget命令下载

也可参考https://www.openssl.org/blog/blog/2021/09/13/LetsEncryptRootCertExpire/

2、Archive: fastqc_v0.11.9.zip //解压zip文件式出现错误

解压zip文件出错一般有两种情况：

1.文件未完全下载（可在windows系统上试试能够能解压文件）

2.下载下来的文件并不是.zip格式

使用MD5校验：

md5sum fastqc_v0.11.9.zip

output: ee7901b681bb2762d75d5a56c7ec6958  fastqc_v0.11.9.zip

接下来，尝试文件类型：

file fastqc_v0.11.9.zip

output: fastqc_v0.11.9.zip: Zip archive data, at least v2.0 to extract

如果这两个输出结果不完全一样，可能是zip文件损坏。

对于文件损坏的情况，解决方法：

使用 curl -L 下载地址 > 自定义文件名.zip 命令进行下载
在下载地址的后面加上 ?raw=true

若文件没有损坏：可以安装使用jar、7z命令解压尝试。

3、wget下载速度奇慢

wget相对于浏览器来说，速度会比较偏慢，特别是国外的网站。

mwget是一个多线程下载应用，可以明显提高下载速度。

mwget安装步骤如下：

#!/bin/bash

wget http://jaist.dl.sourceforge.net/project/kmphpfm/mwget/0.1/mwget_0.1.0.orig.tar.bz2

yum install bzip2 gcc-c++ openssl-devel intltool -y #安装一个c++编译器

bzip2 -d mwget_0.1.0.orig.tar.bz2

tar -xvf mwget_0.1.0.orig.tar

cd mwget_0.1.0.orig

./configure 　　#一般用来生成 Makefile，为下一步的编译做准备，你可以通过在 configure 后加上参数来对安装进行控制，比如代码:./configure –prefix=/usr 意思是将该软件安装在/usr下面

make　　　　　　 #编译，大多数的源代码包都需经过这一步进行编译

make install　　#开始安装

#一般都需要在root权限下编译安装

类似的也有：CentOS7更换yum安装源

若安装mwget出现问题，可参考：mwget安装常见问题

mwget源码安装

安装系统需要的包就行，sudo yum install openssl-devel.x86_64

4、批量解压zip文件时报错

在尝试使用单个zip命令解压缩整个 zip 目录，可能会出现以上报错

*符号必须被转义，因此，需要添加转义符

unzip \*.zip

你也可以参考文件名不匹配寻找更多解决方法。

5、ImportError: /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.25' 问题解决

安装OrthoFinder 后，打印帮助文件时报错如下

载入OrthoFinder时提示Glibc版本过低，需要升级到指定版本。

升级glibc版本前需要做好gcc，make，bison的升级。

gcc可以实现Linux上的多版本安装，高版本的gcc安装见后文。

# 安装gcc-4.8

sudo yum install gcc-4.8

# 设置gcc-4.8的优先级

sudo update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/bin/gcc 40

# 设置gcc-8.2的优先级 //笔者新版gcc-8.2安装至/usr/local/bin #此路径根据实际情况更改，不可覆盖/usr/bin/gcc

sudo update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/local/bin/gcc 50 #一般需要将新版本gcc安装到其他目录，在这一步写出即可

# 修改系统中的默认gcc版本

sudo update-alternatives --config gcc

说明: 执行sudo update-alternatives --config gcc之后,就会跳出选项,输入gcc版本对应的数字,就会选择对应的gcc版本作为默认版本，如下图。

#删除多余版本时我们可以使用 --remove加以删除

update-alternatives –remove java /usr/lib/jvm/jre1.6.0_20/bin/java

extra knowledge

上述update-alternatives的用于修改系统中命令的实际执行程序.

--install <链接> <名称> <路径> <优先级> 在系统中加入一组候选项

<链接>: /usr/bin/gcc 为系统中某命令的具体路径,本文中指的就是在终端中执行gcc命令,会调用/usr/bin/gcc.

<名称>: gcc 为在终端中执行的具体命令,本文中指gcc

<路径>: /usr/bin/gcc-4.8和/usr/bin/gcc-5 为在终端中输入命令后,具体的执行程序的路径.本文中指在终端中输入gcc,具体调用的程序路径

<优先级>: 40和50,是一个整数，在自动模式下，这个数字越高的选项，其优先级也就越高。

--config <名称> 列出 <名称> 替换组中的可选项，并就使用其中哪一个，征询用户的意见。

<名称>: 即上面说的终端中的具体命令, gcc

#首先要做好gcc，make，bison的更新

#尽量不要随意更新glibc，更新出错易导致系统崩溃。

#update to **gcc 8.2.0 :**

$ gcc -v

$ yum -y install wget bzip2 gcc gcc-c++ glibc-headers

download package ：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/gnu/gcc

or

$ wget -c -P /software/ https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/gnu/gcc/gcc-8.2.0/gcc-8.2.0.tar.gz

$ cd /software/

$ tar -zxvf gcc-8.2.0.tar.gz

$ cd gcc-8.2.0

$ ./contrib/download_prerequisites

result：

gmp-6.1.0.tar.bz2: OK

mpfr-3.1.4.tar.bz2: OK

mpc-1.0.3.tar.gz: OK

isl-0.18.tar.bz2: OK

All prerequisites downloaded successfully.

#如果上述这一步卡住，无反应，可以考虑手动下载依赖包到GCC源码根目录。如下：

wget http://ftp.gnu.org/pub/gnu/gmp/gmp-6.1.0.tar.bz2

wget http://ftp.gnu.org/gnu/mpfr/mpfr-3.1.4.tar.bz2

wget http://ftp.gnu.org/gnu/mpc/mpc-1.0.3.tar.gz

wget http://gcc.gnu.org/pub/gcc/infrastructure/isl-0.18.tar.bz2

#再次执行：

./contrib/download_prerequisites --no-verify

$ mkdir build

$ cd bulid

$ ../configure --prefix=/usr/local/gcc-8.2.0 --enable-bootstrap --enable-checking=release --enable-languages=c,c++ --disable-multilib

$ make

My system execute make command at least 3 hours, please waiting it complete.

then:

$ make install

$ echo -e '\nexport PATH=/usr/local/gcc-8.2.0/bin:$PATH\n' >> /etc/profile.d/gcc.sh && source /etc/profile.d/gcc.sh

$ ln -sv /usr/local/gcc-8.2.0/include/ /usr/include/gcc

$  ldconfig -v    

$ ldconfig -p |grep gcc

result:

libgcc_s.so.1 (libc6,x86-64) => /lib64/libgcc_s.so.1

##check version

$  gcc -v

------------------------------------

**make 4.2.1:**

First download make 4.2.1 from https://ftp.gnu.org/gnu/make/

$ make -v

$ tar -zxvf make-4.2.1.tar.gz

$ cd make-4.2.1

$ mkdir build

$ cd build

$ ../configure --prefix=/usr

$ sh build.sh

$ make install

check result

$make -v

----------------------------------------

**bison 3.0.4**

$ bison -V

if not found result ,need install:

$ yum install -y bison

--------------------------------------------------------

all complete , you can install glibc-2.28

download glibc-2.28 from http://ftp.gnu.org/gnu/glibc.

put it into /software

You can adopt the following steps：

$ tar -xf glibc-2.28.tar.gz

$ cd glibc-2.28

$ mkdir build

$ cd build

$ ../configure --prefix=/usr --disable-profile --enable-add-ons --with-headers=/usr/include --with-binutils=/usr/bin

$ make

$ make install

$ ls -l /lib64/libc.so.6

Last, check version :

$ strings /lib64/libc.so.6 | grep GLIBC

.....

GLIBC_2.26

GLIBC_2.27

GLIBC_2.28

GLIBC_PRIVATE

It's completed .

Other :

bootstarp Directus , maybe get error:

Import Error: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8' not found, you reed update CXXABI : 

$ strings /usr/lib64/libstdc++.so.6 | grep 'CXXABI'

download:[ libstdc++.so.6.0](https://www.02405.com/uploads/soft/201124/1-2011241A414.zip)

put it into /usr/lib64 

$  cd /usr/lib64

$ rm -rf libstdc++.so.6

$ ln -s libstdc++.so.6.0.22 libstdc++.so.6

注：解压gmp-6.1.0.tar.bz2这个文件时，可能会报错(未提前安装bzip2)，如下：

因此需要安装 bzip2 解压。

yum install bzip2

如果还不行，可以考虑直接把 .bz2 的压缩包在 windows 上解压的目录拷贝到 CentOS GCC 源码根目录下解决。

再次执行：
./contrib/download_prerequisites --no-verify

运行成功，如下：
All prerequisites downloaded successfully.

编译安装glibc时报错

Reference

6、python查看库是否安装

如上图 python -c "import moudle"

即可查看相关模块是否安装^[1]

之后可以使用pip 命令安装 -i加上国内镜像加快下载速度

如pip install -i https://mirrors.cloud.tencent.com/pypi/simple numpy

注：其他国内镜像源：

源名	源地址
腾讯源	https://mirrors.cloud.tencent.com/pypi/simple
阿里源	http://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/
豆瓣源	http://pypi.douban.com/simple/
清华源	https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple/

或者通过脚本自动查看

'''

Author: your name

Date: 2021-03-31 16:58:02

LastEditTime: 2021-03-31 18:02:00

LastEditors: your name

Description: In User Settings Edit

FilePath: \Eddy_Compare_data\检测第三方库是否存在_如果不存在则导入库.py

在导入第三方库的时候，

'''

import os

libs = ['numpy']  #罗列需要使用的库名称，避免因为没有第三方库报错

url = r'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/pypi/web/simple/'  #清华镜像网站

try:

    import numpy as np

    print('Input library successful')

except ModuleNotFoundError:

	print('Failed SomeHow')

	for lib in libs:

		print("Start install {0}".format(lib))

		os.system('pip install %s -i %s'%(lib,url))

		print('{0} install successful'.format(lib))

	print('All install successful ')

	import numpy as np

for i in np.arange(10):

	print(i)

Rerfence:

Python 安装和依赖管理

7、 error while loading shared libraries: libbz2.so.1.0

当时是安装了R包sleuth，安装完后出现了上图报错

发现libbz2 本来应该是sleuth依赖包 bzip2 安装时自动装到 anaconda 文件夹下 lib 里的动态库，老版本的 anaconda 由于下载源不同，导致了 libbz2 的缺失：

参考^[1]时发现可以有以下解决方法，不过当时问题没有得到解决

解决方法^[1]:

更新 anaconda，我之前用的是 3.3.2，直接更新到最新版，完美运行。
conda config --remove channels 'bzip2的下载源'，删除掉它
修改~/.condarc文件提高conda-forge的优先级，也就是把conda-forge 放在channels 列表的第一位

之后在/usr/lib64/文件夹下面找了找，看到了类似的文件，同样在lib文件下，名称类似，推测起着相同的作用

不过因为没有root权限，无法直接建立软链接，因此选择cp 复制

不过又发现了新的报错“undefined symbol: PC”

推测是在显示的“ /home/user/…/…/”路径下，libreadline.so.6文件出现了问题

使用locate libreadline.so.6 发现查看该文件出现的位置

采取前文步骤，试试cp复制后效果

问题解决。

好吧，发现重启之后又出现了类似问题，不想再修改了，因此选择用本机的R环境

安装sleuth^[2]并进行后续差异基因分析

步骤如下：

#R包sleuth安装

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")

biocLite("rhdf5")

install.packages("devtools")

devtools::install_github("pachterlab/sleuth")

#if error try next#

#基本安装框架

if (!require("BiocManager", quiet = TRUE))

  install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("rhdf5")

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))

  install.packages("BiocManager")

BiocManager::install(version = "3.14")

BiocManager::install("devtools")

devtools::install_github("pachterlab/sleuth")

#基本安装框架

之后就可以library (sleuth) 愉快的进行后续分析了。

Reference：

#未完待续.