GEO2R
GEO2R 是GEO数据库官方提供的一个工具,用于进行差异表达分析。
该工具实现的功能就是将GEO数据库中的数据导入到R语言中,然后进行差异分析,本质是通过以下两个bioconductor上的R包实现的。
-- GEOquery:用于自动下载GEO数据,并读取到R环境中
-- limma:一个经典的差异分析软件包,用于执行差异分析
GEO2R 用法参考 :
https://www.jianshu.com/p/4a97dbdfc40b
GEO2R的更多相关文章
- RNA-Seq differential expression analysis: An extended review and a software tool RNA-Seq差异表达分析: 扩展评论和软件工具
RNA-Seq differential expression analysis: An extended review and a software tool RNA-Seq差异表达分析: 扩展 ...
- 使用GEO数据库来筛选差异表达基因,KOBAS进行KEGG注释分析
前言 本文主要演示GEO数据库的一些工具,使用的数据是2015年在Nature Communications上发表的文章Regulation of autophagy and the ubiquiti ...
随机推荐
- RC4算法
RC4算法简介:https://baike.baidu.com/item/RC4%E7%AE%97%E6%B3%95/9686396?fr=aladdin RC4算法java实现: /** * RC4 ...
- freemarker模板文件的4个组成部分
FreeMarker模板文件主要由以下4个部分组成:1.文本,直接输出的部分.2.注释,即<#–…–>格式不会输出.3.插值(Interpolation):即${..}或者#{..}格式的 ...
- 【Luogu5349】幂(分治FFT)
[Luogu5349]幂(分治FFT) 题面 洛谷 题解 把多项式每一项拆出来考虑,于是等价于要求的只有\(\sum_{i=0}^\infty i^kr^i\). 令\(f(r)=\sum_{i=0} ...
- winform子窗口与父窗口的交互-使用委托与事件
实现子窗口与父窗口的交互,通过父窗口调用并控制子窗口,子窗口也能控制父窗口,使用委托和事件的方法,可以实现. 1.父窗口调用子窗口,并通过子窗口控制父窗口 新建工程,创建两个窗体 显示子窗体的代 ...
- opc 相关组件
http://external.informer.com/opcsystems.com/download_opc_systems_net.htm
- 【转载】Gradle学习 第十章:网络应用快速入门
转载地址:http://ask.android-studio.org/?/article/8 This chapter is a work in progress.这一章是一项正在进行中的工作. Th ...
- PostgreSQL SQL HINT的使用说明
本文来自:http://www.023dns.com/Database_mssql/5974.html PostgreSQL优化器是基于成本的 (CBO) , (当然, 如果开启了GEQO的话, 在关 ...
- Excel分列,Excel 列拆分,Excel根据分隔符号拆分某列
解决方案: https://zhidao.baidu.com/question/572807483.html 步骤:数据--分列--下一步--其它---下一步-- 注意的此操作会覆盖当前列和后n列(根 ...
- centos下直接使用命令备份mysql数据库
mysqldump -u root -p 要备份的数据库名> /home/mysql/backup/db/back/数据库名.sql
- python常用库(转)
转自http://www.west999.com/info/html/wangluobiancheng/qita/20180729/4410114.html Python常用的库简单介绍一下 fuzz ...