GEO2R 是GEO数据库官方提供的一个工具,用于进行差异表达分析。

该工具实现的功能就是将GEO数据库中的数据导入到R语言中,然后进行差异分析,本质是通过以下两个bioconductor上的R包实现的。

-- GEOquery:用于自动下载GEO数据,并读取到R环境中

-- limma:一个经典的差异分析软件包,用于执行差异分析

GEO2R 用法参考 :

https://www.jianshu.com/p/4a97dbdfc40b

GEO2R的更多相关文章

  1. RNA-Seq differential expression analysis: An extended review and a software tool RNA-Seq差异表达分析: 扩展评论和软件工具

    RNA-Seq differential expression analysis: An extended review and a software tool   RNA-Seq差异表达分析: 扩展 ...

  2. 使用GEO数据库来筛选差异表达基因,KOBAS进行KEGG注释分析

    前言 本文主要演示GEO数据库的一些工具,使用的数据是2015年在Nature Communications上发表的文章Regulation of autophagy and the ubiquiti ...

随机推荐

  1. Turbo码基本框架

    1. 基本原理 1.1 定义 1.2 分量码设计 2. 编码方法 2.1 交织器的设计 2.2 分量编码器 2.3 删余矩阵及复用 3. 译码方法和算法 3.1 迭代译码 3.2 MAP类算法 3.3 ...

  2. .net core 2.2部署到Windows Server 2012 R2 standard

    安装.net core 2.2 下载地址:https://dotnet.microsoft.com/download/dotnet-core/2.2 找到ASP.NET Core Runtime 2. ...

  3. 在 VSCode 调试过程中,使用 Watcher,免手动重新编译

    1.安装Microsoft.DotNet.Watcher.Tools包 dotnet add package Microsoft.DotNet.Watcher.Tools --version 2.0. ...

  4. SQL Server 2014查看服务器数据库字段报错 (Microsoft.SqlServer.Management.Sdk.Sfc)

    报错信息 无法为该请求检索数据. (Microsoft.SqlServer.Management.Sdk.Sfc) 未知属性 IsMemoryOptimized (Microsoft.SqlServe ...

  5. .Net Core实战教程(一):Linux下搭建项目

    .Net Core实战教程(一):Linux下搭建项目 附言 .net core 1.0的时候就开始关注了,一直没有用于项目.真正用于项目我是2.0开始使用的.这几年也总结出一些经验.最近有空就写出来 ...

  6. Python基础15

    P75. 闭包,需再理解. 装饰器,语法糖

  7. response.Close、response.End、response.Flush区别(下载文件)

    今天在做文件下载功能用到的是response的方法,首先我们要了解这些方法的作用. 1.response.write():将信息写入http响应输出流. 2.response.Flush:向客户端发送 ...

  8. @Async源码探究

    1. @Async源码探究 1.1. 上代码 @SpringBootApplication @EnableAsync public class SpringbootLearnApplication { ...

  9. element表格的滚动条在合计上边

    默认滚动条是在下边的,不好看,这里改一下 修改样式.完美解决: .el-table { overflow-x: auto; } .el-table__header-wrapper, .el-table ...

  10. android studio学习---Android studio 导入github工程

    无论是那种方式,都最好是先把github上的工程项目下载到本地,然后修改文件再import 首先要知道  自己的build.gradle,在project下面的版本号是多少,比如我的: depende ...