GEO2R
GEO2R 是GEO数据库官方提供的一个工具,用于进行差异表达分析。
该工具实现的功能就是将GEO数据库中的数据导入到R语言中,然后进行差异分析,本质是通过以下两个bioconductor上的R包实现的。
-- GEOquery:用于自动下载GEO数据,并读取到R环境中
-- limma:一个经典的差异分析软件包,用于执行差异分析
GEO2R 用法参考 :
https://www.jianshu.com/p/4a97dbdfc40b
GEO2R的更多相关文章
- RNA-Seq differential expression analysis: An extended review and a software tool RNA-Seq差异表达分析: 扩展评论和软件工具
RNA-Seq differential expression analysis: An extended review and a software tool RNA-Seq差异表达分析: 扩展 ...
- 使用GEO数据库来筛选差异表达基因,KOBAS进行KEGG注释分析
前言 本文主要演示GEO数据库的一些工具,使用的数据是2015年在Nature Communications上发表的文章Regulation of autophagy and the ubiquiti ...
随机推荐
- Turbo码基本框架
1. 基本原理 1.1 定义 1.2 分量码设计 2. 编码方法 2.1 交织器的设计 2.2 分量编码器 2.3 删余矩阵及复用 3. 译码方法和算法 3.1 迭代译码 3.2 MAP类算法 3.3 ...
- .net core 2.2部署到Windows Server 2012 R2 standard
安装.net core 2.2 下载地址:https://dotnet.microsoft.com/download/dotnet-core/2.2 找到ASP.NET Core Runtime 2. ...
- 在 VSCode 调试过程中,使用 Watcher,免手动重新编译
1.安装Microsoft.DotNet.Watcher.Tools包 dotnet add package Microsoft.DotNet.Watcher.Tools --version 2.0. ...
- SQL Server 2014查看服务器数据库字段报错 (Microsoft.SqlServer.Management.Sdk.Sfc)
报错信息 无法为该请求检索数据. (Microsoft.SqlServer.Management.Sdk.Sfc) 未知属性 IsMemoryOptimized (Microsoft.SqlServe ...
- .Net Core实战教程(一):Linux下搭建项目
.Net Core实战教程(一):Linux下搭建项目 附言 .net core 1.0的时候就开始关注了,一直没有用于项目.真正用于项目我是2.0开始使用的.这几年也总结出一些经验.最近有空就写出来 ...
- Python基础15
P75. 闭包,需再理解. 装饰器,语法糖
- response.Close、response.End、response.Flush区别(下载文件)
今天在做文件下载功能用到的是response的方法,首先我们要了解这些方法的作用. 1.response.write():将信息写入http响应输出流. 2.response.Flush:向客户端发送 ...
- @Async源码探究
1. @Async源码探究 1.1. 上代码 @SpringBootApplication @EnableAsync public class SpringbootLearnApplication { ...
- element表格的滚动条在合计上边
默认滚动条是在下边的,不好看,这里改一下 修改样式.完美解决: .el-table { overflow-x: auto; } .el-table__header-wrapper, .el-table ...
- android studio学习---Android studio 导入github工程
无论是那种方式,都最好是先把github上的工程项目下载到本地,然后修改文件再import 首先要知道 自己的build.gradle,在project下面的版本号是多少,比如我的: depende ...