GEO2R 是GEO数据库官方提供的一个工具,用于进行差异表达分析。

该工具实现的功能就是将GEO数据库中的数据导入到R语言中,然后进行差异分析,本质是通过以下两个bioconductor上的R包实现的。

-- GEOquery:用于自动下载GEO数据,并读取到R环境中

-- limma:一个经典的差异分析软件包,用于执行差异分析

GEO2R 用法参考 :

https://www.jianshu.com/p/4a97dbdfc40b

GEO2R的更多相关文章

  1. RNA-Seq differential expression analysis: An extended review and a software tool RNA-Seq差异表达分析: 扩展评论和软件工具

    RNA-Seq differential expression analysis: An extended review and a software tool   RNA-Seq差异表达分析: 扩展 ...

  2. 使用GEO数据库来筛选差异表达基因,KOBAS进行KEGG注释分析

    前言 本文主要演示GEO数据库的一些工具,使用的数据是2015年在Nature Communications上发表的文章Regulation of autophagy and the ubiquiti ...

随机推荐

  1. 一个简单的利用 HttpClient 异步下载的示例

    可能你还会喜欢 一个简单的利用 WebClient 异步下载的示例  ,且代码更加新. 1. 定义自己的 HttpClient 类. using System; using System.Collec ...

  2. JTAG接口定义

  3. C# vb .NET读取识别条形码线性条码UPC-E

    UPC-E是比较常见的条形码编码规则类型的一种.如何在C#,vb等.NET平台语言里实现快速准确读取该类型条形码呢?答案是使用SharpBarcode! SharpBarcode是C#快速高效.准确的 ...

  4. Java面试必问通信框架NIO,原理详解

    NIO 流与块 通道与缓冲区 缓冲区状态变量 文件 NIO 实例 选择器 套接字 NIO 实例 内存映射文件 NIO与IO对比 Path Files NIO 新的输入/输出 (NIO) 库是在 JDK ...

  5. laravel 框架配置404等异常页面的方法详解(代码示例)

    本篇文章给大家带来的内容是关于laravel 框架配置404等异常页面的方法详解(代码示例),有一定的参考价值,有需要的朋友可以参考一下,希望对你有所帮助. 在Laravel中所有的异常都由Handl ...

  6. MySQL难点语法——连接

    本篇涉及的数据表格可以自行查阅上篇<MySQL难点语法——子查询> MySQL的数据表格之间有三种连接方式:等值连接.外连接.自连接.以下是通过举例介绍这三种连接方式 1.等值连接 等值连 ...

  7. delphi 接口

    第四章          接口 前不久,有位搞软件的朋友给我出了个谜语.谜面是“相亲”,让我猜一软件术语.我大约想了一分钟,猜 出谜底是“面向对象”.我觉得挺有趣,灵机一动想了一个谜语回敬他.谜面是“ ...

  8. 面试官:讲讲redis的过期策略如何实现?

    时隔多日,小菜鸡终于接到阿里的面试通知,屁颠屁颠的从上海赶到了杭州. 经过半个小时的厮杀: 自我介绍 hashMap和ConcurrentHashMap区别 jdk中锁的实现原理 volatile的使 ...

  9. Mysql高性能优化规范

    数据库命令规范 所有数据库对象名称必须使用小写字母并用下划线分割 所有数据库对象名称禁止使用mysql保留关键字(如果表名中包含关键字查询时,需要将其用单引号括起来) 数据库对象的命名要能做到见名识意 ...

  10. CentOS设置静态IP及Samba等基础设置

    1. CentOS7设置静态IP CentOS的网卡IP配置文件/etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-网卡名字. 配置参数解析: BOOTPROTO="s ...