GEO2R 是GEO数据库官方提供的一个工具,用于进行差异表达分析。

该工具实现的功能就是将GEO数据库中的数据导入到R语言中,然后进行差异分析,本质是通过以下两个bioconductor上的R包实现的。

-- GEOquery:用于自动下载GEO数据,并读取到R环境中

-- limma:一个经典的差异分析软件包,用于执行差异分析

GEO2R 用法参考 :

https://www.jianshu.com/p/4a97dbdfc40b

GEO2R的更多相关文章

  1. RNA-Seq differential expression analysis: An extended review and a software tool RNA-Seq差异表达分析: 扩展评论和软件工具

    RNA-Seq differential expression analysis: An extended review and a software tool   RNA-Seq差异表达分析: 扩展 ...

  2. 使用GEO数据库来筛选差异表达基因,KOBAS进行KEGG注释分析

    前言 本文主要演示GEO数据库的一些工具,使用的数据是2015年在Nature Communications上发表的文章Regulation of autophagy and the ubiquiti ...

随机推荐

  1. Mac 下安装 jdk

    1.安装jdk 我们是需要java环境的- 到oracle官网下载se: Java SE Development Kit 8 Downloads https://www.oracle.com/tech ...

  2. 百度云BCC主机宝镜像

    重装系统 在bcc服务器中,选实例,然后重装系统,镜像选择为主机宝CentOS6.5. 装完后,查看主机宝CentOS6.5官方文档. 登录主机宝管理界面 使用 root 用户登录 SSH 终端执行: ...

  3. SpringMVC数组参数

    前端 var moduleids = moduleArr.join(','); //一定要切换成,分割的字符串传到后台 后台 @RequestParam List<String> modu ...

  4. 解决PL/SQL使用无法导出dmp

    解决PL/SQL使用无法导出dmp 1.配置plsql Export Executable:D:\app\product\11.2.0\dbhome_1\BIN\exp.exe 2.配置环境变量ORA ...

  5. Android开发之EditText多行文本输入

    <EditText android:id="@+id/add_content" android:layout_width="fill_parent" an ...

  6. 将积累多年的java学习资料,pdf文档给大家分享一下,比如《大话设计模式》《算法》《Linux私房菜》等等

    话不多说,资料目录如下,需要的拿走,下载的同时别忘了点下推荐. 需要的点下面链接,到小编网盘进行下载: 2-大话设计模式.pdf 链接:https://pan.baidu.com/s/1b05puNO ...

  7. elastalert基本配置说明

    elastalert 配置语法: 简单rule规则: es_host,es_port:查询elasticsearch集群 name: 规则的唯一名称.如果相同,则elastalert不会启动. typ ...

  8. Nginx 核心配置-作为下载服务器配置

    Nginx 核心配置-作为下载服务器配置 作者:尹正杰 版权声明:原创作品,谢绝转载!否则将追究法律责任. 一.无限速版本的下载服务器 1>.查看主配置文件 [root@node101.yinz ...

  9. 使用Nginx对Websocket进行反向代理

    一. Nginx配置示例 http { map $http_upgrade $connection_upgrade { default upgrade; '' close; } server { li ...

  10. HDU6583:Typewriter(dp+后缀自动机)

    传送门 题意: 给出\(p,q\),现在要你生成一个字符串\(s\). 你可以进行两种操作:一种是花费\(p\)的代价随意在后面添加一个字符,另一种是花费\(q\)的代价可以随意赋值前面的一个子串. ...