GEO2R
GEO2R 是GEO数据库官方提供的一个工具,用于进行差异表达分析。
该工具实现的功能就是将GEO数据库中的数据导入到R语言中,然后进行差异分析,本质是通过以下两个bioconductor上的R包实现的。
-- GEOquery:用于自动下载GEO数据,并读取到R环境中
-- limma:一个经典的差异分析软件包,用于执行差异分析
GEO2R 用法参考 :
https://www.jianshu.com/p/4a97dbdfc40b
GEO2R的更多相关文章
- RNA-Seq differential expression analysis: An extended review and a software tool RNA-Seq差异表达分析: 扩展评论和软件工具
RNA-Seq differential expression analysis: An extended review and a software tool RNA-Seq差异表达分析: 扩展 ...
- 使用GEO数据库来筛选差异表达基因,KOBAS进行KEGG注释分析
前言 本文主要演示GEO数据库的一些工具,使用的数据是2015年在Nature Communications上发表的文章Regulation of autophagy and the ubiquiti ...
随机推荐
- PyCharm创建Django项目并连接mysql数据库
0. 安装Django pip install django 1. 新建项目 注:我的Pycharm为社区版,创建项目时,File->New Project- 显示为: 注意勾选内容. 如果 ...
- Regex 常见语法
常用元字符 . 匹配除换行符以外的任意字符. \w 匹配字母或数字或下划线或汉字.\W 匹配任意不是字母,数字,下划线,汉字的字符. \s 匹配任意的空白符.\S 匹配任意不是空白符的字符.等价于 [ ...
- [Leetcode] 5279. Subtract the Product and Sum of Digits of an Integer
class Solution { public int subtractProductAndSum(int n) { int productResult = 1; int sumResult = 0; ...
- Razor Page中的AJAX
1.由于Razor Pages自带提供防伪令牌/验证,用来防止跨站点请求伪造(称为XSRF或CSRF),所以和MVC框架中API使用方式有稍许的不同. 2.所以在我们使用Razor Pages中的fo ...
- mvc中ViewBag返回数组如何循环显示数据
直接在for循环里面定义出viewbag @for (int i = 0; i < ViewBag.permission.Count; i++) { var permission = ViewB ...
- Python笔记:装饰器
装饰器 1.特点:装饰器的作用就是为已存在的对象添加额外的功能,特点在于不用改变原先的代码即可扩展功能: 2.使用:装饰器其实也是一个函数,加上@符号后放在另一个函数“头上”就实现了装饰 ...
- python3 + robotframework ride 乱码问题
执行ride时乱码问题 如果被执行的文件所在路径中含有中文,执行时可能会报如下错误 robotframework版本:robotframework-ride 1.7.3.1python 3.7.3 解 ...
- js执行上下文栈和变量对象
JavaScript执行上下文栈和变量对象 JS是单线程的语言,执行顺序肯定是顺序执行,但是JS 引擎并不是一行一行地分析和执行程序,而是一段一段地分析执行,会先进行编译阶段然后才是执行阶段. 例子一 ...
- 简单几招提速 Kotlin Kapt编译
https://droidyue.com/blog/2019/08/18/faster-kapt/?hmsr=toutiao.io&utm_medium=toutiao.io&utm_ ...
- 网络编程socket理论一
网络通信理论 首先说下网络之间的通信流程看图 Socket 层是位于运输层和应用层之间的,封装好的,方便使用 Socket 是什么和工作流程 Socket是应用层与TCP/IP协议族通信的中间软件抽象 ...