GEO2R 是GEO数据库官方提供的一个工具,用于进行差异表达分析。

该工具实现的功能就是将GEO数据库中的数据导入到R语言中,然后进行差异分析,本质是通过以下两个bioconductor上的R包实现的。

-- GEOquery:用于自动下载GEO数据,并读取到R环境中

-- limma:一个经典的差异分析软件包,用于执行差异分析

GEO2R 用法参考 :

https://www.jianshu.com/p/4a97dbdfc40b

GEO2R的更多相关文章

  1. RNA-Seq differential expression analysis: An extended review and a software tool RNA-Seq差异表达分析: 扩展评论和软件工具

    RNA-Seq differential expression analysis: An extended review and a software tool   RNA-Seq差异表达分析: 扩展 ...

  2. 使用GEO数据库来筛选差异表达基因,KOBAS进行KEGG注释分析

    前言 本文主要演示GEO数据库的一些工具,使用的数据是2015年在Nature Communications上发表的文章Regulation of autophagy and the ubiquiti ...

随机推荐

  1. scala中的Option

    Scala中Option是用来表示一个可选类型 什么是可选? --> 主要是指 有值(Some) 和 无值(None)-->Some和None是Option的子类 val myMap:Ma ...

  2. 一个简单的利用 HttpClient 异步下载的示例

    可能你还会喜欢 一个简单的利用 WebClient 异步下载的示例  ,且代码更加新. 1. 定义自己的 HttpClient 类. using System; using System.Collec ...

  3. k8s网络原理

    https://blog.csdn.net/watermelonbig/article/details/80646988 k8s中,每个 Pod 都有一个独立的 IP 地址,所有 Pod 在一个网络空 ...

  4. C#中字符串的操作大全

    一.C#中字符串的建立过程 例如定义变量 strT="Welcome to "; strT+="www.cuit.edu.cn"; 程序首先创建一个System ...

  5. 经典SQL语句使用方法大全(自留用)

    一.基础 1.说明:创建数据库CREATE DATABASE database-name2.说明:删除数据库drop database dbname3.说明:备份sql server--- 创建 备份 ...

  6. c# winform devexpress TreeList过滤和绑定

    /// <summary> /// 模糊查询 /// </summary> /// <param name="str"></param&g ...

  7. jenkins 配置ssh remotes 报Failed to authenticate with public key

    问题:jenkins配置ssh远程连接时候报 ERROR: Failed to authenticate with public key com.jcraft.jsch.JSchException: ...

  8. 秋招打怪升级之路:十面阿里,终获offer!

    本文转载自:https://gongfukangee.github.io/2019/09/06/Job/ 作者:G.Fukang 开源项目推荐: JavaGuide: Java学习+面试指南!Gith ...

  9. 隐马尔科夫模型(Hidden Markov Models) 系列之一

    转自:http://blog.csdn.net/eaglex/article/details/6376826 介绍(introduction) 通常我们总是对寻找某一段时间上的模式感兴趣,这些模式可能 ...

  10. 简要分析一下java中线程的生命周期

    面试题:您了解线程吗?简单叙述一下线程的生命周期? 答:之前学过一些有关于线程方面的知识,并且在编写代码的过程中还是要经常考虑线程,所以,我对线程还是了解一点的. 首先,创建一个线程,线程进入初始状态 ...