GEO2R 是GEO数据库官方提供的一个工具,用于进行差异表达分析。

该工具实现的功能就是将GEO数据库中的数据导入到R语言中,然后进行差异分析,本质是通过以下两个bioconductor上的R包实现的。

-- GEOquery:用于自动下载GEO数据,并读取到R环境中

-- limma:一个经典的差异分析软件包,用于执行差异分析

GEO2R 用法参考 :

https://www.jianshu.com/p/4a97dbdfc40b

GEO2R的更多相关文章

  1. RNA-Seq differential expression analysis: An extended review and a software tool RNA-Seq差异表达分析: 扩展评论和软件工具

    RNA-Seq differential expression analysis: An extended review and a software tool   RNA-Seq差异表达分析: 扩展 ...

  2. 使用GEO数据库来筛选差异表达基因,KOBAS进行KEGG注释分析

    前言 本文主要演示GEO数据库的一些工具,使用的数据是2015年在Nature Communications上发表的文章Regulation of autophagy and the ubiquiti ...

随机推荐

  1. 发送邮件报错javax.activation.UnsupportedDataTypeException: no object DCH for MIME type multipart/mixed

    关于使用javaMail发送邮件报错:javax.activation.UnsupportedDataTypeException: no object DCH for MIME type multip ...

  2. Appium+python自动化(七)- 初识琵琶女Appium(千呼万唤始出来,犹抱琵琶半遮面)- 上(超详解)

    简介 “千呼万唤始出来,犹抱琵琶半遮面”,经过前边的各项准备工作,终于才把appium这位琵琶女请出来.那么下边就由宏哥给各位看官.小伙伴们和童鞋们来引荐这位美女(帅哥).这一篇主要是对前边的内容做一 ...

  3. Python数据库添加时间

    利用pymysql往数据库中添加时间字段的方法: 1.导入datetime和pymysql:安装:pip install pymysql, datetime是内置 2.写入SQL语句:向对应的字段中间 ...

  4. Java学习:注解简介

    JAVA 注解的基本原理 以前,『XML』是各大框架的青睐者,它以松耦合的方式完成了框架中几乎所有的配置,但是随着项目越来越庞大,『XML』的内容也越来越复杂,维护成本变高. 于是就有人提出来一种标记 ...

  5. 【02】Kubernets:使用 kubeadm 部署 K8S 集群

    写在前面的话 通过上一节,知道了 K8S 有 Master / Node 组成,但是具体怎么个组成法,就是这一节具体谈的内容.概念性的东西我们会尽量以实验的形式将其复现. 部署 K8S 集群 互联网常 ...

  6. mongodb 更新数据时int32变为double的解决办法

       场景: 在命令手动的修改签到表的整型字段synState,multi参数是可以更新多条,如果是false则更新一条. db.getCollection("ClassRecordOneD ...

  7. 2019-11-29-WPF-客户端开发需要知道的触摸失效问题

    原文:2019-11-29-WPF-客户端开发需要知道的触摸失效问题 title author date CreateTime categories WPF 客户端开发需要知道的触摸失效问题 lind ...

  8. 安装oracle时出现的问题

    数据库引擎和几个功能安装失败后  ,重新再装还是一样,好不容易全部功能装完成后结果发现登录不了oracle!!!!!!!!!!!!! 气死人,搞了一上午才发现原来是微软账号在搞事,登录本地管理员账户就 ...

  9. docker部署angular和asp.net core组成的前后端分离项目

    最近使用docker对项目进行了改进,把步骤记录一下,顺便说明一下项目的结构. 项目是前后端分离的项目,后端使用asp.net core 2.2,采用ddd+cqrs架构的分层思想,前端使用的是ang ...

  10. vue chunk-elementUI.3d5a4739.js 过大,网页打开慢开启gzip压缩

    如下 upstream sems { server weight= fail_timeout=; } server { listen ; server_name www.serve.com; loca ...