GEO2R 是GEO数据库官方提供的一个工具,用于进行差异表达分析。

该工具实现的功能就是将GEO数据库中的数据导入到R语言中,然后进行差异分析,本质是通过以下两个bioconductor上的R包实现的。

-- GEOquery:用于自动下载GEO数据,并读取到R环境中

-- limma:一个经典的差异分析软件包,用于执行差异分析

GEO2R 用法参考 :

https://www.jianshu.com/p/4a97dbdfc40b

GEO2R的更多相关文章

  1. RNA-Seq differential expression analysis: An extended review and a software tool RNA-Seq差异表达分析: 扩展评论和软件工具

    RNA-Seq differential expression analysis: An extended review and a software tool   RNA-Seq差异表达分析: 扩展 ...

  2. 使用GEO数据库来筛选差异表达基因,KOBAS进行KEGG注释分析

    前言 本文主要演示GEO数据库的一些工具,使用的数据是2015年在Nature Communications上发表的文章Regulation of autophagy and the ubiquiti ...

随机推荐

  1. PyCharm创建Django项目并连接mysql数据库

    0. 安装Django pip install django 1. 新建项目 注:我的Pycharm为社区版,创建项目时,File->New Project- 显示为: ​ 注意勾选内容. 如果 ...

  2. Regex 常见语法

    常用元字符 . 匹配除换行符以外的任意字符. \w 匹配字母或数字或下划线或汉字.\W 匹配任意不是字母,数字,下划线,汉字的字符. \s 匹配任意的空白符.\S 匹配任意不是空白符的字符.等价于 [ ...

  3. [Leetcode] 5279. Subtract the Product and Sum of Digits of an Integer

    class Solution { public int subtractProductAndSum(int n) { int productResult = 1; int sumResult = 0; ...

  4. Razor Page中的AJAX

    1.由于Razor Pages自带提供防伪令牌/验证,用来防止跨站点请求伪造(称为XSRF或CSRF),所以和MVC框架中API使用方式有稍许的不同. 2.所以在我们使用Razor Pages中的fo ...

  5. mvc中ViewBag返回数组如何循环显示数据

    直接在for循环里面定义出viewbag @for (int i = 0; i < ViewBag.permission.Count; i++) { var permission = ViewB ...

  6. Python笔记:装饰器

    装饰器        1.特点:装饰器的作用就是为已存在的对象添加额外的功能,特点在于不用改变原先的代码即可扩展功能: 2.使用:装饰器其实也是一个函数,加上@符号后放在另一个函数“头上”就实现了装饰 ...

  7. python3 + robotframework ride 乱码问题

    执行ride时乱码问题 如果被执行的文件所在路径中含有中文,执行时可能会报如下错误 robotframework版本:robotframework-ride 1.7.3.1python 3.7.3 解 ...

  8. js执行上下文栈和变量对象

    JavaScript执行上下文栈和变量对象 JS是单线程的语言,执行顺序肯定是顺序执行,但是JS 引擎并不是一行一行地分析和执行程序,而是一段一段地分析执行,会先进行编译阶段然后才是执行阶段. 例子一 ...

  9. 简单几招提速 Kotlin Kapt编译

    https://droidyue.com/blog/2019/08/18/faster-kapt/?hmsr=toutiao.io&utm_medium=toutiao.io&utm_ ...

  10. 网络编程socket理论一

    网络通信理论 首先说下网络之间的通信流程看图 Socket 层是位于运输层和应用层之间的,封装好的,方便使用 Socket 是什么和工作流程 Socket是应用层与TCP/IP协议族通信的中间软件抽象 ...