主要原因是：

两个文件行尾标题不一致而导致的，一个是PC，一个是Unix

解决办法：

随便比较文件夹中的两个文件，点击规则,去掉比较行尾（pc/mac/unix）选项，点击确认，回到文件夹比较界面，刷新一下

参考：

http://zhidao.baidu.com/question/586124694.html

http://zhidao.baidu.com/question/1689627984237109188.html?qbl=relate_question_2&word=beyond%20compare

http://www.scootersoftware.com/support.php?zz=kb_samebutdifferent

http://www.scootersoftware.com/help/index.html?text_compare_importance.html

另一个款类似软件：Compare It

使用BeyondCompare比较文件夹下的文件时，相同的文件内容，但显示为不相同的更多相关文章

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