R编程感悟

虽然大学阶段曾经学过C++， matlab等编程，但是真的几乎完全还给了老师～

所以，我一直将R 作为自己真正学习的第一门语言。我从2012年初在来美国的第二个rotation中开始接触到了R。当时不要说编程，就是对计算机都是了解极少。买计算机的时候开始把计算机的配置什么都了解，后来又自己买内存升级自己的小本。再后来计算机出了点问题，拆开机箱，也曾拆开笔记本。扯远了～～～～～

其实现在想想当时对计算机真的就是很白痴的。第一个rotation过完以后，算是对R入门了。于是开始写更多的代码。哪个时候写个一百多行的脚本便觉得不得了了～～～～ 其实现在看来，当时那些脚本就是把一行一行的命令堆起来，实在不能称为编程！其实包括我实验室中以前做我这块东西的姐姐，甚至那些做生统的老师，他们写的代码也都是结构性很差的，只能称之为代码，而不是编程。这恐怕是生物统计和生物信息的一大区别拉！

回过头来看这两年写的代码，确实实在不断进步当中：最开始就是不断地堆代码，狂用for循环，只能算是写代码，不能算编程；后来发现函数挺好用的，于是会写一些小的函数，开始用apply；再后来开始写大函数，就是将那些代码用一个大函数罩起来～ 这个缺点就是不好debug，另外代码太大，一个函数几百行，不好完善。

现在开始将这些代码函数化，block化～ 这真的有很大的优势：

1. 写代码的时候更有系统性：现在写代码不是以前那样想哪儿写哪儿，而是像写作文一样，先列一个提纲：需要几个函数，各个函数的 input 和 output 都是什么； 怎样安排主函数的结构：哪里用循环，哪些函数放在循环里面，哪些放外面；接下来的就是把各个函数给填满。

2. 快速：我本以为这样写代码会很慢，但是自己却惊奇地发现自己在状态并不太好的情况下能够在两个小时内完成一项任务。而且，这些代码以后可以作为“block”随意添加到其他代码中，将会更加加快编程速度。

3.debug：以前用R 的时候很少用debug这个函数。知道最近才终于开始用，也终于发现了其重要性！而且模块化的代码真的是更好来查错！

另外，还有一点非常重要的是：使用项目，以及相对目录进行R的数据操作！

这一点真的非常重要：R是数据操作语言，经常会调用各种不同的数据。然而一旦我将某个数据文件变换位置，或者变换文件夹目录结构，原来的脚本便无法再次奏效，必须把数据文件的路径修改才行。因此，使用Rstudio的project选项，在其创建的目录里面添加一些诸如data，output，plots等的目录，采用相对目录的写法进行代码的编写。你会发现，即使变换目录，甚至可能到了其他电脑上面，这个project依旧work！所以，以后尽量以项目的方式进行管理，并且多采用相对目录的写法进行编程！

总之，最近感到在编程上面有所感悟，记录一下。当然，与高手比还差得很远，继续加油！