Quality trimming using Trimmomatic
java -jar /home/liuhui/bin/trinityrnaseq_r20140413p1/trinity-plugins/Trimmomatic/trimmomatic.jar PE -threads 20 -phred33 P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz \
P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.P.qtrim P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.U.qtrim P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.P.qtrim P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.U.qtrim SLIDINGWINDOW:4:5 LEADING:5 TRAILING:5 MINLEN:25
cat P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.P.qtrim P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.U.qtrim > P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.PwU.qtrim.fq
cat P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.P.qtrim P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.U.qtrim > P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.PwU.qtrim.fq
gzip P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.P.qtrim P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.U.qtrim P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.P.qtrim P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.U.qtrim &
Quality trimming using Trimmomatic的更多相关文章
- Quality Trimming Via Trimmomatic
已经去除接头(adapter) java -jar trimmomatic.jar PE -threads 20 -phred33 \ left.fastq.gz right.fastq.gz \ l ...
- 【转录组入门】3：了解fastq测序数据
操作:需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件,并且用fastqc软件测试测序文件的质量 作业:理解测序reads,GC含量,质量值,接头,index,fastqc ...
- Trimmomatic安装与使用
默认参数: java -jar trimmomatic-0.30.jar PE s_1_1_sequence.txt.gz s_1_2_sequence.txt.gzlane1_forward_pai ...
- Quality assessment and quality control of NGS data
http://www.molecularevolution.org/resources/activities/QC_of_NGS_data_activity_new table of contents ...
- Trimmomatic过滤Illumina低质量序列
1. 下载安装 直接去官网下载二进制软件,解压后的trimmomatic-0.36.jar即为我们需要的软件 官网: http://www.usadellab.org/cms/index.php?pa ...
- EasyMesh - A Two-Dimensional Quality Mesh Generator
EasyMesh - A Two-Dimensional Quality Mesh Generator eryar@163.com Abstract. EasyMesh is developed by ...
- Quality 是什么？
Quality 是什么? 通常,我们谈及 Quality(质量)时,最常见的问题就是:Quality 是什么? 有很多业界先驱和研究人员已经回答了这个问题,我在这里并不会再给出一个新的答案.在学习总结 ...
- (TODO:)下载图片,报错:warning: could not load any Objective-C class information from the dyld shared cache. This will significantly reduce the quality of type information available.
想使用NSInvocationOperation下载图片,然而并没有下载下来, NSData为nil, 还有报错:(打断点就报错) warning: could not load any Object ...
- QC学习一：Windows环境中Quality Center 9.0安装详解
一.安装前准备 1.安装环境:windows XP.SQL Server2005 2.准备安装文件:Quality Center 9.0 (qc10以上,包括qc10,qc只支持安装在服务器操作系统上 ...
随机推荐
- Android开发书籍推荐：从入门到精通系列学习路线书籍介绍
Android开发书籍推荐:从入门到精通系列学习路线书籍介绍 很多时候我们都会不断收到新手的提问"Android开发的经典入门教材和学习路线?"."Android 开发入 ...
- ie9及以下不兼容event.target.dataset对象
ie9及以下不兼容event.target.dataset对象,请使用event.target.getAttribute('data-xxx')
- Win7安装visual c++ 2015 redistributable x64失败
from:http://www.fxyoke.cn/forum.php?mod=viewthread&tid=1171 在win7中安装visual c++ 2015 redistributa ...
- ASP.NET 单点登陆
第一种:同主域但不同子域之间实现单点登陆 Form验证其实是基于身份cookie的验证.客户登陆后,生成一个包含用户身份信息(包含一个ticket)的cookie,这个cookie的名字就是在web. ...
- JavaScript的闭包和内存泄漏问题
闭包 http://www.ruanyifeng.com/blog/2009/08/learning_javascript_closures.html JavaScript中必须提到的功能最强大的抽象 ...
- ASP.NET MVC的Web Api的实练
学习ASP.NET MVC一年多来,现在该学学Web Api了.API与ASP.NET MVC的Controller差不多.前者只是返回数据序列化和发送给客户端: 后者返回View或Render Vi ...
- 将数据库备份到AZURE blob storage
1创建一个Storage Account 1)点击Browse->Storage accounts 2) 填写Storage account,请记住这个名字,之后创建credential需要用到 ...
- 使用管道（PipeLine）和批量（Batch）操作
使用管道(PipeLine)和批量(Batch)操作 前段时间在做用户画像的时候,遇到了这样的一个问题,记录某一个商品的用户购买群,刚好这种需求就可以用到Redis中的Set,key作为product ...
- 端口被占用的解决方案 sql server 10048 错误
一大早发现sql server服务无法启动,10048错误,一查是端口占用. 先找到哪个进程,结束即可. cmd命令, netstat /ano|findset "1433" 出现 ...
- 【基础】利用thrift实现一个非阻塞带有回调机制的客户端
假设读者对thrift有一定了解. 客户端有时需要非阻塞的去发送请求,给定服务端一个请求,要求其返回一个计算结果.但是客户端不想等待服务端处理完,而是想发送完这个指令后自己去做其他事情,当结果返回时自 ...