Quality trimming using Trimmomatic
java -jar /home/liuhui/bin/trinityrnaseq_r20140413p1/trinity-plugins/Trimmomatic/trimmomatic.jar PE -threads 20 -phred33 P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz \
P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.P.qtrim P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.U.qtrim P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.P.qtrim P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.U.qtrim SLIDINGWINDOW:4:5 LEADING:5 TRAILING:5 MINLEN:25
cat P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.P.qtrim P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.U.qtrim > P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.PwU.qtrim.fq
cat P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.P.qtrim P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.U.qtrim > P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.PwU.qtrim.fq
gzip P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.P.qtrim P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.U.qtrim P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.P.qtrim P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.U.qtrim &
Quality trimming using Trimmomatic的更多相关文章
- Quality Trimming Via Trimmomatic
已经去除接头(adapter) java -jar trimmomatic.jar PE -threads 20 -phred33 \ left.fastq.gz right.fastq.gz \ l ...
- 【转录组入门】3:了解fastq测序数据
操作:需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件,并且用fastqc软件测试测序文件的质量 作业:理解测序reads,GC含量,质量值,接头,index,fastqc ...
- Trimmomatic安装与使用
默认参数: java -jar trimmomatic-0.30.jar PE s_1_1_sequence.txt.gz s_1_2_sequence.txt.gzlane1_forward_pai ...
- Quality assessment and quality control of NGS data
http://www.molecularevolution.org/resources/activities/QC_of_NGS_data_activity_new table of contents ...
- Trimmomatic过滤Illumina低质量序列
1. 下载安装 直接去官网下载二进制软件,解压后的trimmomatic-0.36.jar即为我们需要的软件 官网: http://www.usadellab.org/cms/index.php?pa ...
- EasyMesh - A Two-Dimensional Quality Mesh Generator
EasyMesh - A Two-Dimensional Quality Mesh Generator eryar@163.com Abstract. EasyMesh is developed by ...
- Quality 是什么?
Quality 是什么? 通常,我们谈及 Quality(质量)时,最常见的问题就是:Quality 是什么? 有很多业界先驱和研究人员已经回答了这个问题,我在这里并不会再给出一个新的答案.在学习总结 ...
- (TODO:)下载图片,报错:warning: could not load any Objective-C class information from the dyld shared cache. This will significantly reduce the quality of type information available.
想使用NSInvocationOperation下载图片,然而并没有下载下来, NSData为nil, 还有报错:(打断点就报错) warning: could not load any Object ...
- QC学习一:Windows环境中Quality Center 9.0安装详解
一.安装前准备 1.安装环境:windows XP.SQL Server2005 2.准备安装文件:Quality Center 9.0 (qc10以上,包括qc10,qc只支持安装在服务器操作系统上 ...
随机推荐
- canvas时钟
<!DOCTYPE html> <html lang="en"> <head> <meta charset="UTF-8&quo ...
- JavaScript Array 对象
JavaScript Array 对象 Array 对象 Array 对象用于在变量中存储多个值: var cars = ["Saab", "Volvo", & ...
- Win7安装visual c++ 2015 redistributable x64失败
from:http://www.fxyoke.cn/forum.php?mod=viewthread&tid=1171 在win7中安装visual c++ 2015 redistributa ...
- 初识html5 File API实现带有进度提示的文件上传
Html5终于解决了上传文件的同时显示文件上传进度的老问题.现在大部分的网站用Flash去实现这一功能,还有一些网站继续采用Html <form>with enctype=multipar ...
- SpringMVC的Ajax提交
这种类型的提交, 必须配合 multipartResolver, $("button:submit").click(function(){ $.ajax({ type : 'POS ...
- 批量去除Teleport Pro整站下载文件冗余代码
teleport pro tppabs标签批量删除 teleport pro tppabs标签批量删除 使 用Teleport Pro下载的网页代码中包含了很多垃圾代码,比如下载的html网页代码中会 ...
- QT 对话框一
标准文件对话框 其函数形式如下:: QString QFileDialog::getOpenFileName ( QWidget * parent=, const QString &capti ...
- MPI+WIN10并行试运行
系统:2015 win10专业版 x64 MPI安装包:mpich2-1.4.1p1-win-x86-64.man 将后缀改为.msi 以管理员身份安装 安装过程一路默认,注意<behappy为 ...
- who命令的总结
who命令能做什么 who命令用来查看谁登录了系统(show who is logged on ): 每一行代表一个巳经登录的用户,第1列是用户名,第2列是终端名,第3列是登录时间. 通过whatis ...
- sql server利用开窗函数over() 进行分组统计
这是一道常见的面试题,在实际项目中经常会用到. 需求:求出以产品类别为分组,各个分组里价格最高的产品信息. 实现过程如下: declare @t table( ProductID int, Produ ...