java -jar /home/liuhui/bin/trinityrnaseq_r20140413p1/trinity-plugins/Trimmomatic/trimmomatic.jar PE -threads 20 -phred33 P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz \
P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.P.qtrim P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.U.qtrim P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.P.qtrim P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.U.qtrim SLIDINGWINDOW:4:5 LEADING:5 TRAILING:5 MINLEN:25 cat P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.P.qtrim P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.U.qtrim > P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.PwU.qtrim.fq
cat P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.P.qtrim P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.U.qtrim > P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.PwU.qtrim.fq gzip P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.P.qtrim P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.U.qtrim P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.P.qtrim P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.U.qtrim &

Quality trimming using Trimmomatic的更多相关文章

  1. Quality Trimming Via Trimmomatic

    已经去除接头(adapter) java -jar trimmomatic.jar PE -threads 20 -phred33 \ left.fastq.gz right.fastq.gz \ l ...

  2. 【转录组入门】3:了解fastq测序数据

    操作:需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件,并且用fastqc软件测试测序文件的质量 作业:理解测序reads,GC含量,质量值,接头,index,fastqc ...

  3. Trimmomatic安装与使用

    默认参数: java -jar trimmomatic-0.30.jar PE s_1_1_sequence.txt.gz s_1_2_sequence.txt.gzlane1_forward_pai ...

  4. Quality assessment and quality control of NGS data

    http://www.molecularevolution.org/resources/activities/QC_of_NGS_data_activity_new table of contents ...

  5. Trimmomatic过滤Illumina低质量序列

    1. 下载安装 直接去官网下载二进制软件,解压后的trimmomatic-0.36.jar即为我们需要的软件 官网: http://www.usadellab.org/cms/index.php?pa ...

  6. EasyMesh - A Two-Dimensional Quality Mesh Generator

    EasyMesh - A Two-Dimensional Quality Mesh Generator eryar@163.com Abstract. EasyMesh is developed by ...

  7. Quality 是什么?

    Quality 是什么? 通常,我们谈及 Quality(质量)时,最常见的问题就是:Quality 是什么? 有很多业界先驱和研究人员已经回答了这个问题,我在这里并不会再给出一个新的答案.在学习总结 ...

  8. (TODO:)下载图片,报错:warning: could not load any Objective-C class information from the dyld shared cache. This will significantly reduce the quality of type information available.

    想使用NSInvocationOperation下载图片,然而并没有下载下来, NSData为nil, 还有报错:(打断点就报错) warning: could not load any Object ...

  9. QC学习一:Windows环境中Quality Center 9.0安装详解

    一.安装前准备 1.安装环境:windows XP.SQL Server2005 2.准备安装文件:Quality Center 9.0 (qc10以上,包括qc10,qc只支持安装在服务器操作系统上 ...

随机推荐

  1. 未找到数据,异常处理:exception when no_data_found then 异常处理语句;

    未找到数据. 在 select 字段 Into 变量 from 表 where 条件: 这种语句中很有可能会有select 不到数据的问题,导致报错"未找到数据" 要解决这种问题需 ...

  2. MySQL触发器如何正确使用

    MySQL触发器如何正确使用 2010-05-18 15:58 佚名 博客园 字号:T | T 我们今天主要向大家介绍的是MySQL触发器进行正确使用,其中包括对MySQL触发器发器的语句创建,触发时 ...

  3. IE 和Firefox的js兼容性总结

    IE 和Firefox的js兼容性总结 12 August 2010 11:39 Thursday by 小屋 标签: 浏览器 方法 属性 IT 写法 一.函数和方法差异 1 . getYear()方 ...

  4. 动画制作库tween样例学习

    mark: https://www.npmjs.com/package/tween

  5. NOIP2016提高组解题报告

    NOIP2016提高组解题报告 更正:NOIP day1 T2天天爱跑步 解题思路见代码. NOIP2016代码整合

  6. BZOJ 3295: [Cqoi2011]动态逆序对

    3295: [Cqoi2011]动态逆序对 Time Limit: 10 Sec  Memory Limit: 128 MBSubmit: 3865  Solved: 1298[Submit][Sta ...

  7. Windows 8.1 新增控件之 CommandBar

    上一篇为大家介绍了AppBar 的相关内容,本篇继续介绍CommandBar 的使用方法.与AppBar 相比而言,CommandBar 在开发使用方面较为单一,在按键布局上分为主控区(Primary ...

  8. Java类加载和类反射回顾

    今天学习Spring,突然想重新复习一下Java类加载和类反射的.巩固一下底层原理.部分参考了李刚老师的<疯狂Java讲义>和陈雄华.林开雄的<Spring3.x企业应用开发实战&g ...

  9. hadoop:将WordCount打包成独立运行的jar包

    hadoop示例中的WordCount程序,很多教程上都是推荐以下二种运行方式: 1.将生成的jar包,复制到hadoop集群中的节点,然后运行 $HADOOP_HOME/bin/hadoop xxx ...

  10. easyui layout 折叠后显示标题

    (function($){ var buttonDir = {north:'down',south:'up',east:'left',west:'right'}; $.extend($.fn.layo ...