原来的主文件夹中替换了3个子文件夹，每个子文件夹有若干同名文件，总共替换了大概200多个文件吧。

然后在git主文件夹中使用git add .指令出现如下错误：

apple@kissAir: iOS$git add .
fatal: Not a git repository: Pinball.spritebuilder/Source/libs/cocos2d-iphone/external/Chipmunk/../../.git/modules/external/Chipmunk

按照网上的做法在各个子目录使用 git init 命令，无效！

于是依次进入出错目录，发现其中含有的.git文件不是一个目录！遂将其删除，重复将所有这类文件都删干净之后，git add . 命令执行正常。

可以考虑写一个宏来完成。;)

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