plink合并文件并更新SNP位置（merge file, update SNP position）

一、合并文件

plink合并文件需要用到“merge”参数

如果是ped和map格式文件，则用以下命令：

plink --file data1 --merge data2.ped data2.map --recode --out merge

　　

如果是二进制文件和ped,map格式文件，则用以下命令：

plink --bfile data1 --merge data2.ped data2.map --make-bed --out merge

　　

如果都是二进制文件，则用以下命令：

plink --bfile data1 --bmerge data2.bed data2.bim data2.fam --make-bed --out merge

　　

如果是合并多个文件，则用以下命令：

/plink-1.07-x86_64/plink --noweb --bfile file --merge-list batch.txt --make-bed --out batch

　　batch.txt的文件格式如下：

file1.bed file1.bim file1.fam

file2.bed file2.bim file2.fam

二、更新SNP位置

假设更新 rs10002到位置580000，如下所示：

原始文件：

     ...
     rs10001   500000
     rs10002   580000
     rs10003   540000
     rs10004   560000
     ...
新的文件：

     ...
     rs10001   500000
     rs10003   540000
     rs10004   560000
     rs10002   580000
     ...

更新SNP位置可以采用plink的“--update-name ”和“--update-chr”参数

具体命令如下：

./plink --bfile mydata --update-map rsID.lst --update-name --make-bed --out mydata2

　　

或者

./plink --bfile mydata --update-map chr-codes.txt --update-chr --make-bed --out mydata2

　　

rsID.lst的输入格式如下：

    SNP_A-1919191   rs123456
    SNP_A-64646464  rs222222
    ...

chr-codes.txt的输入格式如下：

   rs123456     1
   rs987654     18
   rs678678     X
   ..

参考链接：

1、http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/dataman.shtml#merge

2、http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/dataman.shtml#updatemap