乙醇脱氢酶力场文件的处理（含ZN，NAD，乙醇）

很多蛋白质在行驶生物催化反应（如ATP水解，氨基酸的乙酰化，CoA的去乙酰化，甲基化等等）都需要金属离子（Mg，Zn，Ca等等）的参与，换句话说，金属离子对蛋白功能是必须的。模拟金属酶体系，现在也是分子动力学中的热点及难点，尤其现在结合量子力学与分子力学的方法（QM/MM）更是前言。以Amber为例

1.金属的参数文件(在amber中不包括)：

（1）Ca离子的

0 0 2

Calsium Ion
CAL
CAL INT 1
CORR OMIT DU BEG
0.000000
1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.0000 0.0000 0.0000 0.000
2 DUMM DU M 1 0 -1 1.0000 0.0000 0.0000 0.000
3 DUMM DU M 2 1 0 1.0000 90.0000 0.0000 0.000
4 C0 C0 M 3 2 1 1.0000 90.0000 180.0000 2.000

DONE
STOP

（2）Zn离子的

0 0 2

Zinc Ion
ZIN
ZIN INT 1
CORR OMIT DU BEG
0.000000
1 DUMM DU M 0 -1 -2 0.0000 0.0000 0.0000 0.000
2 DUMM DU M 1 0 -1 1.0000 0.0000 0.0000 0.000
3 DUMM DU M 2 1 0 1.0000 90.0000 0.0000 0.000
4 Zn Zn M 3 2 1 1.0000 90.0000 180.0000 2.000

DONE
STOP

2.NAD力场

在Amber中有现成的：http://www.pharmacy.manchester.ac.uk/bryce/amber

用NAD+.frcmod和NAD+.lib在tleap中生成NDP.pdb (NAD+.frcmod和NAD+.lib以NDP为名生成的)

然后按照NDP.PDB中的原子类型修改自己的PDB，与力场中的相一致。

3.乙醇的立场

按照教程http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial4b/生成ETF.frcmod和ETF.lib

4. 整合

Amber脚本注入：

source leaprc.gaff //载入小分子立场

source leaprc.ff99SB //载入蛋白立场文件
loadamberparams ETF.frcmod //载入乙醇分子的参数文件
loadoff ETF.lib //载入乙醇力场

addatomtypes {{ "Zn" "Zn" "sp3" }} //向amber软件添加金属原子类型（Zn），名字：这主要是amber内部没有这些金属参数信息，需要自行加上，要与PDB中一致
（addatomtypes {{ "Ca" "Ca" "sp3" }} //向amber软件添加金属原子类型（Ca），名字：这主要是amber内部没有这些金属参数信息，需要自行加上）
（loadamberprep cals.top //载入自己构建的金属（Ca）参数文件）
loadamberprep zinc.top //载入自己构建的金属（Zn）参数文件，上面的参数
set ZIN restype protein //设定金属（Zn）参数文件作为蛋白的一部分，并想氨基酸一样取一个三个字（大写，amber格式要求的）的名字（随便取，这里我把Zn离子取为ZIN）
（set CAL restype protein //设定金属（Ca）参数文件作为蛋白的一部分，并想氨基酸一样取一个三个字（大写，amber格式要求的）的名字（随便取，这里我把Ca离子取为CAL））

proetin = loadpdb protein.pdb //载入所模拟的蛋白，本例子，我把蛋白，金属，结晶水分子都考虑在内，放到一个PDB文件中
com = combine {protein LIG} //把模拟的蛋白，金属，水分子，与小分子配体联合起来，作为一个模拟的整体

saveamberparm LIG lig.prmtop lig.inpcrd
saveamberparm proetin proetin.prmtop proetin.inpcrd
saveamberparm com com.prmtop com.inpcrd
savepdb com com.pdb
addions com Cl- 2
solvatebox com TIP3PBOX 10
saveamberparm com com_solvated.prmtop com_solvated.inpcrd
quit

参考：http://blog.sina.com.cn/s/blog_6ae686e701016gwy.html