java 与 R 相互调用

https://www.r-project.org/

http://cos.name/2013/08/r-rjava-java/

http://blog.csdn.net/hwssg/article/details/39177959

目录

1. rJava介绍
2. rJava安装
3. rJava实现R调用Java
4. rJava(JRI)实现Java调用R (win7)
5. rJava(JRI)实现Java调用R (Ubuntu)

1. rJava介绍

rJava是一个R语言和Java语言的通信接口，通过底层JNI实现调用，允许在R中直接调用Java的对象和方法。

rJava还提供了Java调用R的功能，是通过JRI(Java/R Interface)实现的。JRI现在已经被嵌入到rJava的包中，我们也可以单独试用这个功能。现在rJava包，已经成为很多基于Java开发R包的基础功能组件。

正式由于rJava是底层接口，并使用JNI作为接口调用，所以效率非常高。在JRI的方案中，JVM直接通过内存直接加载RVM，调用过程性能几乎无损耗，因此是非常高效连接通道，是R和Java通信的首选开发包。

2. rJava安装

rJava安装

#配置rJava环境
~ sudo R CMD javareconf

#启动R
~ sudo R
> install.packages("rJava")
installing via 'install.libs.R' to /usr/local/lib/R/site-library/rJava
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
* DONE (rJava)

The downloaded source packages are in
        ‘/tmp/RtmpiZyCE7/downloaded_packages’
加黑的为主要的操作步骤，要注意，我安装的时候由于软件权限不够，因此rjava包未能安装到R主目录下，同时下载包被存到了另外的位置，需要自己记住，然后将下载包复制解压到自己选择的rjava包的位置。

3. rJava实现R调用Java

在R环境中，使用rJava包编程

#加载rJava包
> library(rJava)
> search()
 [1] ".GlobalEnv"        "package:rJava"     "package:stats"
 [4] "package:graphics"  "package:grDevices" "package:utils"
 [7] "package:datasets"  "package:methods"   "Autoloads"
[10] "package:base"

#启动JVM
> .jinit()

#声明并赋值到字符串
> s <- .jnew("java/lang/String", "Hello World!")
[1] "Java-Object{Hello World!}"

#查看字符串长度
> .jcall(s,"I","length")
[1] 12

#索引World的位置
> .jcall(s,"I","indexOf","World")
[1] 6

#查看concat的方法声明
> .jmethods(s,"concat")
[1] "public java.lang.String java.lang.String.concat(java.lang.String)"

#使用concat方法连接字符串
> .jcall(s,"Ljava/lang/String;","concat",s)
[1] "Hello World!Hello World!"

#打印字符串对象
> print(s)
[1] "Java-Object{Hello World!}"

#打印字符串值
> .jstrVal(s)
[1] "Hello World!"

rJava优化过的方法调用，用$来调用方法

#同.jcall(s,"I","length")
> s$length()
[1] 12

#同.jcall(s,"I","indexOf","World")
> s$indexOf("World")
[1] 6

4. rJava(JRI)实现Java调用R (win7)

在win7中安装rJava

系统环境：

• win7 64bit 旗舰版
• R 3.0.1
• Java 1.6.0_45

设置环境变量

PATH: C:\Program Files\R\R-3.0.1\bin\x64;D:\toolkit\java\jdk6\bin;D:\toolkit\java\jdk6\jre\bin\server

JAVA_HOME: D:\toolkit\java\jdk6

CLASSPATH: C:\Program Files\R\R-3.0.1\library\rJava\jri

CLASSPATH=D:\proSoftware\R-2.15.0\library\rJava\jri;
PATH=D:\proSoftware\R-2.15.0\bin\i386
R_HOME=D:\proSoftware\R-2.15.0\R-2.15.0\

这里要注意，如果上一步的rjava包不在默认位置，需要把上述环境变量做相应的修改。上面两种方式，第一种实测可行，第二种应该也问题不大。

将D:\proSoftware\R-2.15.0\library\rJava\jri下的三个jar包（JRIEngine.jar，JRI.jar，REngine.jar）拷到C:\Program Files\Java\jdk1.6.0_10\lib目录下，即jdk目录的lib下

打开eclipse，创建java project。同时将上述三个包导入工程中。

D:\proSoftware\R-2.15.0\library\rJava\jri\examples目录下有两个自带测试代码rtest.java和rtest2.java。

运行这两个代码，如果结果不报错，说明调用成功。

运行之前记得run configurations中添加VM参数设置为 -Djava.library.path=D:\proSoftware\R-2.15.0\library\rJava\jri

另外，导入包之后，全部设置完之后如果程序报错，可以重启eclipse，再试下。

也可以使用以下代码测试

[1] "Java-Object{Hello World!}"

启动Eclipse编写程序

package org.conan.r.rjava;

import org.rosuda.JRI.Rengine;

public class DemoRJava {

    public static void main(String[] args) {
        DemoRJava demo = new DemoRJava();
        demo.callRJava();
    }

    public void callRJava() {
        Rengine re = new Rengine(new String[] { "--vanilla" }, false, null);
        if (!re.waitForR()) {
            System.out.println("Cannot load R");
            return;
        }

        //打印变量
        String version = re.eval("R.version.string").asString();
        System.out.println(version);

        //循环打印数组
        double[] arr = re.eval("rnorm(10)").asDoubleArray();
        for (double a : arr) {
            System.out.print(a + ",");
        }
        re.end();
    }
}

在Eclipse启动设置VM参数：在run下面，run configuration

-Djava.library.path="C:\Program Files\R\R-3.0.1\library\rJava\jri\x64"

运行结果：

R version 3.0.1 (2013-05-16)
0.04051018703700011,-0.3321596519938258,0.45642459001166913,-1.1907153494936031,1.5872266854172385,1.3639721994863943,-0.6309712627586983,-1.5226698569087498,-1.0416402147174952,0.4864034017637044,

打包DemoRJava.jar
在Eclipse中完成打包，上传到linux环境，继续测试。

5. rJava(JRI)实现Java调用R (Ubuntu)

新建目录DemoRJava，上传DemoRJava.jar到DemoRJava

~ mkdir /home/conan/R/DemoRJava
~ cd /home/conan/R/DemoRJava
~ ls -l
-rw-r--r-- 1 conan conan 1328 Aug  8  2013 DemoRJava.jar

运行Jar包

~ export R_HOME=/usr/lib/R
~ java -Djava.library.path=/usr/local/lib/R/site-library/rJava/jri -cp /usr/local/lib/R/site-library/rJava/jri/JRI.jar:/home/conan/R/DemoRJava/DemoRJava.jar org.conan.r.rjava.DemoRJava

运行结果

R version 3.0.1 (2013-05-16)
0.6374494596732511,1.3413824702002808,0.04573045670001342,-0.6885617932810327,0.14970067632722675,-0.3989493870007832,-0.6148250252955993,0.40132038323714453,-0.5385260423222166,0.3459850956295771,

我们完成了，R和Java的互调。包括了R通过rJava调用Java，Java通过JRI调用R。并演示了win和linux中的使用方法。