quartus可以在Devic and Pin Options里设置默认引脚状态， ISE也有这个功能，步骤如下，

1.右击Generate Programming File

2.选择Process Properties

3.选择Configuration Options

00

4.在右边-g UnusedPin选择想要的默认值.

转载：http://blog.csdn.net/chat1/article/details/50723571

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