• Multiple Alignment:

    MUSCLE

    ProbCons

    T-Coffee

    ClustalW

  • Alignment curation:

    Gblocks

    Remove positions with gaps

  • Construction of phylogenetic tree:
  1. Maximum Likelihood

    PhyML
  2. Parsimony

    TNT
  3. Distances

    ProtDist/FastDist + BioNJ

    ProtDist/FastDist + Neighbor

    Bayesian inference

    MrBayes (limit: 30 sequences)
  • Visualisation of phylogenetic tree:

    TreeDyn

    Drawgram

    Drawtree

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