Roche 454，Solexa和ABI SOLID均有单端测序和双端测序两种方式。在基因组De Novo测序过程中，Roche454的单端测序读长可以达到400p，经常用于基因组骨架的组装，而Solexa和ABI SOLID双端测序可以用于组装scaffolds和填补gap。下面以solexa为例，对单端测序(Single-ead)和双端测序(Paied-end和Mate-pai)进行介绍。

Single-ead、Paied-end和Mate-pai主要区别在测序文库的构建方法上。
1、单端测序(Single-ead)首先将DNA样本进行片段化处理形成200-500p的片段，引物序列连接到DNA片段的一端，然后末端加上接头，将片段固定在flowcell上生成DNA簇，上机测序单端读取序列。
2、Paied-end方法是指在构建待测DNA文库时在两端的接头上都加上测序引物结合位点，在第一轮测序完成后，去除第一轮测序的模板链，用对读测序模块(Paied-End Module)引导互补链在原位置再生和扩增，以达到第二轮测序所用的模板量，进行第二轮互补链的合成测序。

3、Mate-pai文库制备旨在生成一些短的DNA片段，这些片段包含基因组中较大跨度(2-10k)片段两端的序列，更具体地说：首先将基因组DNA随机打断到特定大小（2-10k范围可选）；然后经末端修复，生物素标记和环化等实验步骤后，再把环化后的DNA分子打断成400-600p的片段并通过带有链亲和霉素的磁珠把那些带有生物素标记的片段捕获。这些捕获的片段再经末端修饰和加上特定接头后建成mate-pai文库，然后上机测序。

所以，read1 read2 是由测序文库构建决定的。

参考：http://www.ggdoc.com/5Y2V56uv5rWL5bqP5ZKM5Y_M56uv5rWL5bqP0/YzAwNzU4ZWQ4NDI1NGIzNWVlZmQzNDQw0/

单端测序(Single- ead)和双端测序(Pai ed-end和Mate-pai )的关系的更多相关文章

  1. 用Python实现的数据结构与算法：双端队列

    一.概述 双端队列(deque,全名double-ended queue)是一种具有队列和栈性质的线性数据结构.双端队列也拥有两端:队首(front).队尾(rear),但与队列不同的是,插入操作在两 ...

  2. 8、泛型程序设计与c++标准模板库2.3双端队列容器

    双端队列容器是一种放松了访问权限的队列.除了从队列的首部和尾部访问元素外,标准的双端队列也支持通过使用下标操作符"[]"进行直接访问. 它提供了直接访问和顺序访问方法.其头文件为& ...

  3. 数据结构之双端队列（Deque）

    1,双端队列定义 双端队列:其两端都可以入列和出列的数据结构,如下图所示,队列后面(rear)可以加入和移出数据,队列前面(front)可以加入和移出数据 双端队列操作: deque=Deque() ...

  4. Java数据结构——双端队列

    双端队列(Deque)双端队列是指允许两端都可以进行入队和出队操作的队列,其元素的逻辑结构仍是线性结构.将队列的两端分别称为前端和后端,两端都可以入队和出队.Deque继承自Queue接口,Deque ...

  5. Python实现的数据结构与算法之双端队列详解

    一.概述 双端队列(deque,全名double-ended queue)是一种具有队列和栈性质的线性数据结构.双端队列也拥有两端:队首(front).队尾(rear),但与队列不同的是,插入操作在两 ...

  6. JavaScript 数据结构与算法2(队列和双端队列)

    学习数据结构的 git 代码地址: https://gitee.com/zhangning187/js-data-structure-study 1.队列和双端队列 队列和栈非常类似,但是使用了与 后 ...

  7. Java单链表、双端链表、有序链表实现

    单链表: insertFirst:在表头插入一个新的链接点,时间复杂度为O(1) deleteFirst:删除表头的链接点,时间复杂度为O(1) 有了这两个方法,就可以用单链表来实现一个栈了,见htt ...

  8. java数据结构——单链表、双端链表、双向链表（Linked List）

    1.继续学习单链表,终于摆脱数组的魔爪了,单链表分为数据域(前突)和引用域(指针域)(后继),还有一个头结点(就好比一辆火车,我们只关心火车头,不关心其它车厢,只需知晓车头顺藤摸瓜即可),头结点没有前 ...

  9. 从壹开始前后端分离 [ vue + .netcore 补充教程 ] 二九║ Nuxt实战：异步实现数据双端渲染

    回顾 哈喽大家好!又是元气满满的周~~~二哈哈,不知道大家中秋节过的如何,马上又是国庆节了,博主我将通过三天的时间,给大家把项目二的数据添上(这里强调下,填充数据不是最重要的,最重要的是要配合着让大家 ...

随机推荐

  1. 2019年春季学期第四周作业Compile Summarize

    这个作业属于哪个课程 C语言程序设计一 这个作业要求在哪里 2019春季学期第四周作业 我的课程目标 重新学习有关数组的问题 这个作业在哪个具体方面帮助我实现目标 对于置换有了新的见解 参考文献 中国 ...

  2. linux kettle

    https://blog.csdn.net/zzq900503/article/details/79110810

  3. StringBuufer与StringBulder线程的区别

    StringBulder的append方法 不是synchronized修饰的   线程不安全     效率相对很快StringBuufer的append方法  是 synchronized修饰的  ...

  4. vi命令插入

    1.插入 i :在当前光标前插入 I:在当前行的行首插入 a:在当前光标后插入 A:在当前行的行尾插入 o:在当前行的下面另起一行插入 O:在当前行的上面另起一行插入 s:删除当前光标的字符并开始插入 ...

  5. JDK8 Stream操作整理

    1,forEach this.quoteItemList.forEach(p -> p.setMode(mode)); 2,获取对话属性,去重后生成集合 List<String> p ...

  6. ubuntu 16.04 搭建tigervnc

    主要参考 https://vitux.com/ubuntu-vnc-server/ apt install xfce4 xfce4-goodies -yapt install -y tightvncs ...

  7. visual studio 启动报 activityLog.xml文件 错误

    1.在安装目录里面找到 devenv.exe 这个文件的所在位置C:\Program Files\Microsoft Visual Studio 10.0\Common7\IDE 2.点击左下角图标, ...

  8. GET和POST两种基本请求方法(转自博主--在途中#)

    GET和POST两种基本请求方法的区别 GET和POST是HTTP请求的两种基本方法,要说它们的区别,接触过WEB开发的人都能说出一二. 最直观的区别就是GET把参数包含在URL中,POST通过req ...

  9. #WEB安全基础 : HTTP协议 | 0x12 MIME多用途邮件扩展以及多部分对象集合

    我们是怎么让邮件里又有图片又有文字的? 文字和图片是两个不同的类型,而邮件又是一个类型. C语言的结构体允许用户定义一个含有多类型的自定义类型 像这样,看不懂没关系,你只要知道邮件里有多个类型就可以了 ...

  10. JDK8 HashMap--treeify()树形化方法

    /*创建红黑树*/ final void treeify(Node<K,V>[] tab) { TreeNode<K,V> root = null;// 定义红黑树根节点roo ...