UpSetR 关联的 venneuler 包安装笔记

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背景

R 语言中的 venneuler 是一个用于计算并显示韦恩图和欧拉图的包，这个包在 CRAN 上的最后一个版本是 1.1.0，发布于 2011-08-10，它是一个基于 rJava 依赖的 R 包。

vd <- venneuler(c(A=0.3, B=0.3, C=1.1, "A&B"=0.1, "A&C"=0.2, "B&C"=0.1 ,"A&B&C"=0.1))
plot(vd)

# same as c(A=1, `A&B&C`=1, C=1)
m <- data.frame(elements=c("1","2","2","2","3"), sets=c("A","A","B","C","C"))
v <- venneuler(m)
plot(v)

m <- as.matrix(data.frame(A=c(1.5, 0.2, 0.4, 0, 0),
                          B=c(0 , 0.2, 0 , 1, 0),
                          C=c(0 , 0 , 0.3, 0, 1)))
# without weights
v <- venneuler(m > 0)
plot(v)

# with weights
v <- venneuler(m)
plot(v)

在 venneuler 包，作者引入了一个的用于描述集合交集的向量，这一点后来也被UpSetR所借鉴，即UpSetR中的fromExpression。UpSetR接受三种类型的数据输入：

• 表格数据，即 R 语言里面的数据框。行表示元素，列表示数据集分配和额外信息。

• 元素名的集合(fromList)。

• venneuler包引入的用于描述集合交集的向量 (fromExpression)。

早在 18 年 6 月的时候，我公众号上写过一篇关于
UpSetR的学习笔记《
UpSetR：多数据集绘图可视化处理利器》，提到过一下
venneuler，当时也没怎么留意，直到前不久有个读者在使用
UpSetR的时候给我了一个截图。

• 其实，这个截图中的fromExpression拼写错了，如果UpSetR安装好了，函数 fromExpression 也拼写对了，截图中导入集合交集向量数据的问题也就迎刃而解。

• rJava，venneuler包的安装并没有想象中的那么好安装，尤其是venneuler。

问题

使用conda install r-venneuler安装完venneuler包后，library(venneuler)加载时出现动态库异常。

> library(venneuler)
Loading required package: rJava
Error occurred during initialization of VM
Unable to load native library: /usr/local/software/miniconda3/libjava.so: cannot open shared object file: No such file or directory

$ R CMD javareconf
Java interpreter : /usr/local/software/miniconda3/bin/java
Java version     : 1.8.0_192
Java home path   : /usr/local/software/miniconda3/jre
Java compiler    : /usr/local/software/miniconda3/bin/javac
Java headers gen.: /usr/local/software/miniconda3/bin/javah
Java archive tool: /usr/local/software/miniconda3/bin/jar

trying to compile and link a JNI program
detected JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/../include -I$(JAVA_HOME)/../include/linux
detected JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/amd64/server -ljvm
x86_64-conda_cos6-linux-gnu-cc -I"/usr/local/software/miniconda3/lib/R/include" -DNDEBUG -I/usr/local/software/miniconda3/jre/../include -I/usr/local/software/miniconda3/jre/../include/linux  -DNDEBUG -D_FORTIFY_SOURCE=2 -O2 -isystem /usr/local/software/miniconda3/include -I/usr/local/software/miniconda3/include -Wl,-rpath-link,/usr/local/software/miniconda3/lib  -fpic  -march=nocona -mtune=haswell -ftree-vectorize -fPIC -fstack-protector-strong -fno-plt -O2 -ffunction-sections -pipe -isystem /usr/local/software/miniconda3/include -fdebug-prefix-map=/home/conda/feedstock_root/build_artifacts/r-base_1576190804673/work=/usr/local/src/conda/r-base-3.6.2 -fdebug-prefix-map=/usr/local/software/miniconda3=/usr/local/src/conda-prefix  -c conftest.c -o conftest.o
x86_64-conda_cos6-linux-gnu-cc -shared -L/usr/local/software/miniconda3/lib/R/lib -Wl,-O2 -Wl,--sort-common -Wl,--as-needed -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -Wl,--disable-new-dtags -Wl,--gc-sections -Wl,-rpath,/usr/local/software/miniconda3/lib -Wl,-rpath-link,/usr/local/software/miniconda3/lib -L/usr/local/software/miniconda3/lib -Wl,-rpath-link,/usr/local/software/miniconda3/lib -o conftest.so conftest.o -L/usr/local/software/miniconda3/jre/lib/amd64/server -ljvm -L/usr/local/software/miniconda3/lib/R/lib -lR

JAVA_HOME        : /usr/local/software/miniconda3/jre
Java library path: $(JAVA_HOME)/lib/amd64/server
JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/../include -I$(JAVA_HOME)/../include/linux
JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/amd64/server -ljvm
Updating Java configuration in /usr/local/software/miniconda3/lib/R
Done.

$ cd /usr/local/software/miniconda3
$ find ./ -name libjava.so
./pkgs/openjdk-8.0.192-h516909a_1004/jre/lib/amd64/libjava.so
./jre/lib/amd64/libjava.s

即使使用LD_LIBRARY_PATH添加完目标动态库后，后面出现的"java/lang/NoClassDefFoundError: java/lang/Object"异常也依然没办法解决。

$ export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/software/miniconda3/jre/lib/amd64:$LD_LIBRARY_PATH
$ R

R version 3.6.2 (2019-12-12) -- "Dark and Stormy Night"
Copyright (C) 2019 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-conda_cos6-linux-gnu (64-bit)

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'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

> library(venneuler)
Loading required package: rJava
Error occurred during initialization of VM
java/lang/NoClassDefFoundError: java/lang/Object

为了避免 base 环境的影响，使用 conda create -n r-3.6.2 r-base=3.6.2创建的新环境中发现，conda install -r r-venneuler会同时执行 openjdk，r-rjava，r-venneuler三个包的安装，并解决它们其中的依赖，但即使安装过程没有任何问题，在使用library(venneuler)后上面提到的问题也仍然会出现。

conda环境中openjdk，r-rjava，r-venneuler都可以安装成功，但就是用不了，这是我在 conda 中遇到的问题，暂时没找到解决方法。

解决

抛弃了 conda 后，用最原始的方法，终于可以解决这个问题，下面是记录。

1. 安装二进制的 java

在
Java SE 7 Archive Downloads 页面下载
jdk-7u80-linux-x64.tar.gz，解压缩。

$ tar zvxf jdk-7u80-linux-x64.tar.gz
$ mv jdk1.7.0_80 /usr/local/software

2. Java 环境配置

把下面的内容添加到~/.bashrc最后，source ~/.bashrc执行环境变量更新。

export PATH=/usr/local/software/jdk1.7.0_80/bin:$PATH
export JAVA_HOME=/usr/local/software/jdk1.7.0_80
export JRE_HOME=/usr/local/software/jdk1.7.0_80/jre
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/software/jdk1.7.0_80/lib/amd64:/usr/local/software/jdk1.7.0_80/jre/lib/amd64:$LD_LIBRARY_PATH

3. 更新 R 的 java 配置

如果没有更新 R 语言的java支持配置，直接执行isntall.packages(rJava)可能会引发以下问题：

checking whether JNI programs run... configure: error: Unable to run a simple JNI program. 
Make sure you have configured R with Java support (see R documentation) and check config.log for failure reason.

所以，请使用下面的命令更新 R 语言的 java 支持配置：

$ /usr/local/software/miniconda3/bin/R CMD javareconf
Java interpreter : /usr/local/software/jdk1.7.0_80/jre/bin/java
Java version     : 1.7.0_80
Java home path   : /usr/local/software/jdk1.7.0_80
Java compiler    : /usr/local/software/jdk1.7.0_80/bin/javac
Java headers gen.: /usr/local/software/jdk1.7.0_80/bin/javah
Java archive tool: /usr/local/software/jdk1.7.0_80/bin/jar

trying to compile and link a JNI program
detected JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/include -I$(JAVA_HOME)/include/linux
detected JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/jre/lib/amd64/server -ljvm
x86_64-conda_cos6-linux-gnu-cc -I"/usr/local/software/miniconda3/lib/R/include" -DNDEBUG -I/usr/local/software/jdk1.7.0_80/include -I/usr/local/software/jdk1.7.0_80/include/linux  -DNDEBUG -D_FORTIFY_SOURCE=2 -O2 -isystem /usr/local/software/miniconda3/include -I/usr/local/software/miniconda3/include -Wl,-rpath-link,/usr/local/software/miniconda3/lib  -fpic  -march=nocona -mtune=haswell -ftree-vectorize -fPIC -fstack-protector-strong -fno-plt -O2 -ffunction-sections -pipe -isystem /usr/local/software/miniconda3/include -fdebug-prefix-map=/home/conda/feedstock_root/build_artifacts/r-base_1576190804673/work=/usr/local/src/conda/r-base-3.6.2 -fdebug-prefix-map=/usr/local/software/miniconda3=/usr/local/src/conda-prefix  -c conftest.c -o conftest.o
x86_64-conda_cos6-linux-gnu-cc -shared -L/usr/local/software/miniconda3/lib/R/lib -Wl,-O2 -Wl,--sort-common -Wl,--as-needed -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -Wl,--disable-new-dtags -Wl,--gc-sections -Wl,-rpath,/usr/local/software/miniconda3/lib -Wl,-rpath-link,/usr/local/software/miniconda3/lib -L/usr/local/software/miniconda3/lib -Wl,-rpath-link,/usr/local/software/miniconda3/lib -o conftest.so conftest.o -L/usr/local/software/jdk1.7.0_80/jre/lib/amd64/server -ljvm -L/usr/local/software/miniconda3/lib/R/lib -lR

JAVA_HOME        : /usr/local/software/jdk1.7.0_80
Java library path: $(JAVA_HOME)/jre/lib/amd64/server
JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/include -I$(JAVA_HOME)/include/linux
JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/jre/lib/amd64/server -ljvm
Updating Java configuration in /usr/local/software/miniconda3/lib/R
Done.

4. 安装 rJava 和 venneuler

上面的步骤完成后，在 R 中使用rJava和venneuler，发现一切正常。

install.packages("rJava")
install.packages("venneuler")

后话

本文分享自微信公众号 - 生信科技爱好者（bioitee）。
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