command_line = ("{7} {0} -Xmx{1} -jar {2} -T Pileup -R {3} -I {4} -L {5} -o {6} " +
"-verbose -rf DuplicateRead --filter_reads_with_N_cigar " +
"--filter_mismatching_base_and_quals").format(JAVA_TEMP, opts.xmx_java, GATK, REFERENCE, opts.bam, MARKER_FILE, opts.outfile, opts.java)

os.system(command_line)

python os.system command_line的更多相关文章

  1. python os.system 和popen

    1.python  os.system 和popen  其中第一个只会返回0或者1,另外一个会返回执行结果 每天生成一个文件,并把磁盘的使用情况写到到这个文件中,文件名为日期格式(yyyy-mm-dd ...

  2. python os.system()返回值判断

    最近遇到os.system()执行系统命令的情况,上网搜集了一下资料,整理如下,以备不时之需,同时也希望能帮到某些人. 一.python中的 os.system(cmd)的返回值与linux命令返回值 ...

  3. Python os.system 和 os.popen的区别

    (1) os.system # 仅仅在一个子终端运行系统命令,而不能获取命令执行后的返回信息 system(command) -> exit_statusExecute the command ...

  4. python os.system()和os.popen()

    1>python调用Shell脚本,有两种方法:os.system()和os.popen(),前者返回值是脚本的退出状态码,后者的返回值是脚本执行过程中的输出内容.>>>hel ...

  5. Python os.system()调用.sh脚本

    参考: python调用shell脚本的两种方法| Jeff的妙想奇境 已解决--求教python如何调用.sh文件- 查看主题• Ubuntu中文论坛 CODE #!/usr/bin/env pyt ...

  6. python os.system重定向stdout到变量 ,同时获取返回值

    Python执行系统命令的方法 os.system(),os.popen(),commands 最近在做那个测试框架的时候发现 Python 的另一个获得系统执行命令的返回值和输出的类. 最开始的时候 ...

  7. python基础之使用os.system来执行系统命令

    今天我们来尝试使用python 的os.system来执行系统命令 可以使用如下方法: import osprint os.system('ping www.baidu.com') 输出的结果是:64 ...

  8. Python os.path.dirname(__file__) 与 Python os.path.abspath(__file__) 与 os.system() 函数

    Python  os.path.dirname(__file__) 与 Python os.path.abspath(__file__) 的区别 os.path.abspath(__file__)返回 ...

  9. python os语法

    前几天做了一个文件替换功能用到些python os的功能,感觉python os模块的功能非常的强大, 如果你希望你的python程序能够与平台无关的话,这个模块是尤为重要的.即它允许一个程序在编写后 ...

随机推荐

  1. [dt]世纪历史长河年代表

    年代口诀 夏商与西周, 东周分两段, 春秋和战国, 一统秦两汉, 三分魏蜀吴, 二晋前后延, 南北朝并列, 隋唐五代传, 宋元明清后, 皇朝至此完. 中国历史长河年代表 参考: 中国历史朝代顺序表.年 ...

  2. soapUI-Properties

    1.1.1  Properties 1.1.1.1 概述 - Properties Option Description   Toolbar 属性TestStep工具栏   Properties Li ...

  3. opencv之颜色过滤只留下图片中的红色区域

    如图,这次需要在图片中找到卷尺的红色刻度,所以需要对图像做过滤,只留下红色部分. 一开始的想法是分别找到RGB值,然后找到红色区域的部分保留就可以了,不过好像很难确定红色区域的RGB取值范围,所以要把 ...

  4. NLP语料库

    文本语料库是一个大型结构化文本的集合 NLTK包含了许多语料库: (1)古滕堡语料库 (2)网络和聊天文本 (3)布朗语料库 (4)路透社语料库 (5)就职演讲语料库 (6)标注文本语料库  词汇列表 ...

  5. 在MS SQL删除重复行的几种方法

    1.如果有ID字段,就是具有唯一性的字段         delect   table   where   id   not   in   (             select   max(id) ...

  6. VS中代码对齐等快捷键

    在VS2008中,选定代码后,按Ctrl+K+F组合键,可以自动进行代码对齐. 注意:要先按下Ctrl和K,再按下F,因为Ctrl+F是查找的快捷键. 也可以先按下Ctrl+K,再按下Ctrl+F. ...

  7. yii2redis安装

    yii2 – redis 配置 转自:http://www.fancyecommerce.com/2016/05/03/yii2-redis-%E9%85%8D%E7%BD%AE/ 安装redis w ...

  8. memcache 基础原理

    memcache是一套分布式的高速缓存系统,由LiveJournal的Brad Fitzpatrick开发,但目前被许多网站使用以提升网站的访问速度,尤其对于一些大型的.需要频繁访问数据库的网站访问速 ...

  9. BP神经网络的Java实现（转载）

    神经网络的计算过程 神经网络结构如下图所示,最左边的是输入层,最右边的是输出层,中间是多个隐含层,隐含层和输出层的每个神经节点,都是由上一层节点乘以其权重累加得到,标上“+1”的圆圈为截距项b,对输入 ...

  10. php 截取字符串第一个字符，截取掉字符串最后一个字符的方法

    php 截取字符串第一个字符,php截取掉字符串最后一个字符的方法: $frist = substr( $c_url, 0, 1 ); $delete_last = substr(base_url() ...