JRE System Library是只要做java开发都需要的完整的、标准的库。  
Java EE5 Libraries只是java三个方向中做java EE所需要的库。如果做Web方面的开发的话就不仅要前者后者也需要。     
JRE System Library 是运行Java程序所需要的系统库， JRE= Java Runtime Environment. 
还有个JDK,  是Java Development Kit，就是开发Java时用到的。是在JRE基础之上加了些开发，说白了就是编译.java文件时要用到的一些工具。    
Java EE Libraries一般你是得不到一个通用的版本的，它是一组标准的接口，有多种实现，你最多拿到一个servlet-api，这是一Java EE规定好的一接口，包括有Web, EJB,等等的企业级应用通常要调到的东西。比如说tomcate里放有它自己实现的JavaEE的实现，Glassfish里又有Glassfish实现的JavaEE；是不一样的。再往深了说，其实我们通常开发的Java Webapp，都是中间件，是要放到Web容器中的，这些Web/Application容器必须要提供一组通用的方法以供中间件调用，也就是容器和中间件沟通的桥梁，这个桥梁就是JavaEE Libraries。由标准化组织规定好，容器提供商实现，中间件开发者编译时使用。        
反回到JRE/JDK中，其实它也是一组标准的接口，通常你用到的是Sun,现在由Oracle提供其实现。事实上Oracle还有很多别的JRE/JDK的实现像JRockit. IBM也有自己的JRE/JDK库实现。

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