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我们最常用最熟悉的功能数据库之一:GO(gene onotology),基因本体论。其实是一套标准词汇术语,目的是从不同角度来描述某个基因的特点和功能,三大本体如生物学进程(BP)、分子功能(MF)和细胞组分(CC)。

看文献的时候,偶然看到了TO(trait onotology)和CO(crop onotology)这些概念,网上一查,原来好几年前就提出来了,专门针对植物的,基于表型性状的一种分类方法,也建立起了相应的数据库。

PO/TO

Plant and Trait Onotology(PO、TO)的官网Planteome:https://planteome.org/,看到这个词,不仅想又一个组学?

PO和TO的区别:





说实话,我还是没太弄清楚~~~

关于TO,又有解释:

一套标准词汇术语近似于GO:





实际上,这个PO分析可以作为比较基因组的分析范畴:

也有有向无环图:

整个项目源码:

https://github.com/Planteome/plant-trait-ontology

资料参考:

Plant and Trait Ontology Current Status

CO

而CO(crop onotology)又是另外一个项目了。它是从作物Crop的角度出发创建的一套分类标准和描述语录。

同样也是模仿的GO规则:

比如说水稻:

官网:

http://www.cropontology.org/

源码:

https://github.com/bioversity/Crop-Ontology

文档参考:

Crop Ontology: Vocabulary For Crop-related Concepts

后记

分类在生物学中可谓无处不在,如我们用Taxonomy来做物种分类,使用KEGG Pathway来分类不同通路途径等等,几乎所有的分析都要基于分类。

GO是从基因的角度出发创建的一套标准语义,PO/TO是从植物性状的角度,CO则是以作物本身的角度,那么是否还会有其他的Onotology提出并创建?理论上说,只要能分类,都是可以的。完全可以做transcript onotology、protein onotology、metabolite onotology等等。如下图,都可以,关键是有没有必要,这样做的意义大不大。反正在它们还没被广泛接受和应用的时候,我是不会用的。

表型和性状本身是个非常宽泛的词,如果只将生物的因果划分为表型和基因型两类,那么除基因组外的其他组学都可视为表型。

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