针对对称性PDB 3UKM,使用make_symmdef_file.pl脚本,可以执行产生对称单元及对称文件:

$> $ROSETTA3/src/apps/public/symmetry/make_symmdef_file.pl -m NCS -a A -i B -p 3UKM.pdb > 3UKM.symm

参数意义:

Here we are using symmetry to model an already-symmetric starting protein. This is called non-crystallographic (NCS) mode. We pass the mode (-m NCS), the chain we want to keep (-a A), the chain we want to base the symmetry off of (-i B), and the input PDB (-p 3UKM.pdb).

产生的文件包括:

  • 3UKM_INPUT.pdb = chain A
  • 3UKM.kin
  • 3UKM_model_AB.pdb = model generated to show subunit interactions with the input
  • 3UKM_symm.pdb = model generated to show the full point group symmetry
  • 3UKM.symm = symmetry definition file that you just created

可以用文本编辑器打开文件3UKM.symm,里面记录了对称性信息。

2.使用rosettascripts利用之前产生的3UKM.symm对称性文件,可以重新得到AB两条链对称的PDB结构。

setup_symm.xml

<ROSETTASCRIPTS>
<SCOREFXNS>
</SCOREFXNS>
<TASKOPERATIONS>
</TASKOPERATIONS>
<FILTERS>
</FILTERS>
<MOVERS>
<SetupForSymmetry name="setup_symm" definition="3UKM.symm" />
</MOVERS>
<APPLY_TO_POSE>
</APPLY_TO_POSE>
<PROTOCOLS>
<Add mover_name="setup_symm" />
</PROTOCOLS>
</ROSETTASCRIPTS>

命令:

$ rosetta_scripts.linuxgccrelease -parser:protocol setup_symm.xml -s 3UKM_INPUT.pdb -out:prefix setupsymm_

即可产生两条链(AB)的PDB。

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