/home/liuhui/bin/trinityrnaseq_r20140413p1/util/support_scripts/get_Trinity_gene_to_trans_map.pl Trinity.fasta  > Trinity.fasta_trans_map

bowtie-build Trinity.fasta Trinity.fasta.bowtie

rsem-prepare-reference --no-polyA --no-bowtie --transcript-to-gene-map Trinity.fasta_trans_map Trinity.fasta Trinity.fasta.RSEM

mkdir -p lib

cd lib

bowtie -q --all --best --strata -m 300 --chunkmbs 512 -X 800 -S -p 4 Trinity.fasta.bowtie -1 left.fq -2 right.fq | samtools view -S -b -o bowtie.bam -

rsem-calculate-expression --paired-end -p 4 --keep-intermediate-files --forward-prob 0 --bam bowtie.bam Trinity.fasta.RSEM RSEM

samtools sort bowtie.bam bowtie.csorted

samtools index bowtie.sorted.bam

gene_abundance_estimation的更多相关文章

随机推荐

  1. AppStore 上架注意事项及错误修改

    1.上架之前首页要配置好发布证书,配置用于发布的配置文件. 2.必须上传3.5英寸和4英寸图片,这两种图片尺寸不能缺. 3.提交的版本必须是在8.0及以上的版本. 4.必须用发布证书,如果提示UUID ...

  2. java类型转换

    //java类型转换public class Demo2 { public static void main(String[] args){ int num1 = 55; int num2 =77; ...

  3. vuejs全局api

    全局api set 增加数组 vm.$set 实例化方法 全局api delete 删除数组 vm.$delete 实例化方法 全局 api 组件component 实例化方法 components ...

  4. 启动Eclipse后卡在 android sdk content loader 的解决办法

    Make sure that eclipse is not active. If it is active kill eclipse from the processes tab of the tas ...

  5. noip2016代码

    ---------------------------------------------------------------------------------- 以下均为AC代码 -------- ...

  6. java 客户端链接不上redis解决方案

    原文地址:http://blog.csdn.net/yingxiake/article/details/51472810 出现问题描述: 1.Could not get a resource from ...

  7. 爱春秋之戏说春秋 Writeup

    爱春秋之戏说春秋 Writeup 第一关 图穷匕见 这一关关键是给了一个图片,将图片下载到本地后,打开以及查看属性均无任何发现,尝试把图片转换为.txt格式.在文本的最后发现这样一串有规律的代码: 形 ...

  8. .NET MVC AjaxHelper

    我们首先必须开启 非入侵式 Ajax:导入Jquery和unobtrusiveAjax文件 已经默认开启客户端验证 和 非侵入式js <add key="ClientValidatio ...

  9. JavaScript 10分钟入门

    JavaScript 10分钟入门 随着公司内部技术分享(JS进阶)投票的失利,先译一篇不错的JS入门博文,方便不太了解JS的童鞋快速学习和掌握这门神奇的语言. 以下为译文,原文地址:http://w ...

  10. 移动端前端UI库—Frozen UI、WeUI、SUI Mobile

    [MUI]http://www.dcloud.io/ [Clouda]http://clouda.baidu.com/blend2是百度历时两年共同研发的开源App技术框架,基于Node.js,简单易 ...