the grave of my scripts

不定期更新。。。。。。。。。。

1，fetch_seq.py

https://github.com/freemao/AHRD/blob/master/fetch_seq.py

提取出你想要得染色体的某个部位的碱基。1-based

python fetch_seq.py -h 查看帮助

2，split_fa.py

https://github.com/freemao/AHRD/blob/master/split_fa.py

将一个大的fasta文件分割成小的。

python split_fa.py –h 来查看帮助

3， callbase-pysam.py

https://github.com/freemao/call-base-each-snp-site/blob/master/callbase-pysam.py

提供一个vcf文件，从bam文件中找到每个变异位点上的碱基统计信息。

python callbase-pysam.py –h 查看帮助

4，inter_vcf.py

https://github.com/freemao/call-base-each-snp-site/blob/master/inter_vcf.py

提供三个vcf来自不同的软件结果，生成新的三个vcf文件但只含有他们的共同位点

python inter_vcf.py –h 查看帮助

5， split_bam.py

https://github.com/freemao/call-base-each-snp-site/blob/master/split_bam.py

将一个bam文件按照SN信息分成若干小的bam文件。

python split_bam.py yourbamfile

6,split_vcf.py

https://github.com/freemao/call-base-each-snp-site/blob/master/split_vcf.py

将你的vcf文件按照序列名字分割或者按照每个文件含有多少个位点分割成小的vcf文件。

python split_vcf.py –h 查看帮助

7，call_snp_pipeline.py

https://github.com/freemao/call_snp_pipeline/blob/master/call_snp_pipeline.py

这是个大类，里面含有call snp前期处理的所有过程。前期处理就是将里面的过程根据不同需要进行组合

8，prepareSNP.py

https://github.com/freemao/call_snp_pipeline/blob/master/prepareSNP.py

对你现有的文件进行预处理，使之符合call snp软件的要求。对文件命名格式有一定的要求

python prepareSNP.py –h 查看帮助

9， SNPcallers.py

https://github.com/freemao/call_snp_pipeline/blob/master/SNPcallers.py

进行call  snp ， 该脚本包含了freebayes, gatk, samtools工具。

python SNPcallers.py –h 查看帮助

10，vcfdiff.py

https://github.com/freemao/vcfdiff/blob/master/vcfdiff.py

统计所给的vcf文件中共有的snp, 各个基因型的交集情况

python vcfdiff.py file1 file2  或

python vcfdiff.py file1 file2 file3

11, vcf_filter.py

https://github.com/freemao/vcf_filter/blob/master/vcf_filter.py

对软件产生的raw vcf进行筛选，根据质量，深度。目前不是很完善，下回再需要filter时会进一步完善

python vcf_filter.py –h 查看帮助信息

12， vcf_statistic.py

https://github.com/freemao/vcf_statistic/blob/master/vcf_statistic.py

统计vcf文件中的genotype信息和variant type信息

python vcf_statistic.py –h 查看帮助

13，VCF_Parser.py

https://github.com/freemao/vcf_class/blob/master/VCF_Parser.py

含有GeneralVcf  FbVcf  GATKVcf  SBVcf 四个类

GeneralVcf  提供的方法有：chr pos Rbase Abase qual Genotype 六个方法

其他三个是针对不同的软件结果定制的方法，详细的信息请查看代码。

14，auto_ahrd.py

https://github.com/freemao/AHRD/blob/master/auto_ahrd.py

将你的蛋白质fasta序列放到/share/Public/cmiao/ahrd/run/proteins里面，然后运行这个脚本就可以了，ahrd结果会在/share/Public/cmiao/ahrd/run/results中。fasta文件太大的话要进行切割。

遇到bug， 请将bug发送到我的邮箱。

by freemao

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