vcf和bed的位置信息区别

vcf和gff一般是从1-base开始计数,也就是文件里所代表的的位置是染色体的真实位置
bed文件一般所代表的位置是从0开始计数的,是一个半闭合区间,也就是(0,200]表示一个长度为200bp的序列,起始位置在染色体上其实是1到200的位置

pysam在处理的时候和bed是类似的,也是一个半闭合的区间,同时也是从0开始计数的。
samtools则是从1开始计数

  • 根据位置信息提取序列的方法

samtools提取

samtools faidx Vv.12X.dna.toplevel.new.fa 14:6372587-6372787 4:1854642-1854842 >result3.fa

bedtools提取

bedtools getfasta -fi Vv.12X.dna.toplevel.new.fa -bed snp.pos.newname.bed -name -fo result4.fa

pysam提取

>>> import pysam
>>> ref = pysam.FastaFile('Vv.12X.dna.toplevel.new.fa')
>>> Chr,Start,End = '14','6372587','6372787'
>>> print(ref.fetch(Chr)[int(Start)-1:int(End)])

<wiz_tmp_tag id="wiz-table-range-border" contenteditable="false" style="display: none;">

 
 
 
 

vcf和bed的位置信息区别的更多相关文章

  1. Android获取位置信息的方法总结

    1.位置服务的简介:位置服务,英文翻译为Location-Based Services,缩写为LBS,又称为定位服务或基于位置的服务,融合了GPS定位.移动通信.导航等多种技术,提供与空间位置相关的综 ...

  2. python 全栈开发,Day55(jQuery的位置信息,JS的事件流的概念(重点),事件对象,jQuery的事件绑定和解绑,事件委托(事件代理))

    一.jQuery的位置信息 jQuery的位置信息跟JS的client系列.offset系列.scroll系列封装好的一些简便api. 一.宽度和高度 获取宽度 .width() 描述:为匹配的元素集 ...

  3. JavaScript基础(3)-JS中的面向对象、定时器、BOM、位置信息

    一.创建对象的几种常用方式. 1.使用Object或对象字面量创建对象: a.使用Object()内置的构造函数来创建对象,例如: var student = new Object(); // 创建一 ...

  4. Android 使用GPS获取到经纬度后 无法在Android8.0上使用Geocoder类获取位置信息

    由于我的应用在获取到经纬度后在Android8.0不能使用如下代码获取位置信息.只好使用百度地图 WEB服务API 通过调接口的方式获取位置信息. Geocoder geocoder = new Ge ...

  5. 获取元素位置信息和所占空间大小(via:js&jquery)

    工作中有一个很常见的需求,hover或者click某元素后,在该元素旁边出现弹框,主要就是获取该元素的位置坐标以及元素所占区块的大小.最近工作中就遇到了,发现js和jquery的实现方法有很大的区别, ...

  6. android黑科技系列——微信定位聊天记录中照片的位置信息插件开发详解

    一.前言 最近关于微信中,朋友之间发送原图就可能暴露你的位置信息,其实这个问题不在于微信,微信是为了更好的体验效果,才有发送原图功能,而对于拍照,发送普通图片微信后台都会过滤图片的exif信息,这样就 ...

  7. 大数据学习day20-----spark03-----RDD编程实战案例(1 计算订单分类成交金额,2 将订单信息关联分类信息,并将这些数据存入Hbase中,3 使用Spark读取日志文件,根据Ip地址,查询地址对应的位置信息

    1 RDD编程实战案例一 数据样例 字段说明: 其中cid中1代表手机,2代表家具,3代表服装 1.1 计算订单分类成交金额 需求:在给定的订单数据,根据订单的分类ID进行聚合,然后管理订单分类名称, ...

  8. Geolocation API JavaScript访问用户的当前位置信息

    Geolocation API在浏览器中的实现是navigator.geolocation对象,常用的有以下方法. 1.第一个方法是getCurrentPosition() 调用这个方法就会触发请求用 ...

  9. Android模拟位置信息

    Android模拟位置程序,俗称GPS欺骗,只能修改采用GPS定位的软件. 手机定位方式目前有4种:基站定位,WIFI定位,GPS定位,AGPS定位 常见的修改手法: 1. 抓包欺骗法,抓包改包欺骗服 ...

随机推荐

  1. createTextRange 创建文本对象

    document.body.createTextRange 主要是用来对一些文本对象进行操作.比如你有一大段文字,都在同一个P标签内,但是你只希望通过JS改变其中的一小部分,这时就可以用createT ...

  2. 自定义注解-aop实现日志记录

    关于注解,平时接触的可不少,像是 @Controller.@Service.@Autowried 等等,不知道你是否有过这种疑惑,使用 @Service 注解的类成为我们的业务类,使用 @Contro ...

  3. LeetCode 881. Boats to Save People

    原题链接在这里:https://leetcode.com/problems/boats-to-save-people/ 题目: The i-th person has weight people[i] ...

  4. luoguP1576 最小花费

    LOL新英雄皮肤弹丸天使点击就送 两种做法: 1.边的权值为手续费z,从b向a跑最短路,边跑边处理答案 2.边的权值为汇率,从a向b跑最短路,边跑边处理答案 #include<cstdio> ...

  5. 【JZOJ6218】【20190615】卖弱

    题目 题解 我写的另一种方法,复杂度是\(O(Tm+nm)\)的,这是huangzhaojun写的题解... #include<cstring> #include<cstdio> ...

  6. Spyder汉化问题

    首先感谢李增海大神,以下内容来源于http://www.lizenghai.com 必备条件 1.已安装Spyder 2.Spyder版本在3.X以上 Spyder安装: 1.anaconda下,co ...

  7. mysql 获取字符串的长度

    mysql> select * from test; +----+------------+-------+-----------+ | id | name | score | subject ...

  8. SpringSecurity的简单入门

    以下是大体思路 1.导入坐标 <properties> <spring.version>4.2.4.RELEASE</spring.version> </pr ...

  9. nginx reload和reopen

    nginx被停止(nginx -s stop)或者直接杀掉了进程(kill -9 nginx的进程号)后,调用命令(nginx -s reload 或者 nginx -s reopen)会报错:无法找 ...

  10. spring boot读取Excel

    首先引入相关依赖 <!--解析office相关文件--> <dependency> <groupId>org.apache.poi</groupId> ...