Three ways to assess the nucleotide diversity (heterozygosity).
The first is mean pairwise difference ∏, the average number of differences between pairs of sequences.
The second is number of segregating sites S. A segregating site is a site that is polymorphic in the data. the number of such sites is usually denoted by S (sometimes using K).
Last one is number of alleles Na.

Mean pairwise difference per nucleotide pi =  ∏/L, where L is the length of sequences.

Tajima's D test the neutral mutation hypothesis θ=4Neμ=θT=θW. D=[(θT–θW)/Var(θT–θW)] , where θw=S/a, a=[1+1/2+1/3+...+1/(n–1)] (Watterson 1975), θt= ∏ (Tajima 1983)

The following content comes from https://en.wikipedia.org/wiki/Tajima's_D

Tajima's D的更多相关文章

  1. .net MVC全局定时器执行作业

    首先的一个需求是在OA系统中定时跑一些定时作业,例如发放年假等事务,之前的做法是在服务器上加入一个服务,用系统定时作业去跑服务,这样有个问题就是当系统在发布的过程中,有可能忘记启动服务而导致无法定时执 ...

  2. calculate TajimaD in perl

    #!/usr/bin/perl use strict; use warnings; =pod--------------------------------------- this perl scri ...

  3. GATK--使用转载

    http://blog.sciencenet.cn/blog-1469385-819498.html 文章目录 一.准备工作 二.流程概览 三.流程 首先说说GATK可以做什么.它主要用于从seque ...

  4. 收集vcftools所有用法

    VCFtools用来处理VCF文档. 筛选特定突变 比较文件 总结突变 转化文件格式 验证并合并文件 取突变交集和差集 Get basic file statistics input可以为VCF或BC ...

  5. VCFtools

    The C++ executable module examples This page provides usage examples for the executable module. Exte ...

  6. SR4R数据库：水稻4个SNP集的筛选及其应用

    目录 前言 四个SNP集 hapmapSNPs tagSNPs fixedSNPs barcodeSNPs hapmapSNPs的指标统计 tagSNPs的群体结构验证 tagSNPs的遗传多样性 t ...

随机推荐

  1. spring的配置与使用

    spring的配置与使用 一.Spring介绍 1. 什么是Spring Spring是一个开源框架,Spring是于2003 年兴起的一个轻量级的Java 开发框架,由 RodJohnson 在其著 ...

  2. number类型精度分析

    numbe类型的可设置的取值范围: number无限定 number(6)是6位整数 number(6,2)是4位整数,精确到两位小数,最多6位.四舍五入 number(6,-2)是6位整数,精确到百 ...

  3. unity 中让Text的文字动态刷新形式

    第一种刷新文字形式 using UnityEngine; using System.Collections; using UnityEngine.UI; public class SensorText ...

  4. python之路-----前端之css

    本篇内容 CSS 语法 css的四种引入方式 css选择器 css属性操作 Caution! 后台管理布局 css响应式布局 一.CSS语法 CSS 规则由两个主要的部分构成:选择器,以及一条或多条声 ...

  5. mvc route .html 后缀 404

    <system.webServer>    <validation validateIntegratedModeConfiguration="false" /&g ...

  6. nginx+uWSGI+django+virtualenv+supervisor发布web服务器

    nginx+uWSGI+django+virtualenv+supervisor发布web服务器   导论 WSGI是Web服务器网关接口.它是一个规范,描述了Web服务器如何与Web应用程序通信,以 ...

  7. cocoapod终端配置

  8. Vue组件化应用构建 官网例子 Unknown custom element: <todo-item>

     [博客园cnblogs笔者m-yb原创,转载请加本文博客链接,笔者github: https://github.com/mayangbo666,公众号aandb7,QQ群927113708] htt ...

  9. Excel文件上传功能实现

    $(function(){ let file; //上传点击事件 $('#btn').bind('click', function(){ let val = $('#fb').filebox('get ...

  10. SVG路径path的贝塞尔曲线指令

    深度好文分享: http://www.zhangxinxu.com/wordpress/2014/06/deep-understand-svg-path-bezier-curves-command/ ...