Physicoochemical|CG content|

NCBI存在的问题：

数据用户的增长

软件开发受限

数据分析缺乏

有些传统束缚，仅用底层语言书写

Pangenome

Open gene是随菌株数量增大而增大的gene，Closed gene是随菌株数量增大而趋于平滑的gene。

Mategenomics and longevity，例子：年轻人的粪便使得老年鱼活的时间更长

Genomics for precision medicine

研究碱基

GC content，三个氢键比较稳定（S）

chargaff''s rule

GC content与何种生物特性有关。

比如与Genome size成正比。

Eg：复制后突变使得CG content变高，用于研究演化。

Eg：利用CG content 正负找到复制起始位点。

Genetic codes：

因为先RNA后DNA，所以从AU开始。GCN中的N表四重简并位点。

由左上角开始起源，GCP1、GCP2，GC-rich、AT-rich。

根据Physicoochemical分析可知：

中间是A则是电极

中间是C则是疏水

中间是G则是复杂

Modeling sequencing analyse

S=C∪G

R=A∪T

连乘得到的密码子的content，在不同物种中比较，每个氨基酸的预期与实际比较，提示有密码子中的氨基酸活跃位点，利用氨基酸矩阵比较，验证了此想法，容易变化的位点是因为理化性质相似。