R语言与医学统计图形-【32】海盗图、词云图、日历图

1.海盗图

参数众多，其语法与基础包类似。

基础图。

#devtools::install_github('ndphillips/yarrr')
#install.packages('yarrr')
library(yarrr)

#基本海盗图
str(pirates)
pirateplot(formula = age ~ favorite.pirate,
           data = pirates,
           xlab = 'Favorite Pirate',
           ylab = 'Age',
           main="")

散点图展示年龄分布，盒形图展示平均年龄，beans展示年龄大致分布，越胖越集中。

不同主题的海盗图。

#theme
par(mfrow=c(2,2))
for(i in 1:4){
  pirateplot(formula = age~favorite.pirate,
             data=pirates,
             xlab = 'Favorite Pirate',
             ylab = 'Age',
             gl.lwd = 0, #不显示背景网格线
             bty = 'l', #边框类型
             pal = 'xmen', #调色板piratepal函数种的xmen色系
             avg.line.lwd = 0.5, #均值线宽
             main = paste('Theme is:',i),
             theme = i)
}

设置透明度。

#设置透明度
pirateplot(formula = age~favorite.pirate,
           data=pirates,
           xlab = 'Favorite Pirate',
           ylab = 'Age',
           gl.lwd = 0,
           bty = 'l',
           pal = rainbow(6),
           avg.line.lwd = 1.2,
           point.col = rainbow(6),
           point.o = 0.5, #点透明度
           inf.f.o = 0.8, #盒子透明度
           bar.f.o = 0.2, #添加透明度bar图
           bean.f.o = 0.4) #bean条带透明度

自定义坐标轴。

#自定义坐标轴
pirateplot(formula = age~favorite.pirate,
           data=pirates,
           xlab = 'Favorite Pirate',
           ylab = 'Age',
           gl.lwd = 0,
           bty = 'n',
           ylim = c(-10,50), #注意范围要能容下x轴标签
           pal = rainbow(6),
           avg.line.lwd = 1.2,
           point.col = 0.8,
           bar.f.o = 0.2,
           bean.f.o = 0.4,
           xaxt = 'none',
           yaxt = 'none') #不绘制坐标轴
axis(2,at=seq(0,50,5))
pirate <- unique(pirates$favorite.pirate)
text(1:6,-5,labels = sort(pirate),srt=45)

2.词云图

#install.packages('wordcloud2')
library(wordcloud2)

wordcloud2(demoFreq,size = 1.6)
wordcloud2(demoFreq,size = 1.6,
           color = 'random-light', #词云颜色
           backgroundColor = 'black')#背景色

#形状
wordcloud2(demoFreq,size = 0.7,
           shape = 'star') #形状

#中文词云
wordcloud2(demoFreqC,size = 2,
           fontFamily = 'STKaiti',
           minRotation = -pi/6,
           maxRotation = -pi/6,
           rotateRatio = 1) #旋转比例

#以单词样式展示
letterCloud(demoFreq,
            word = 'hello',
            color='random-light',
            backgroundColor='grey')

3.日历图

可展示随时间的变化。

如一年中每一天的大气污染物数据。

#install.packages('openair')
library(openair)

#ts函数生成时间序列数据（不包含对应时间）
value <- ts(data = sample(0:300,366,replace = T),
            start = as.Date('2016-01-01'),
            frequency = 1,
            end = as.Date('2016-12-31')
            )
#seq函数生成时间，与value对应
date <- seq(from=as.Date('2016-01-01'),
            by=1,
            length.out = 366)
pm25 <- data.frame(pm25=value,date=date)

calendarPlot(pm25,pollutant = 'pm25',year = 2016)

只展示前3个月的数据。

calendarPlot(selectByDate(pm25,month = c(1,2,3),year = 2016), #取子集
             pollutant = "pm25",year = 2016)

从上看出计算机默认语言为中文，所以展示的日历也是中文，星期都显示不全，要解决这个问题只需：

Sys.setlocale("LC_TIME", "English")即可。