shell脚本基础知识

虽然现在能在Linux系统下生存，但是自觉效率太低，和高手有很大的差距。

这就是关于Linux的知识太过匮乏，有很多事情知道该怎么做，但是就是没法在Linux下实现，为了提升工作效率，必须要接触Linux高级技巧

Linux的东西比较深，没法一下学完，所以只要能掌握生信必备的基础就好了。

一些主要的流程都是用Perl或Python生成shell脚本来执行的，所以直接看别人生成的shell脚本，能看懂里面每一行语句就好。

1.反引号

echo ==========start at : `date` ==========

所有UNIX命令,要取结果或输出，都要用$( )或反引号` `。参见：shell里的` ` $( ) ${ } expr $(( ))

所以反引号`命令`就等价于命令输出的字符串

2.&&

echo ==========end at : `date` ========== && \

&& 只有前面的每一条命令都顺利执行完（没有报错），才可以执行后面一句。如果没有&&，那每一条命令都是独立的，都会执行完。

同理||，只有在左边的命令返回假，右边的命令才会执行，如果左边的顺利执行，则右边的不执行

参见：shell 中 &&和||的方法

lizhixin@login--[::]:shizhuoxing$ l
-bash: l: command not found
lizhixin@login--[::]:shizhuoxing$ l || echo "hello"
-bash: l: command not found
hello
lizhixin@login--[::]:shizhuoxing$ ls || echo "hello"
arrow.sh  bin  Figure  IDRM  lottery  nifty_svm  PacBio  ProSplign  sparc.sh
lizhixin@login--[::]:shizhuoxing$ l && echo "hello"
-bash: l: command not found
lizhixin@login--[::]:shizhuoxing$ ls && echo "hello"
arrow.sh  bin  Figure  IDRM  lottery  nifty_svm  PacBio  ProSplign  sparc.sh
hello
lizhixin@login--[::]:shizhuoxing$

3.脚本中的0,1,2

echo Still_waters_run_deep >& && \

参见：shell 1>&2 2>&1 &>filename重定向的含义和区别

0是标准输入，1是标准输出，2是标准错误

[root@redhat box]# ls a.txt b.txt >file.out >file.err

执行后,没有任何返回值. 原因是, 返回值都重定向到相应的文件中了,而不再前端显示

[root@redhat box]# ls a.txt b.txt >file.out >&

1>&2 正确返回值传递给2输出通道 &2表示2输出通道，如果此处错写成 1>2, 就表示把1输出重定向到文件2中.

& 是一个描述符，如果1或2前不加&，会被当成一个普通文件。

4.source setup.sh

看见很多脚本的第一行都是source setup.sh，这是什么意思呢？

参见：Linux中source命令的用法

source命令也称为“点命令”，也就是一个点符号（.）。source命令通常用于重新执行刚修改的初始化文件，使之立即生效，而不必注销并重新登录。

还有一个另外一个用途，在对编译系统核心时常常需要输入一长串的命令，可以用source简化。

所以，source setup.sh就是自动的部署了程序运行所需的环境

5.sh.x

sh脚本可以加密成sh.x，参见：shell脚本加密

它的作用是把shell脚本转换为一个可执行的二进制文件，从而达到加密的效果

6.各种符号

参见：shell脚本中一些特殊符号

7.运算符

文件比较运算符

-e filename 如果 filename存在，则为真 [ -e /var/log/syslog ]
-d filename 如果 filename为目录，则为真 [ -d /tmp/mydir ]
-f filename 如果 filename为常规文件，则为真 [ -f /usr/bin/grep ]
-L filename 如果 filename为符号链接，则为真 [ -L /usr/bin/grep ]
-r filename 如果 filename可读，则为真 [ -r /var/log/syslog ]
-w filename 如果 filename可写，则为真 [ -w /var/mytmp.txt ]
-x filename 如果 filename可执行，则为真 [ -L /usr/bin/grep ]
filename1-nt filename2 如果 filename1比 filename2新，则为真 [ /tmp/install/etc/services -nt /etc/services ]
filename1-ot filename2 如果 filename1比 filename2旧，则为真 [ /boot/bzImage -ot arch/i386/boot/bzImage ]

字符串比较运算符 （请注意引号的使用，这是防止空格扰乱代码的好方法）

-z string 如果 string长度为零，则为真 [ -z "$myvar" ]
-n string 如果 string长度非零，则为真 [ -n "$myvar" ]
string1= string2 如果 string1与 string2相同，则为真 [ "$myvar" = "one two three" ]
string1!= string2 如果 string1与 string2不同，则为真 [ "$myvar" != "one two three" ]

算术比较运算符

num1-eq num2 等于	[ 3 -eq $mynum ]
num1-ne num2 不等于	[ 3 -ne $mynum ]
num1-lt num2 小于	[ 3 -lt $mynum ]
num1-le num2 小于或等于	[ 3 -le $mynum ]
num1-gt num2 大于	[ 3 -gt $mynum ]
num1-ge num2 大于或等于	[ 3 -ge $mynum ]