1.使用samtools 去除重复

samtools sort  -n -@ 20  file.bam |samtools fixmate -m -@20 - -  |samtools sort -@ 20 |samtools markdup -r -@ 20 - - >file.rmdup.bam

2.使用Picard去除PCR重复

picard MarkDuplicates REMOVE_DUPLICATES=True I=file.bam  O=file.rmdup.bam M=file_marked_dup_metrics.txt

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