MC, MCMC, Gibbs采样 原理&实现（in R）

本文用讲一下指定分布的随机抽样方法：MC(Monte Carlo), MC(Markov Chain), MCMC(Markov Chain Monte Carlo)的基本原理，并用R语言实现了几个例子：

1. Markov Chain （马尔科夫链）

2. Random Walk（随机游走）

3. MCMC具体方法：

3.1 M-H法

3.2 Gibbs采样

PS：本篇blog为ese机器学习短期班参考资料（20140516课程），课上讲详述。

下面三节分别就前面几点简要介绍基本概念，并附上代码。这里的概念我会用最最naive的话去概括，详细内容就看我最下方推荐的链接吧(*^__^*)

0. MC(Monte Carlo)

生成指定分布的随机数的抽样。

1. Markov Chain （马尔科夫链）

假设 f(t) 是一个时间序列，Markov Chain是假设f(t+1)只与f(t)有关的随机过程。

Implement in R:

1. #author: rachel @ ZJU
2. #email: zrqjennifer@gmail.com
3. N = 10000
4. signal = vector(length = N)
5. signal[1] = 0
6. for (i in 2:N)
7. {
8. # random select one offset (from [-1,1]) to signal[i-1]
9. signal[i] = signal[i-1] + sample(c(-1,1),1)
10. }
11. plot( signal,type = 'l',col = 'red')

2. Random Walk（随机游走）

如布朗运动，只是上面Markov Chain的二维拓展版：

Implement in R:

1. #author: rachel @ ZJU
2. #email: zrqjennifer@gmail.com
3. N = 100
4. x = vector(length = N)
5. y = vector(length = N)
6. x[1] = 0
7. y[1] = 0
8. for (i in 2:N)
9. {
10. x[i] = x[i-1] + rnorm(1)
11. y[i] = y[i-1] + rnorm(1)
12. }
13. plot(x,y,type = 'l', col='red')

3. MCMC具体方法：

MCMC方法最早由Metropolis（1954）给出，后来Metropolis的算法由Hastings改进，合称为M-H算法。M-H算法是MCMC的基础方法。由M-H算法演化出了许多新的抽样方法，包括目前在MCMC中最常用的Gibbs抽样也可以看做M-H算法的一个特例[2]。

概括起来，MCMC基于这样的理论，在满足【平衡方程】（detailed balance equation）条件下，MCMC可以通过很长的状态转移到达稳态。

【平衡方程】：

pi(x) * P(y|x) = pi(y) * P(x|y)

 

其中pi指分布，P指概率。这个平衡方程也就是表示条件概率（转化概率）与分布乘积的均衡.

 

3.1 M-H法

1. 构造目标分布，初始化x0

2. 在第n步，从q(y|x_n) 生成新状态y

3. 以一定概率（(pi(y) * P(x_n|y)) / (pi(x) * P(y|x_n))）接受y <PS: 看看上面的平衡方程，这个概率表示什么呢？参考这里和[1]>

implementation in R:

1. #author: rachel @ ZJU
2. #email: zrqjennifer@gmail.com
3. N = 10000
4. x = vector(length = N)
5. x[1] = 0
6. # uniform variable: u
7. u = runif(N)
8. m_sd = 5
9. freedom = 5
10. for (i in 2:N)
11. {
12. y = rnorm(1,mean = x[i-1],sd = m_sd)
13. print(y)
14. #y = rt(1,df = freedom)
15. p_accept = dnorm(x[i-1],mean = y,sd = abs(2*y+1)) / dnorm(y, mean = x[i-1],sd = abs(2*x[i-1]+1))
16. #print (p_accept)
17. if ((u[i] <= p_accept))
18. {
19. x[i] = y
20. print("accept")
21. }
22. else
23. {
24. x[i] = x[i-1]
25. print("reject")
26. }
27. }
28. plot(x,type = 'l')
29. dev.new()
30. hist(x)

3.2 Gibbs采样

 

第n次，Draw  from ，迭代采样结果接近真实p(\theta_1, \theta_2, ...)

 

也就是每一次都是固定其他参数，对一个参数进行采样。比如对于二元正态分布，其两个分量的一元条件分布仍满足正态分布：

 

那么在Gibbs采样中对其迭代采样的过程，实现如下：

1. #author: rachel @ ZJU
2. #email: zrqjennifer@gmail.com
3. #define Gauss Posterior Distribution
4. p_ygivenx <- function(x,m1,m2,s1,s2)
5. {
6. return (rnorm(1,m2+rho*s2/s1*(x-m1),sqrt(1-rho^2)*s2 ))
7. }
8. p_xgiveny <- function(y,m1,m2,s1,s2)
9. {
10. return  (rnorm(1,m1+rho*s1/s2*(y-m2),sqrt(1-rho^2)*s1 ))
11. }
12. N = 5000
13. K = 20 #iteration in each sampling
14. x_res = vector(length = N)
15. y_res = vector(length = N)
16. m1 = 10; m2 = -5; s1 = 5; s2 = 2
17. rho = 0.5
18. y = m2
19. for (i in 1:N)
20. {
21. for(i in 1:K)
22. {
23. x = p_xgiveny(y, m1,m2,s1,s2)
24. y = p_ygivenx(x, m1,m2,s1,s2)
25. # print(x)
26. x_res[i] = x;
27. y_res[i] = y;
28. }
29. }
30. hist(x_res,freq = 1)
31. dev.new()
32. plot(x_res,y_res)
33. library(MASS)
34. valid_range = seq(from = N/2, to = N, by = 1)
35. MVN.kdensity <- kde2d(x_res[valid_range], y_res[valid_range], h = 10) #估计核密度
36. plot(x_res[valid_range], y_res[valid_range], col = "blue", xlab = "x", ylab = "y")
37. contour(MVN.kdensity, add = TRUE)#二元正态分布等高线图
38. #real distribution
39. # real = mvrnorm(N,c(m1,m2),diag(c(s1,s2)))
40. # dev.new()
41. # plot(real[1:N,1],real[1:N,2])

x分布图：

(x,y)分布图：

Reference:

1. http://www2.isye.gatech.edu/~brani/isyebayes/bank/handout10.pdf

2. http://site.douban.com/182577/widget/notes/10567181/note/292072927/

3. book:     http://statweb.stanford.edu/~owen/mc/

4. Classic： http://cis.temple.edu/~latecki/Courses/RobotFall07/PapersFall07/andrieu03introduction.pdf

from: http://blog.csdn.net/abcjennifer/article/details/25908495