目前总结的方法:

调用Linux简单的命令行,设置文件夹权限755

String scriptDir = "/home/wenf";
String cmd = "chmod -R 755 "+scriptDir;
Runtime run = Runtime.getRuntime();
try {
run.exec(cmd);
} catch (IOException e) {
// TODO Auto-generated catch block
e.printStackTrace();
}

Windows环境中,调用DOS命令,创建目录c:\wenf0

Process process = Runtime.getRuntime().exec(new String[] { "cmd.exe","/C", "mkdir C:\\wenf0"});

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