1、简介

RepeatMasker是一款基于Library-based，通过相似性比对来识别重复序列，可以屏蔽序列中转座子重复序列和低复杂度序列（默认将其替换成N）。提供有在线服务。RepeatMasker在进行序列比对时可以选用常见的几种算法，包括nhmmer、cross_match、ABBlast/WUBlast、RMBlast 、Decypher（可以安装多个比对引擎，但每次只能使用其中一个）。
Repbase是由美国遗传信息研究所（GIRI）创建并维护，收录了转座子和其他重复序列及其注释信息。

2、本地安装

本地安装RepeatMasker，除了需要RepeatMasker主程序外，还需要TRF（Tandem Repeats Finder）、序列搜索引擎（以RMBlast为例）以及Repbase数据库。
 

RepeatMasker的更多相关文章

  1. RepeatMasker使用中的问题

    RepeatMasker在运行时会先产生如下一个中间文件夹如RM_23346.WedAug301137422017,最后生成结果文件,例如.out,.masked,.tbl等 软件特性:软件运行很慢, ...

  2. RepBaseRepeatMaskerEdition下载 | RepeatMasker

    开源的生物信息世界居然有这么个需要注册才能下载的工具,开源世界不是怎么方便怎么来吗? 这个注册真的麻烦,这里上传了一个可以使用的版本. RepBaseRepeatMaskerEdition-20170 ...

  3. RepeatMasker使用

    RM是library-based,通过相似性比对来识别重复序列,可以屏蔽序列中转座子重复序列和低复杂度序列(默认将其替换成N).使用数据库Dfam和Repbase. The Dfam database ...

  4. 生信 - 从repeatmasker传送门过来的 blast

    以前有的是非完整时间写的博客,抽时间需要统一整理一下. 今天在重新装repeatmasker. 整个过程是这样的,有关联的事情有两个. 1. 装repeatmasker需要各种Prerequisite ...

  5. 【基因组注释】RepeatMasker和RepeatModeler安装、配置与运行避坑

    目录 1.conda安装 2.配置RepBase 3.RepeatMasker避坑 4.RepeatProteinMask避坑 5.RepeatModeler避坑 6.自定义重复序列库 后记 1.co ...

  6. 生物信息大数据&数据库（NCBI、EBI、UCSC、TCGA）

    想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课,有一章专门讲的数据库与软件: -生物信息学:导论与方法 北大\ 生物信息数据库及软件资源 一个优秀的生信开发者能够解决如下问题: 如何鉴定一个重要的且没 ...

  7. GATK使用说明-GRCh38（Genome Reference Consortium）（二）

    Reference Genome Components 1. GRCh38 is special because it has alternate contigs that represent pop ...

  8. maker 2008年发表在genome Res

    http://gmod.org/wiki/MAKER_Tutorial 简单好用 identify repeats, to align ESTs and proteins to the genome, ...

  9. perl5

    1.perl包加入环境 export PERL5LIB=/export/personal1/wanglh/.software/perl/lib:$PERL5LIB

随机推荐

  1. mysql之pymsql的使用

    # -*- coding:utf-8 -*- import pymysql user = input('请输入用户名:') pwd = input('请输入密码:') # 1.连接 conn = py ...

  2. android 开发 实现多个动态权限的方法(并且兼容6.0以下的版本权限授权)

    android开发权限授权因为版本的不同有不同的授权方式,6.0以下的版本使用的是在注册表中添加权限的静态授权(这种授权权限提示只会出现在app安装的时候),而6.0以上(包含6.0)就需要动态授权的 ...

  3. 432 4.3.2 STOREDRV.Deliver; recipient thread limit exceeded

    最近几天Hub-Mailbox服务器时不时就CPU超过90%.在任务管理器里面看到edgetransport占用大量CPU.进入EMC的队列查看器,看到邮箱数据库堵塞,队列上万. 堵塞的邮件大多是收件 ...

  4. 12.通过微信小程序端访问企查查（采集工商信息）

    需要注意的问题: 一.1.微信端访问企查查小程序需要登录.2.访问抓包获取的url是有时效性的过一段时间就不能用了. http://xcx.qichacha.com/wxa/v1/base/getEn ...

  5. 21.scrapy爬虫部署

    1.启用 scrapyd 2. 在浏览器打开127.0.0.1:6800/ 3. scrapy.cfg 设置 4. 遇到问题: scrapyd-deploy 不是内部命令 编辑 两个配置文件 @ech ...

  6. 3. java.lang.UnsupportedClassVersionError: javax/annotation/ManagedBean : Unsupported major.minor version 51.0

    问题描述:

  7. linux centos7.5修改主机名和ip永久生效

    以centos7.5为例 1.修改主机名 [root@localhost ~]# hostname localhost.localdomain[root@localhost ~]# hostname ...

  8. Appium -选择、操作元素2

    选择元素的方法 根据xpath 在Appium中,我们没法使用css,因为css是web专用的 Appium支持xpath来定位元素 对于一些比较复杂的元素的定位,我们可以用它 driver.find ...

  9. 浅谈 CAS

    CAS: CAS:Compare and Swap, 翻译成比较并交换. java.util.concurrent包中借助CAS实现了区别于 synchronized 同步锁的一种乐观锁. CAS应用 ...

  10. JEECG前后端分离UI框架实战版本抢先体验（ng2-admin+Angular4+AdminLTE+WebStorm）

    JEECG前后端分离UI框架实战版本 - 抢先体验 (ng2-admin+Angular4+AdminLTE) 关键词: ng2-admin.Angular4.AdminLTE.Nodejs.Jeec ...