1、简介

RepeatMasker是一款基于Library-based，通过相似性比对来识别重复序列，可以屏蔽序列中转座子重复序列和低复杂度序列（默认将其替换成N）。提供有在线服务。RepeatMasker在进行序列比对时可以选用常见的几种算法，包括nhmmer、cross_match、ABBlast/WUBlast、RMBlast 、Decypher（可以安装多个比对引擎，但每次只能使用其中一个）。
Repbase是由美国遗传信息研究所（GIRI）创建并维护，收录了转座子和其他重复序列及其注释信息。

2、本地安装

本地安装RepeatMasker，除了需要RepeatMasker主程序外，还需要TRF（Tandem Repeats Finder）、序列搜索引擎（以RMBlast为例）以及Repbase数据库。
 

RepeatMasker的更多相关文章

  1. RepeatMasker使用中的问题

    RepeatMasker在运行时会先产生如下一个中间文件夹如RM_23346.WedAug301137422017,最后生成结果文件,例如.out,.masked,.tbl等 软件特性:软件运行很慢, ...

  2. RepBaseRepeatMaskerEdition下载 | RepeatMasker

    开源的生物信息世界居然有这么个需要注册才能下载的工具,开源世界不是怎么方便怎么来吗? 这个注册真的麻烦,这里上传了一个可以使用的版本. RepBaseRepeatMaskerEdition-20170 ...

  3. RepeatMasker使用

    RM是library-based,通过相似性比对来识别重复序列,可以屏蔽序列中转座子重复序列和低复杂度序列(默认将其替换成N).使用数据库Dfam和Repbase. The Dfam database ...

  4. 生信 - 从repeatmasker传送门过来的 blast

    以前有的是非完整时间写的博客,抽时间需要统一整理一下. 今天在重新装repeatmasker. 整个过程是这样的,有关联的事情有两个. 1. 装repeatmasker需要各种Prerequisite ...

  5. 【基因组注释】RepeatMasker和RepeatModeler安装、配置与运行避坑

    目录 1.conda安装 2.配置RepBase 3.RepeatMasker避坑 4.RepeatProteinMask避坑 5.RepeatModeler避坑 6.自定义重复序列库 后记 1.co ...

  6. 生物信息大数据&数据库（NCBI、EBI、UCSC、TCGA）

    想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课,有一章专门讲的数据库与软件: -生物信息学:导论与方法 北大\ 生物信息数据库及软件资源 一个优秀的生信开发者能够解决如下问题: 如何鉴定一个重要的且没 ...

  7. GATK使用说明-GRCh38（Genome Reference Consortium）（二）

    Reference Genome Components 1. GRCh38 is special because it has alternate contigs that represent pop ...

  8. maker 2008年发表在genome Res

    http://gmod.org/wiki/MAKER_Tutorial 简单好用 identify repeats, to align ESTs and proteins to the genome, ...

  9. perl5

    1.perl包加入环境 export PERL5LIB=/export/personal1/wanglh/.software/perl/lib:$PERL5LIB

随机推荐

  1. tornado－同步异步下载图片

    同步下载,阻塞 from tornado.httpclient import HTTPClient url = 'http://fafafiajwoachwe.jpeg' client = HTTPC ...

  2. django-Q模块实现查询

    django Q模块 from django.db.models import Q def search(request): q = request.GET.get('q') if q: # 查询字段 ...

  3. Linux——JDK配置

    一.安装jdk-7u21-linux-x64.rpm文件 [root@centos6 local]# rpm –ivh  jdk-7u21-linux-x64.rpm 二.防火墙开放8080端口 (在 ...

  4. leetcode44

    public boolean isMatch(String text, String pattern) { // 多一维的空间,因为求 dp[len - 1][j] 的时候需要知道 dp[len][j ...

  5. 源码编译php5.4 ./configure参数

    ./configure \--prefix=/usr/local/php/5.4 \--with-config-file-path=/usr/local/php/5.4/etc \--with-con ...

  6. 深度学习原理与框架-Tensorflow基本操作-Tensorflow中的变量

    1.tf.Variable([[1, 2]])  # 创建一个变量 参数说明:[[1, 2]] 表示输入的数据,为一行二列的数据 2.tf.global_variables_initializer() ...

  7. java 浅克隆(浅复制)和深克隆（深复制）

    http://www.voidcn.com/blog/u011380813/article/p-6161450.html https://gold.xitu.io/entry/570d89651ea4 ...

  8. ubuntu卸载福昕阅读器

    在安装目录找到maintenancetool.sh运行之 ~/opt/foxitsoftware/foxitreader

  9. JSP基本

    JSPとは.HTMLファイルにJavaコードを埋め込んでおき.クライアントの要求に応じてコードを実行.処理結果のみをクライアントに送信する技術です. 1.JSPは実はサーブレットです.最初にリクエスト ...

  10. 尚硅谷springboot学习3-helloworld程序

    1.环境准备 –jdk1.8:Spring Boot 推荐jdk1.7及以上:java version "1.8.0_112" –maven3.x:maven 3.3以上版本:Ap ...