1、简介

RepeatMasker是一款基于Library-based，通过相似性比对来识别重复序列，可以屏蔽序列中转座子重复序列和低复杂度序列（默认将其替换成N）。提供有在线服务。RepeatMasker在进行序列比对时可以选用常见的几种算法，包括nhmmer、cross_match、ABBlast/WUBlast、RMBlast 、Decypher（可以安装多个比对引擎，但每次只能使用其中一个）。
Repbase是由美国遗传信息研究所（GIRI）创建并维护，收录了转座子和其他重复序列及其注释信息。

2、本地安装

本地安装RepeatMasker，除了需要RepeatMasker主程序外，还需要TRF（Tandem Repeats Finder）、序列搜索引擎（以RMBlast为例）以及Repbase数据库。
 

RepeatMasker的更多相关文章

  1. RepeatMasker使用中的问题

    RepeatMasker在运行时会先产生如下一个中间文件夹如RM_23346.WedAug301137422017,最后生成结果文件,例如.out,.masked,.tbl等 软件特性:软件运行很慢, ...

  2. RepBaseRepeatMaskerEdition下载 | RepeatMasker

    开源的生物信息世界居然有这么个需要注册才能下载的工具,开源世界不是怎么方便怎么来吗? 这个注册真的麻烦,这里上传了一个可以使用的版本. RepBaseRepeatMaskerEdition-20170 ...

  3. RepeatMasker使用

    RM是library-based,通过相似性比对来识别重复序列,可以屏蔽序列中转座子重复序列和低复杂度序列(默认将其替换成N).使用数据库Dfam和Repbase. The Dfam database ...

  4. 生信 - 从repeatmasker传送门过来的 blast

    以前有的是非完整时间写的博客,抽时间需要统一整理一下. 今天在重新装repeatmasker. 整个过程是这样的,有关联的事情有两个. 1. 装repeatmasker需要各种Prerequisite ...

  5. 【基因组注释】RepeatMasker和RepeatModeler安装、配置与运行避坑

    目录 1.conda安装 2.配置RepBase 3.RepeatMasker避坑 4.RepeatProteinMask避坑 5.RepeatModeler避坑 6.自定义重复序列库 后记 1.co ...

  6. 生物信息大数据&数据库（NCBI、EBI、UCSC、TCGA）

    想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课,有一章专门讲的数据库与软件: -生物信息学:导论与方法 北大\ 生物信息数据库及软件资源 一个优秀的生信开发者能够解决如下问题: 如何鉴定一个重要的且没 ...

  7. GATK使用说明-GRCh38（Genome Reference Consortium）（二）

    Reference Genome Components 1. GRCh38 is special because it has alternate contigs that represent pop ...

  8. maker 2008年发表在genome Res

    http://gmod.org/wiki/MAKER_Tutorial 简单好用 identify repeats, to align ESTs and proteins to the genome, ...

  9. perl5

    1.perl包加入环境 export PERL5LIB=/export/personal1/wanglh/.software/perl/lib:$PERL5LIB

随机推荐

  1. SQL各种语(持续更新)

    --通过分组查询,并查询各个组下面的数据数量 SELECT cord,COUNT(*) AS s FROM View_QualityPolicy GROUP BY cord ORDER BY s DE ...

  2. 将浏览器的内容复制到Linux的文件里面

    直接使用ctrl +c 复制的内容  用ctr +V贴入Linux系统文件的话,格式是乱的 可以使用EOF的方式 [root@centos7 ~]# cat <<EOF >tttt. ...

  3. CentOS7离线安装Ambari与HDP

    安装步骤总体说明 1.安装以前需要先规划服务器,一台主机多台从机.主从需要设置时间同步和免密. 2.建立离线源,因在线安装速度很慢,所以需要建立离线源. 3.在主机上安装Ambari,进入系统后,挂接 ...

  4. 《算法》第四章部分程序 part 16

    ▶ 书中第四章部分程序,包括在加上自己补充的代码,Dijkstra 算法求有向 / 无向图最短路径,以及所有顶点对之间的最短路径 ● Dijkstra 算法求有向图最短路径 package packa ...

  5. 《算法》第二章部分程序 part 1

    ▶ 书中第二章部分程序,加上自己补充的代码,包括插入排序,选择排序,Shell 排序 ● 插入排序 package package01; import java.util.Comparator; im ...

  6. ADO.net之综合演练

    using ConsoleApplication4.App_Code; using System; using System.Collections.Generic; using System.Lin ...

  7. [ilink32 Error] Fatal: Unable to open file 'DATA.DBXMSSQLMETADATAREADER.OBJ'

    [ilink32 Error] Fatal: Unable to open file 'DATA.DBXMSSQLMETADATAREADER.OBJ' 清除重新编译OK

  8. DOS 格式化日期时间输出

    if "%date:~5,2%" lss "10" (set mm=0%date:~6,1%) else (set mm=%date:~5,2%)if &quo ...

  9. Centos6与Centos7防火墙设置与端口开放的方法

    Centos升级到7之后,内置的防火墙已经从iptables变成了firewalld.所以,端口的开启还是要从两种情况来说明的,即iptables和firewalld.更多关于CentOs防火墙的最新 ...

  10. vue .map 文件

    参数: productionSourceMap:false 这个改为false.去掉打包产生的map文件 map文件的作用:定位线上错误代码位置;