Trim Galore用法及参数考量
Trim Galore是一个非常流行的用于「去接头序列」的软件,用于处理高通量测序得到的原始数据。通常我们从测序公司拿到数据后,第一步就是评估数据的质量以及对raw data去接头处理。公司拿来的数据通常附带了clean data以及去接头的说明文件,我自己重新实现了一下trim的过程。参数都是根据公司的说明文件来设定的。
软件说明
版本信息
- Trim Galore version: 0.4.1
- Cutadapt version: 1.11
- FastQC version:0.11.3
依赖环境
软件安装
Trim Galore直接在官网下载解压后即可使用(perl文件,无需任何安装)。
参数概览
这里只讨论了部分参数(与我的数据相关的部分,数据情况请参照下面)。其余参数的设定可以参考「官方文档」(Trim_Galore_User_Guide)。
- -q/–quality :控制的质量分数阈值
- –length :丢弃小于此长度的读段
- -e:允许的错误率
- –stringency:限定最少与adaptor序列重叠的碱基数(用来trim的标准)
- -o:输出文件路径
案例分析
测序数据
Illumina Hiseq3000
Paired-end RNA-seq
代码展示
/.../trim_galore /.../*_R1.fastq /.../*_R2.fastq -q 25 --length 50 -e 0.1 --stringency 5 -o /.../ -a adapter1 -a2 adapter2 --paired
软件输出
Trimming mode: paired-end
Trim Galore version: 0.4.1
Cutadapt version: 1.11
Quality Phred score cutoff: 25
Quality encoding type selected: ASCII+33
Adapter sequence: …
Maximum trimming error rate: 0.1 (default)
Optional adapter 2 sequence (only used for read 2 of paired-end files): …
Minimum required adapter overlap (stringency): 5 bp
Minimum required sequence length for both reads before a sequence pair gets removed: 50 bp
参考资料
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