A single-cell molecular map of mouse gastrulation and early organogenesis

Here we report the transcriptional profiles of 116,312 single cells from mouse embryos collected at nine sequential time points ranging from 6.5 to 8.5 days post-fertilization.

另一篇的姐妹篇,本文测了E6.5到E8.5的老鼠胚胎发育的数据。

数据下载:

Data availability
Raw sequencing data are available on ArrayExpress with the following accessions: Atlas: E-MTAB-6967; Smart-seq2 endothelial cells: E-MTAB-6970; Tal1−/− chimaeras: E-MTAB-7325; wild-type chimaeras: E-MTAB-7324. Processed data may be downloaded following the instructions at https://github.com/MarioniLab/EmbryoTimecourse2018. Gene Expression Omnibus (GEO) accession GSE87038 was used to support the annotation of myeloid cells (see Methods). All code is available upon request, and at https://github.com/MarioniLab/EmbryoTimecourse2018. Our atlas can be explored at https://marionilab.cruk.cam.ac.uk/MouseGastrulation2018/. All other data are available from the corresponding authors on reasonable request.

待续~

文献阅读 | A single-cell molecular map of mouse gastrulation and early organogenesis的更多相关文章

  1. 文献阅读 | Benchmarking single cell RNA-sequencing analysis pipelines using mixture control experiments

    资源: sci-hub paper CellBench package - github CellBench_data - code for the paper 现在单细胞领域的突出问题就是工具过多, ...

  2. 文献阅读 | The single-cell transcriptional landscape of mammalian organogenesis | 器官形成 | 单细胞转录组

    The single-cell transcriptional landscape of mammalian organogenesis 老板已经提了无数遍的文章,确实很nb,这个工作是之前我们无法想 ...

  3. Advances in Single Cell Genomics to Study Brain Cell Types | 会议概览

    单细胞在脑科学方面的应用 Session 1: Deciphering the Cellular Landscape of the Brain Using Single Cell Transcript ...

  4. 文献阅读笔记——group sparsity and geometry constrained dictionary

    周五实验室有同学报告了ICCV2013的一篇论文group sparsity and geometry constrained dictionary learning for action recog ...

  5. 单细胞参考文献 single cell

    许多分析软件 : https://github.com/seandavi/awesome-single-cell#software-packages Smart-seq.CEL-seq.SCRB-se ...

  6. 单细胞测序技术(single cell sequencing)

    单细胞测序技术(single cell sequencing) 2018-03-02 11:02   来源: 一呼百诺  点击次数:6587关键词:   前言 单细胞生物学最近几年是非常热门的研究方向 ...

  7. Analysis of single cell RNA-seq data(单细胞终极课程)

    业界良心啊,开源的单细胞课程. 随便看了几章,课程写得非常用心,非常适合新手. 课程地址:Analysis of single cell RNA-seq data 源码地址:hemberg-lab/s ...

  8. Multiclonal Invasion in Breast Tumors Identified by Topographic Single Cell Sequencing

    Title:  Multiclonal Invasion in Breast Tumors Identified by Topographic Single Cell Sequencing 课题的目的 ...

  9. Single Cell Genomics Day: A Practical Workshop

    干货满满! Single Cell Genomics Day: A Practical Workshop

随机推荐

  1. ar 解压一个.a文件报错: xxx.a is a fat file (use libtool(1) or lipo(1) and ar(1) on it)

    Linux  使用终端指令 ar x /Users/apple/Desktop/libWC_LIB_SDKT.a解压一个文件 报错如图所示: 是因为该.a文件包含了多个cpu架构,比如armv7,ar ...

  2. 【OEM】OEM安装维护

    [OEM]OEM安装维护 一.1  BLOG文档结构图       一.2  前言部分   一.2.1  导读和注意事项 各位技术爱好者,看完本文后,你可以掌握如下的技能,也可以学到一些其它你所不知道 ...

  3. H3C 40MHz频宽模式

  4. linux查看redis安装目录

    1.在redis下查看安装目录 如果命令 which 和whereis 都找不到安装目录,可使用以下办法 ps -ef|grep redis 得到了进程号 xxxx 然后 ls -l /proc/xx ...

  5. linux下安装cryptography兼论查找合适pip的whl文件技巧

    cryptography这个包,如果源码安装,需要GCC之类的编译,在生产环境不太现实. 所以选择了whl文件安装. 但在官方提供的whl文件里,没有我们熟悉的cp36-cp36m这样的命名文件,肿么 ...

  6. 【转】TUN/TAP虚拟网络设备

    转: 原文:https://www.cnblogs.com/wyzhou/p/9286864.html ------------------------------------------------ ...

  7. 项目Alpha冲刺--8/10

    项目Alpha冲刺--8/10 作业要求 这个作业属于哪个课程 软件工程1916-W(福州大学) 这个作业要求在哪里 项目Alpha冲刺 团队名称 基于云的胜利冲锋队 项目名称 云评:高校学生成绩综合 ...

  8. 编程小白入门分享四:Vue的安装及使用快速入门

    一.VUE简介 vue是一个JavaMVVM库,是一套用于构建用户界面的渐进式框架,是初创项目的首选前端框架.它是以数据驱动和组件化的思想构建的,采用自底向上增量开发的设计.它是轻量级的,它有很多独立 ...

  9. Linux 安装Anaconda 提示“bunzip2: command not found”

    问题: 安装Anaconda 过程中提示缺少“bunzip2” 解决思路: 由于缺少bunzip2 包,需要通过yum 方式安装bzip2 yum install -y bzip2 Linux bun ...

  10. ActiveMQ-启动服务异常

    如果报这种异常: Caused by: java.io.IOException: Failed to bind to server socket: tcp://0.0.0.0:61616?maximu ...