3、Linux下配置Java环境

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生物信息很多软件都是用java写的，所以需要在linux上配置java运行环境。平台上的java 是1.7x的版本，但是一些生物信息软件（比如picard，trimmomatic,GATK,）需要更高级版本的java，所以下面的教程是下载安装1.8x以上版本的具体步骤。 注意，这个安装包不需要linux下的root用户权限，普通的user也可以在自己的路径下安装。

下载： http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk8-downloads-2133151.html）下载最新的java压缩包，名字以JDK（java development Kit）开头

 

1、下载后上传到文件夹下，如/home/user/software/java (可以用mkdir /home/user/software/java完成)；

2、解压压缩文件： tar zxvf jdk-8u91-linux-x64.tar.gz 生成 jdk1.8.0_91 文件夹

 

3、然后配置环境变量：

 

    vim  ~/.bash_profile    ##/etc/profile

   在文本最后输入下面三行：

   export JAVA_HOME=/home/gql/software/jdk1.8.0_91

   export PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH

   export CLASSPATH=.:$JAVA_HOME/lib/dt.jar:$JVA_HOME/lib/tools.jar

   保存该文件。

   source  ~/.bash_profile

JAVA_HOME环境变量，JAVA_HOME这个环境变量的设置内容是JDK的安装目录，比如说您的JDK安装在d:/jdk1.6.0这个目录下，请您查看一下这个目录下是不是有一个子目录bin，bin目录中是不是有java.exe这个文件，如果 是，那么您的JAVA_HOME环境变量的内容应该为d:/jdk1.6.0。

classpath环境变量，是当我们在开发java程序时需要引用别人写好的类时，要让java解释器知道到哪里去找这个类。通常，sun为我们提供了一些额外的丰富的类包，一个是dt.jar，一个是tools.jar，这两个jar包都位于c:/jdk1.3/lib目录下，所以通常我们都会把这两个jar包加到我们的classpath环境变量中

set classpath=.;c:/jdk1.3/lib/tools.jar;c:/jdk1.3/lib/dt.jar。 注重对于jar包，在classpath中需要跟上完整地文件路径，而不能仅仅跟一个目录。第一个路径的点“.”，代表当前目录，这样当我们运行java AClass的时候，系统就会先在当前目录寻找AClass文件了

4、测试

echo $JAVA_HOME
 echo $PATH
 echo $CLASSPATH

java  -version