转：linux下bwa和samtools的安装与使用

bwa的安装流程
安装本软体总共需要完成以下两个软体的安装工作：
1) BWA
2) Samtools

1.BWA的安装
a.下载BWA (download from BWA Source Forge )

http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtml
b.安装BWA
$ tar -jxvf bwa-*.tar.bz2
c.编译BWA
$ make

2.Samtools的安装
a.下载Samtools (download from Samtools Source Forge )

http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml
b.安装Samtools
$ tar -jxvf samtools-*.tar.bz2
c.编译Samtools
$ make

bwa的使用流程
1.建立 Index
根据reference genome data(e.g. reference.fa) 建立 Index File
$ bwa index -a bwtsw human_hg18_ref.fa（human参考基因组19）
2.对reads进行mapping
如果是pair-end 数据（leftRead.fastq和rightRead.fastq）两个文件分别处理
$ bwa aln reference.fa leftRead.fastq leftRead.sai 
$ bwa aln reference.fa rightRead.fastq rightRead.sai
如果是single-end 数据，则
$ bwa aln reference.fa singleRead.fastq singleRead.sai
3.将mapping输出文件*.sai处理成*.sam
如果是pair-end数据
$ bwa sampe -f pair-end.sam reference.fa leftRead.sai rightRead.sai leftRead.fastq rightread.fastq
如果是single-end数据
$ bwa samse -f single.sam reference.fa single.sai single.fastq

REF:

http://www.cnblogs.com/emanlee/p/4316581.html

http://www.cnblogs.com/emanlee/p/4316587.html

http://www.plob.org/2014/01/26/7112.html

http://www.nikest.com/web/free/2014/1014/93144.html