nccmp - 比较netcdf的文件内容 - 编译安装

1. 简介

Compares two NetCDF files in-place to find specific variables, dimensions and/or attributes that differ. Highly recommended for any test-driven environment and regression testing large datasets.

2. 安装环境说明

天河二号，完整安装。

3. 相关软件下载

Hdf5: http://www.hdfgroup.org/HDF5/release/obtainsrc.html#conf

Netcdf-4.3.3: http://www.unidata.ucar.edu/downloads/netcdf/ftp/netcdf-4.3.3.1.tar.gz

Nccmp-1.8.2: http://prdownloads.sourceforge.net/nccmp/nccmp-1.8.2.0.tar.gz

4. 软件编译安装

4.1）编译安装-hdf5

./configure –prefix= /HOME/nsfc2015_567/NSFC/netcdf_comp_test/hdf5_install

Make –j12

Make install

4.2）编译安装-netcdf-4.3.3

4.2.1）首先设置hdf5相关变量（netcdf4.3所需）

HDF=/HOME/nsfc2015_567/NSFC/netcdf_comp_test/hdf5_install

export CFLAGS="-I$HDF/include "

export LDFLAGS="-L$HDF/lib "

4.2.2）编译安装netcdf-4.3.3

./configure prefix=HOME/nsfc2015_567/NSFC/netcdf_comp_test/netcdf_4.3.3_install

Make –j12

Make install

4.3）编译安装-nccmp

4.3.1）设置NC（netcdf相关目录）以及相关变量

NC=HOME/nsfc2015_567/NSFC/netcdf_comp_test/netcdf_4.3.3_install

export CFLAGS="-I$HDF/include -I$NC/include"

export LDFLAGS="-L$HDF/lib -L$NC/lib"

4.3.2）编译安装nccmp：

./configure –prefix=/HOME/nsfc2015_567/NSFC/netcdf_comp_test/nccmp_install –with-netcdf=/HOME/nsfc2015_567/NSFC/netcdf_comp_test/netcdf-4.3.3.1/

注：/HOME/nsfc2015_567/NSFC/netcdf_comp_test/netcdf-4.3.3.1/目录不是netcdf安装目录，而是源码包直接解压的目录。

Make –j12

Make install

4.4）设置环境变量

 ##~/.bashrc
 export LD_LIBRARY_PATH=/HOME/nsfc2015_567/NSFC/netcdf_comp_test/netcdf_4..3_install/lib:$LD_LIBRARY_PATH
 export PATH=/HOME/nsfc2015_567/NSFC/netcdf_comp_test/nccmp_install/bin:$PATH

5. 测试(海浪波软件exp1案例)

nccmp -dF -v hs -r 0.01 pac_ncep_wav_20090102.nc  ./test/pac_ncep_wav_20090102.nc

部分参数说明：

-d：表示比较变量的value（值）

-F：表示与fortran相关

-t：表示absolute difference

-v：指定比较变量，多个变量用逗号分隔开，如 -v windy,windx

-f：不要比较一次就退出（比较出所有的差异值）

-n：多线程比较，可用于加速，如-n 4

其他功能，请参照nccmp --help.