生命组学:

细菌和其他物种比,容易发生基因漂移,duplication和重排。

泛基因组学研究的一般思路是通过comparison找到特殊基因区域orspecific gene,研究其调控机制(即通过一维发现特殊三维结构,再利用一维结构解释特殊结构的形成机制eg:基因保守与保守空间结构vs非保守空间结构,同时找两种不同结构的物理位置分布),并向应用上扩展。

重测序与泛基因组的差异在于,重测序是将新测得的genome与referencegenome比较,辨别其中的差异,而泛基因组是将同一个物种中不同亚种中通过n vs n得到gain loss,以此推断其演化情况。

测序:

pacbio是三代测序,三代测序的错误主要是碱基数量错误,这样会移码导致基因判断错误,可以采用二代测序校正,现在最新的测序技术是纳米孔测序。

注释:

注释版本不同造成genome basic information差异,因为原先存在测不出的sequence,或者判定为假基因的gene,或者错误的注释版本,总之与新做的实验数据在处理流程上有差异,为了缩小该差异造成的损失应该用自己的流程再跑一遍。

原先测序若低depth,则无法得到复杂结构信息。

有些原先测序得到的reference genome有部分无序列信息,所以对于新测得的genome参考价值低,所以选择合适的reference或者自己建立。

突变常识:如果突变数量少则一般是SNP,数量多是基因重组。Indel常以3的倍数出现,影响比较小,其他数目会发生移码,影响大。

植物基因组的特点是有大量重复序列,杂合度高且染色体多倍化。

Conclusion:泛基因组学的内容是通过比较基因组学找到Core gene&dispensable gene(share gene)&strain-specific gene,采用三种分类基因的角度对基因组学的重新分类,从而发现并解决生物学问题。eg发病机制,耐药性和环境适应性等。

植物基因组|注释版本问题|重测序vs泛基因组的更多相关文章

  1. Bedtools如何比较两个参考基因组注释版本的基因?

    目录 问题 思路 问题 原问题来自:How to calculate overlapping genes between two genome annotation versions? 其实可分为两个 ...

  2. 全基因组测序 从头测序(de novo sequencing) 重测序(re-sequencing)

    全基因组测序 全基因组测序分为从头测序(de novo sequencing)和重测序(re-sequencing). 从头测序(de novo)不需要任何参考基因组信息即可对某个物种的基因组进行测序 ...

  3. 【转】NG:垂枝桦基因组图谱构建(2+3组装)及重测序分析

    转自希望组公众号.学习二代+三代组装策略的流程 垂枝桦(Betula pendula)是一种速生乔木,能在短短一年时间内开花,木质坚实,可做细工.家具等,经济价值极高.近日,芬兰研究人员对垂枝桦自交系 ...

  4. 【豆科基因组】木豆Pigeonpea (Cajanus cajan) 292个自然群体重测序2017NG

    目录 一.来源 二.结果 一.来源 Whole-genome resequencing of 292 pigeonpea accessions identifies genomic regions a ...

  5. 【豆科基因组】普通豆/菜豆/四季豆Common bean (Phaseolus vulgaris L.) 683个自然群体重测序2020NG

    目录 一.来源 二.结果 683份材料重测序 地方种landraces和育种品系breeding lines的多样性 表型和基因-环境互作(G by E) 菜豆产量潜力相关的MTAs(显著关联位点) ...

  6. 【豆科基因组】鹰嘴豆Chickpea (Cicer arietinum L.)429个自然群体重测序2019NG

    目录 一.来源 二.结果 材料测序.变异检测.群体结构和LD衰减 驯化后经历选择的候选基因组区域 起源中心.迁移路线和多样性 GWAS 一.来源 Resequencing of 429 chickpe ...

  7. 【转】群体研究套路:开心果denovo+重测序+转录组+群体进化+选择位点

    转自公众号Eric生信小班.学习群体遗传套路 中科院昆明动物园吴东东研究团队联合国外研究团队2019年在Genome Biology发表题为Whole genomes and transcriptom ...

  8. 使用BRAKER2进行基因组注释

    来自:https://www.jianshu.com/p/e6a5e1f85dda 使用BRAKER2进行基因组注释 BRAKER2是一个基因组注释流程,能够组合GeneMark,AUGUSTUS和转 ...

  9. 植物GO注释

    本文主要是对没有GO term库的植物进行注释. 1.选用AgriGo 进行注释,在agriGO中点击species后,查看与你目标物种相近的物种作为库 2.比如我以甜菜为例 为了找到和GO term ...

随机推荐

  1. AIOps对监控报警架构的挑战

      负责百度智能运维(Noah)监控报警系统.通告平台:在精准报警.精准通告.报警收敛.公/私有云监控等方向具有广泛的实践经验. 干货概览 监控报警是故障发现的重要一环,也是百度在AIOps的最早切入 ...

  2. windows server 2012 安装sql server集群

    第一步:准备工作 虚拟环境下模拟创建: 准备好3台虚拟机 操作系统,WindowsServer2012R2 操作系统安装完成后,需要注意如果虚拟机是克隆出来的,后面操作集群的时候需要计算机的sid不同 ...

  3. 测试浏览器是否支持JavaScript脚本

    如果用户不能确定浏览器是否支持JavaScript脚本,那么可以应用HTML提供的注释符号进行验证.HTML注释符号是以 <-- 开始以 --> 结束的.如果在此注释符号内编写 JavaS ...

  4. Angular(三)

    Angular开发者指南(三)数据绑定   数据绑定AngularJS应用程序中的数据绑定是模型和视图组件之间的数据的自动同步. AngularJS实现数据绑定的方式可以将模型视为应用程序中的单一来源 ...

  5. 使用XAMPP集成开发环境安装Apache、PHP的配置说明

    一.安装XAMPP 双击安装包xamppinstaller.exe,可完成XAMPP的安装,与其他软件安装并无区别. 二.配置Apache端口,使用其可以正确启动 点击Start,启动Apache时可 ...

  6. Chapter1. The Electromagnetic Model (Field and Wave Electromagnetics. Second Edition) David K. Cheng

    1-1 Introduction electric charge n.电荷 vice versa adv. 反之亦然 elastic adj. 弹性的 postulate v.假定 hasten v. ...

  7. metinfo_5.3变量覆盖引发的一系列问题

    metinfo_5.3中存在一个很经典的$$型变量覆盖,这种变量覆盖在之前的博客中提到过,今天的博客围绕这个变量覆盖漏洞结合这款CMS的其他功能进行漏洞利用. 变量覆盖+文件包含 拿到这个CMS首先还 ...

  8. Table布局的优缺点

    总结 Table布局的缺点是比其它html标记占更多的字节,会阻挡浏览器渲染引擎的渲染顺序,会影响其内部的某些布局属性的生效,优点就是用table做表格是完全正确的 Tables的缺点 1.Table ...

  9. Opencv笔记(一):图像的基本操作

    1.图像的读.显示和保存操作 import cv2 img = cv2.imread('filename',0); cv2.imshow('name',img); k=cv2.waitKey(0); ...

  10. vue项目中的elementUI的table组件导出成excel表

    1.安装依赖:npm install --save xlsx file-saver 2.在放置需要导出功能的组件中引入 import FileSaver from 'file-saver' impor ...