精心整理(含图版)|你要的全拿走!(R数据分析,可视化,生信实战)
本文首发于“生信补给站”公众号,https://mp.weixin.qq.com/s/ZEjaxDifNATeV8fO4krOIQ更多关于R语言,ggplot2绘图,生信分析的内容,敬请关注小号。
为了能更方便的查看,检索,对文章进行了精心的整理。建议收藏,各取所需,当前没用也许以后就用到了呢!
一 R资料+计划
R-plotly|交互式甘特图(Gantt chart)-项目管理/学习计划
二 Bioinfo
R|fastqcr QC数据处理 :测序结果的数据质控及图标展示;
Bioinfo|bedtools-操作VCF文件 VCF文件的常见合并,过滤等操作;
R|生存分析(1) :生存分析介绍以及R实现,KM绘图;
R|生存分析-结果整理 :一键式输出所有变量的COX结果;
R|timeROC-分析 :时间依赖的生存分析;
Nomogram(诺莫图) | Logistic、Cox生存分析结果可视化
maftools | 从头开始绘制发表级oncoplot(瀑布图)
ggalluvial|炫酷桑基图(Sankey),你也可以秀
三 base + ggplot2
ggplot2|theme主题设置,详解绘图优化-“精雕细琢”
四 数据分析
五 其他
1,年中定一个小计划,三个系列继续随着学习更新;
2,Python 数据处理和生信应用示例系列;
3,机器学习基础算法应用生信分析实例(R & Python);
目标不变,希望能比较持续,系统的学习,输出带动输入!
对了,部分文末有代码或者数据的获取方式,看到后按提示回复即可!
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