ChIP-seq数据分析整理

1.Alignment

base calling——Off-Line Basecaller software (OLB V1.8.0).

Solexa CHASTITY quality filter【质量控制】

http://www.genomics.agilent.com/article.jsp?pageId=2213

BOWTIE software (V2.1.0)

2.Peak detection

MACS v1.4

p-value 10^-5

3.Peak annotation

UCSC RefSeq

Peaks annotation

  • TSS distribution heatmap
  • Peak Distribution around TSS
  • peak Distribution Pie Charts

Peaks in promoter

1. GO analysis

www.geneontology.org

  • Biological Process（BP）
  • Cellular Component(CC)
  • Molecular Function(MF)

7files

GO Biological Process Classification Enrichment Score Fold Enrichment P-value Tree Result.txt Result.html Result.xls

GO Cellular Component Classification GO Molecular Function Classification

2. Pathway analysis

KEGG

4.Differential analysis

RefSeq

diffReqs

5.Peak gene

GREAT

6.Pathway analysis

KEGG

7.Data visualization

View big file or

WordPad

Fax Viewer

UCSC Genome Browser (wig)

ChIP-seq基本流程及工具的更多相关文章

  1. 【转】Yeoman：Web 应用开发流程与工具

    原文转自:http://blog.jobbole.com/62098/ 随着 Web 2.0 和 HTML 5 的流行,现在的 Web 应用所能提供的功能和交互能力比之前传统的 Web 应用要强大很多 ...

  2. 20个可以帮你简化iOS app开发流程的工具

    这里推荐20个可以帮你简化iOS app开发流程的工具.很多开发者都使用过这些工具,涉及原型和设计.编程.测试以及最后的营销,基本上涵盖了整个开发过程. 原型和设计 有了一个很好的创意后,你要做的不是 ...

  3. 「工具」三分钟了解一款在线流程绘制工具：Whimsical

    Whimsical 是一款在线流程绘制工具,只需要一个浏览器就随时随地绘制精美的流程图.除了流程图(Flowcharts)功能,官方还推出了线框图(Wireframes).便利贴(Sticky Not ...

  4. iOS开发之工具篇-20个可以帮你简化移动app开发流程的工具

    如果想进入移动app开发这个领域,你总能从别的开发者或者网上或者书上找到各种各样的方法和工具,对于新手来说,还没有摸清门路就已经陷入迷茫了.这里推荐20个可以帮你简化app开发流程的工具.很多开发者都 ...

  5. 在NodeJS中使用流程控制工具Async

    本文介绍一款流程控制工具async,在编写接口或者编写测试用例的过程中总是会用到它. 由于nodejs是异步编程模型,有一些在同步编程中很容易做到的事情,现在却变得很麻烦.Async的流程控制就是为了 ...

  6. Python3.7.4入门-2流程控制工具

    2 流程控制工具 记得在语句后加冒号 2.1 while # Fibonacci series: # the sum of two elements defines the next a, b = 0 ...

  7. n8n 基于node 的流程自动化工具

    n8n 是基于node开发的流程自动化工具,提供了可视化的操作,我们可以用来集成不同的服务. 目前已经提供了很多的服务集成组件,同时我们也可以方便的自己扩展,后边会进行一个系统的 学习,同时介绍下使用 ...

  8. PYTHON 学习笔记2 流程控制工具以及函数定义、匿名函数

    前言 在上一节的学习中.已经介绍了几种基本类型.包括字符串的定义,以及字符串中索引.切片.字符串拼接的使用方法.以及基本的整形数据运算.一些之前都没有了解过的运算符.比如 ** 乘方 //整数除法等. ...

  9. 记录Linux启动流程的工具bootchart

    /*********************************************************************  * Author  : Samson  * Date   ...

  10. (转)IC设计完整流程及工具

    IC的设计过程可分为两个部分,分别为:前端设计(也称逻辑设计)和后端设计(也称物理设计),这两个部分并没有统一严格的界限,凡涉及到与工艺有关的设计可称为后端设计. 前端设计的主要流程: 1.规格制定 ...

随机推荐

  1. Flask Vue.js全栈开发

    Flask Vue.js全栈开发的 最新完整代码 及使用方式 本系列的最新代码及使用方式将持续更新到: http://www.madmalls.com/blog/post/latest-code/ 1 ...

  2. Eclipse手动添加web.xml

    当创建web工程时,没有自动创建web.xml 这时候就需要手动添加web.xml 该怎么做呢 右键项目,点击java EE Tools 其中点击Genertate Deployment Descri ...

  3. <a> 标签详解

    一.<a> 标签的样式 在所有浏览器中,链接的默认外观是: 未被访问的链接带有下划线而且是蓝色的 已被访问的链接带有下划线而且是紫色的 活动链接带有下划线而且是红色的 我们可以使用CSS伪 ...

  4. orangepi one AP模式配置

    前两天买了一块orangepi one开发板,目的是做个局域网共享目录,具体共享协议用samba:这块板子有两个网卡,一个有线一个无线:有线主要用来ssh登陆调试,修改配置. 首先下载armbian的 ...

  5. printf()、sprintf()、vprintf()、vsprintf()（转）

    转自http://sumsung753.blog.163.com/blog/static/14636450120112151092934/ 一.printf() printf()函数优点在于可以格式化 ...

  6. js--map函数的使用

    map( )  属于操作数组的方法. 包含三个参数,item,index,arr 看一份代码: let arr = [ {title:'aaa',hot:true}, {title:'fff',hot ...

  7. echarts 自适应方法 x和y x2和y2

    grid:{ x:65, y:20, x2:30, y2:30},

  8. Haxe东游记（上）part1.5：roadmap

    part1.6 = 常用API参考 1.5.7 -> 官方手册目录/总结/中文化 1.8 -> 官方示例/讲解/总结 1.5.6-> haxe整体结构/解析/综述 part2 = 中 ...

  9. Linux c codeblock的使用（四）：创建自己的静态函数库

    从我之前的博文当中,大家应该大概了解了linux下的函数库究竟是一个什么样的东西.linux下的函数库其实就像windows中的dll文件,里面包含了程序运行所需要的函数. 其实无论是我们使用linu ...

  10. js时间过滤方法

    js时间过滤  自己写的  记录一下 /** * * 过滤时间格式 * Created by Catlina at 2019.4.26 */ export const setTime = time = ...