ChIP-seq数据分析整理

1.Alignment

base calling——Off-Line Basecaller software (OLB V1.8.0).

Solexa CHASTITY quality filter【质量控制】

http://www.genomics.agilent.com/article.jsp?pageId=2213

BOWTIE software (V2.1.0)

2.Peak detection

MACS v1.4

p-value 10^-5

3.Peak annotation

UCSC RefSeq

Peaks annotation

  • TSS distribution heatmap
  • Peak Distribution around TSS
  • peak Distribution Pie Charts

Peaks in promoter

1. GO analysis

www.geneontology.org

  • Biological Process（BP）
  • Cellular Component(CC)
  • Molecular Function(MF)

7files

GO Biological Process Classification Enrichment Score Fold Enrichment P-value Tree Result.txt Result.html Result.xls

GO Cellular Component Classification GO Molecular Function Classification

2. Pathway analysis

KEGG

4.Differential analysis

RefSeq

diffReqs

5.Peak gene

GREAT

6.Pathway analysis

KEGG

7.Data visualization

View big file or

WordPad

Fax Viewer

UCSC Genome Browser (wig)

ChIP-seq基本流程及工具的更多相关文章

  1. 【转】Yeoman：Web 应用开发流程与工具

    原文转自:http://blog.jobbole.com/62098/ 随着 Web 2.0 和 HTML 5 的流行,现在的 Web 应用所能提供的功能和交互能力比之前传统的 Web 应用要强大很多 ...

  2. 20个可以帮你简化iOS app开发流程的工具

    这里推荐20个可以帮你简化iOS app开发流程的工具.很多开发者都使用过这些工具,涉及原型和设计.编程.测试以及最后的营销,基本上涵盖了整个开发过程. 原型和设计 有了一个很好的创意后,你要做的不是 ...

  3. 「工具」三分钟了解一款在线流程绘制工具：Whimsical

    Whimsical 是一款在线流程绘制工具,只需要一个浏览器就随时随地绘制精美的流程图.除了流程图(Flowcharts)功能,官方还推出了线框图(Wireframes).便利贴(Sticky Not ...

  4. iOS开发之工具篇-20个可以帮你简化移动app开发流程的工具

    如果想进入移动app开发这个领域,你总能从别的开发者或者网上或者书上找到各种各样的方法和工具,对于新手来说,还没有摸清门路就已经陷入迷茫了.这里推荐20个可以帮你简化app开发流程的工具.很多开发者都 ...

  5. 在NodeJS中使用流程控制工具Async

    本文介绍一款流程控制工具async,在编写接口或者编写测试用例的过程中总是会用到它. 由于nodejs是异步编程模型,有一些在同步编程中很容易做到的事情,现在却变得很麻烦.Async的流程控制就是为了 ...

  6. Python3.7.4入门-2流程控制工具

    2 流程控制工具 记得在语句后加冒号 2.1 while # Fibonacci series: # the sum of two elements defines the next a, b = 0 ...

  7. n8n 基于node 的流程自动化工具

    n8n 是基于node开发的流程自动化工具,提供了可视化的操作,我们可以用来集成不同的服务. 目前已经提供了很多的服务集成组件,同时我们也可以方便的自己扩展,后边会进行一个系统的 学习,同时介绍下使用 ...

  8. PYTHON 学习笔记2 流程控制工具以及函数定义、匿名函数

    前言 在上一节的学习中.已经介绍了几种基本类型.包括字符串的定义,以及字符串中索引.切片.字符串拼接的使用方法.以及基本的整形数据运算.一些之前都没有了解过的运算符.比如 ** 乘方 //整数除法等. ...

  9. 记录Linux启动流程的工具bootchart

    /*********************************************************************  * Author  : Samson  * Date   ...

  10. (转)IC设计完整流程及工具

    IC的设计过程可分为两个部分,分别为:前端设计(也称逻辑设计)和后端设计(也称物理设计),这两个部分并没有统一严格的界限,凡涉及到与工艺有关的设计可称为后端设计. 前端设计的主要流程: 1.规格制定 ...

随机推荐

  1. 【Java】【11】String数组和List相互转换

    正文: 1,String[]转List String[] strs = {"aa", "bb", "cc"}; //String数组 //方 ...

  2. DBlink 创建 删除 脚本

    --配置SQLSERVER数据库的DBLINK --删除dblink Exec sp_droplinkedsrvlogin test,Null Exec sp_dropserver test --创建 ...

  3. Ubuntu系统建立交叉编译环境

    飞凌 FET6818核心板 解压编译器: tar zxvf arm-cortex_a9_eabi-4.7-eglibc-2.18.tar.gz  -C/opt 设置默认编译环境: vi /etc/pr ...

  4. unity 中UGUI制作滚动条视图效果（按钮）

    1.在unity中创建一个Image作为滚动条视图的背景: 2.在Image下创建一个空物体,在空物体下创建unity自带的Scroll View组件: 3.对滑动条视图的子物体进行调整: 4.添加滚 ...

  5. Centos 配置mailx使用外部smtp发送邮件

    安装mailx yum install mailx 配置mailx 笔者推荐163邮箱,当然,QQ邮箱也是可以的,PS:记得要进邮箱打开SMTP vi /etc/mail.rc //如果不存在,则编辑 ...

  6. 关于memset函数--赋最大值

    问题起源: 这几天在刷CCF的时候,图论那边经常用到赋最大值,一开始自己一直手工for循环赋值(INT_MAX或者是LONG_LONG_MAX),后来看到别人的代码,发现了一个比较高端的赋值  mem ...

  7. 小白的首个maven web项目Step1软件安装三（8.0.15mysql及workbench安装）

    直接先开始下 MySQL 和 Workbench(mysql的可视化工具) ,注意下得是镜像版 .msi 后缀的 (mysql是纯控制面板的呈现方式,想要界面化操作可以装可视化工具,这里我装的是wor ...

  8. c#基础之异常处理及自定义异常

    一.什么是c#中的异常? 异常是程序运行中发生的错误,异常处理是程序的一部分.c#中的异常类主要是直接或者间接的派生于 System.Exception类 ,也就是说System.Exception类 ...

  9. HFun.快速开发平台（一）=》简述

    [——使用成熟的技术实现了解的业务,关注面向对象,关注业务领域] 偶然的机会又回到了园子,看到上次的文章已是N年前,洽巧近期正在开发一个小程序,标题定为“快速开发平台”有点夸张,算是给自己定个小目标. ...

  10. Java互联网应用和企业级应用的区别

    企业级应用是为了满足企业日常运营所产生的IT应用,其目的是满足企业自己,对交付厂家而言,俗称2B业务:互联网应用则是面向个人用户,俗称2C业务.就个人经验,企业应用主要关注业务服务的能力,针对该企业的 ...