ChIP-seq数据分析整理

1.Alignment

base calling——Off-Line Basecaller software (OLB V1.8.0).

Solexa CHASTITY quality filter【质量控制】

http://www.genomics.agilent.com/article.jsp?pageId=2213

BOWTIE software (V2.1.0)

2.Peak detection

MACS v1.4

p-value 10^-5

3.Peak annotation

UCSC RefSeq

Peaks annotation

  • TSS distribution heatmap
  • Peak Distribution around TSS
  • peak Distribution Pie Charts

Peaks in promoter

1. GO analysis

www.geneontology.org

  • Biological Process（BP）
  • Cellular Component(CC)
  • Molecular Function(MF)

7files

GO Biological Process Classification Enrichment Score Fold Enrichment P-value Tree Result.txt Result.html Result.xls

GO Cellular Component Classification GO Molecular Function Classification

2. Pathway analysis

KEGG

4.Differential analysis

RefSeq

diffReqs

5.Peak gene

GREAT

6.Pathway analysis

KEGG

7.Data visualization

View big file or

WordPad

Fax Viewer

UCSC Genome Browser (wig)

ChIP-seq基本流程及工具的更多相关文章

  1. 【转】Yeoman：Web 应用开发流程与工具

    原文转自:http://blog.jobbole.com/62098/ 随着 Web 2.0 和 HTML 5 的流行,现在的 Web 应用所能提供的功能和交互能力比之前传统的 Web 应用要强大很多 ...

  2. 20个可以帮你简化iOS app开发流程的工具

    这里推荐20个可以帮你简化iOS app开发流程的工具.很多开发者都使用过这些工具,涉及原型和设计.编程.测试以及最后的营销,基本上涵盖了整个开发过程. 原型和设计 有了一个很好的创意后,你要做的不是 ...

  3. 「工具」三分钟了解一款在线流程绘制工具：Whimsical

    Whimsical 是一款在线流程绘制工具,只需要一个浏览器就随时随地绘制精美的流程图.除了流程图(Flowcharts)功能,官方还推出了线框图(Wireframes).便利贴(Sticky Not ...

  4. iOS开发之工具篇-20个可以帮你简化移动app开发流程的工具

    如果想进入移动app开发这个领域,你总能从别的开发者或者网上或者书上找到各种各样的方法和工具,对于新手来说,还没有摸清门路就已经陷入迷茫了.这里推荐20个可以帮你简化app开发流程的工具.很多开发者都 ...

  5. 在NodeJS中使用流程控制工具Async

    本文介绍一款流程控制工具async,在编写接口或者编写测试用例的过程中总是会用到它. 由于nodejs是异步编程模型,有一些在同步编程中很容易做到的事情,现在却变得很麻烦.Async的流程控制就是为了 ...

  6. Python3.7.4入门-2流程控制工具

    2 流程控制工具 记得在语句后加冒号 2.1 while # Fibonacci series: # the sum of two elements defines the next a, b = 0 ...

  7. n8n 基于node 的流程自动化工具

    n8n 是基于node开发的流程自动化工具,提供了可视化的操作,我们可以用来集成不同的服务. 目前已经提供了很多的服务集成组件,同时我们也可以方便的自己扩展,后边会进行一个系统的 学习,同时介绍下使用 ...

  8. PYTHON 学习笔记2 流程控制工具以及函数定义、匿名函数

    前言 在上一节的学习中.已经介绍了几种基本类型.包括字符串的定义,以及字符串中索引.切片.字符串拼接的使用方法.以及基本的整形数据运算.一些之前都没有了解过的运算符.比如 ** 乘方 //整数除法等. ...

  9. 记录Linux启动流程的工具bootchart

    /*********************************************************************  * Author  : Samson  * Date   ...

  10. (转)IC设计完整流程及工具

    IC的设计过程可分为两个部分,分别为:前端设计(也称逻辑设计)和后端设计(也称物理设计),这两个部分并没有统一严格的界限,凡涉及到与工艺有关的设计可称为后端设计. 前端设计的主要流程: 1.规格制定 ...

随机推荐

  1. java 32个Java面试必考点

    转:https://blog.csdn.net/werqerwer 一:https://blog.csdn.net/werqerwer/article/details/88061689  Java职业 ...

  2. This application failed to start because it could not find or load the Qt platform plugin异常

    双击项目Release文件夹下的exe程序无法启动: 解决办法: 1.将用到的QT组件拷贝到程序目录: 2.将D:\Qt\Qt5.3.2\5.3\msvc2013_64_opengl\plugins目 ...

  3. 运用jieba库 寻找高频词

    一.准备 1.首先 先用cmd 安装 jieba库,输入 pip install jieba 2.其次 本次要用到wordcloud库和 matplotlib库,也在cmd输入pip install ...

  4. node项目运行报错

    Cannot find module 'webpack/bin/config-optimist' 在项目里面运行npm i webpack-dev-server Cannot find module ...

  5. 微信或QQ屏蔽域名,爆红域名如何在微信打开,如何进行微信域名防封?

    近很多朋友都会遇到这个问题,为什么我的微信域名或者QQ域名怎么总是提示拦截呢?在这里跟大家说一下吧: 第一点:就是域名里面的内容违规或者诱导被举报而导致的拦截 第二点:就是被用户或者同行恶意举报而导致 ...

  6. 网络编程-day2

    1 网络通信协议 Tcp udp的区别 重点(*****) TCP(Transmission Control Protocol)可靠的.面向连接的协议(eg:打电话).传输效率低全双工通信(发送缓存& ...

  7. java课堂笔记

  8. Mybatis逆向工程自动生成代码（Ubuntu18.04-idea环境）

    最近在学习taotao商城项目,有一节是关于mybatis逆向工程的,参考了这个博文,https://blog.csdn.net/yerenyuan_pku/article/details/71909 ...

  9. 列举至少3种Support包中提供的布局或工具

    android.support.v7.widget.CardView 继承自FrameLayout并实现了圆角和阴影效果,常用于ListView或RecyclerView中Item布局的根节点 示例代 ...

  10. flink基础教程读书笔记

    数据架构设计领域发生了重大的变化,基于流的处理是变化的核心. 分布式文件系统用来存储不经常更新的数据,他们也是大规模批量计算所以来的数据存储方式. 批处理架构(lambda架构)实现计数的方式:持续摄 ...