the comment lines of the blast tabular format
进行Blast比对,用参数-m 6 可以以列表的方式输出结果,结果中从左到右每一列的意义分别是:
[00] Query id
[01] Subject id
[02] % identity
[03] alignment length
[04] mismatches
[05] gap openings
[06] q. start
[07] q. end
[08] s. start
[09] s. end
[10] e-value
[11] bit score
the comment lines of the blast tabular format的更多相关文章
- blast | diamond 输出结果选择和解析 | 比对
之前的文章:构建NCBI本地BLAST数据库 (NR NT等) | blastx/diamond使用方法 | blast构建索引 | makeblastdb 本地运行blast时,需要指定out fo ...
- 构建NCBI本地BLAST数据库 (NR NT等) | blastx/diamond使用方法 | blast构建索引 | makeblastdb
参考链接: FTP README 如何下载 NCBI NR NT数据库? 下载blast:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+ 先了解 ...
- 比对软件Blast,Blast+,Diamond比较
1. Blast (1)格式化数据库 formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile 主要参数: -i 输入需要格式化的源数据库名称 -p 文件类型,是核苷酸序列数据库 ...
- Blast本地化
转载]Blast本地化:使用Blastall进行数据库比对 (2012-02-13 21:25:31) 用blastall进行序列比对 blastall是最常用的blast程序之一,其功能非常强大 ...
- Linux下BLAST的使用---转载
1.把BLAST的压缩文件解压,然后将bin目录下的文件拷贝至/usr/local/bin下:2.制作软链接,将解压后的文件中bin目录链接至/home/username下,eg:ln -s /hom ...
- blast+学习之search tools
search tools:blastn, blastp, blastx, tblastx, tblastn, psiblast, rpsblast, and rpstblastn 1.blastn: ...
- [Javascript] Logging Pretty-Printing Tabular Data to the Console
Learn how to use console.table to render arrays and objects in a tabular format for easy scanning ov ...
- 27、BLASTN的参数
转载:http://blog.sina.com.cn/s/blog_5ecfd9d90100ksui.html http://www.docin.com/p-704735699.html 与之前的bl ...
- RTP Tools
RTP Tools (Version 1.20) https://wiki.wireshark.org/RTP_statistics Here is a small example: Install ...
随机推荐
- Lambda表达式详解(转载)
原文链接:http://www.cnblogs.com/knowledgesea/p/3163725.html lambda简介 lambda运算符:所有的lambda表达式都是用新的lambda运算 ...
- C#.NET 大型通用信息化系统集成快速开发平台 4.0 版本 - 组织机构的名称编号是否允许重复?
通常情况下,一个公司内部的部门名称,编号是不可能重复的.但是是在多公司的情况下,很可能有部门名称重复的问题存在,这时需要允许部门名称重复. 例如一个大型IT公司,在2个地区都有研发部或者客户服务部,这 ...
- NFine的后台源码
Chloe官网及基于NFine的后台源码毫无保留开放 扯淡 经过不少日夜的赶工,Chloe 的官网于上周正式上线.上篇博客中LZ说过要将官网以及后台源码都会开放出来,为了尽快兑现我说过的话,趁周末 ...
- Linux system函数详解
system 功能:system()函数调用"/bin/sh -c command"执行特定的命令,阻塞当前进程直到command命令执行完毕 原型 int system(cons ...
- Oracle 创建 split 和 splitstr 函数
Sql语句最好依次执行创建 /************************************** * name: split * author: sean zhang ...
- 用python代码做configure文件
在lua中,我一直用lua作为config文件,或者承载数据的文件 - 好处是lua本身就很好阅读,然后无需额外写解析的代码,还支持在configure文件中读环境变量,条件判断等,方便又强大! (在 ...
- 关于code reiview
先谈谈三个code review的关键因素: 一.创建review要简单 code reivew是一个程序员日常工作中经常做的一件事,理论上来讲,任何一个将要submit到SCM的change,都必须 ...
- 各地IT薪资待遇讨论
作为一个搞.net开发的程序员,在北京混了三年半,最近准备辞职到上海找工作.由于对上海的IT行业还不是很了解,在这里想让上海的同行们说下你们的情况,以方便我对自己在上海的定位,当然,其余城市的的同行们 ...
- Tyk API网关介绍及安装说明
Tyk API网关介绍及安装说明 Tyk是一个开源的轻量级API网关程序. 什么是API网关 API网关是一个各类不同API的前置服务器.API网关封装了系统内部架构,对外提供统一服务.此外还可以实现 ...
- Web软件安全攻击