the comment lines of the blast tabular format
进行Blast比对,用参数-m 6 可以以列表的方式输出结果,结果中从左到右每一列的意义分别是:
[00] Query id
[01] Subject id
[02] % identity
[03] alignment length
[04] mismatches
[05] gap openings
[06] q. start
[07] q. end
[08] s. start
[09] s. end
[10] e-value
[11] bit score
the comment lines of the blast tabular format的更多相关文章
- blast | diamond 输出结果选择和解析 | 比对
之前的文章:构建NCBI本地BLAST数据库 (NR NT等) | blastx/diamond使用方法 | blast构建索引 | makeblastdb 本地运行blast时,需要指定out fo ...
- 构建NCBI本地BLAST数据库 (NR NT等) | blastx/diamond使用方法 | blast构建索引 | makeblastdb
参考链接: FTP README 如何下载 NCBI NR NT数据库? 下载blast:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+ 先了解 ...
- 比对软件Blast,Blast+,Diamond比较
1. Blast (1)格式化数据库 formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile 主要参数: -i 输入需要格式化的源数据库名称 -p 文件类型,是核苷酸序列数据库 ...
- Blast本地化
转载]Blast本地化:使用Blastall进行数据库比对 (2012-02-13 21:25:31) 用blastall进行序列比对 blastall是最常用的blast程序之一,其功能非常强大 ...
- Linux下BLAST的使用---转载
1.把BLAST的压缩文件解压,然后将bin目录下的文件拷贝至/usr/local/bin下:2.制作软链接,将解压后的文件中bin目录链接至/home/username下,eg:ln -s /hom ...
- blast+学习之search tools
search tools:blastn, blastp, blastx, tblastx, tblastn, psiblast, rpsblast, and rpstblastn 1.blastn: ...
- [Javascript] Logging Pretty-Printing Tabular Data to the Console
Learn how to use console.table to render arrays and objects in a tabular format for easy scanning ov ...
- 27、BLASTN的参数
转载:http://blog.sina.com.cn/s/blog_5ecfd9d90100ksui.html http://www.docin.com/p-704735699.html 与之前的bl ...
- RTP Tools
RTP Tools (Version 1.20) https://wiki.wireshark.org/RTP_statistics Here is a small example: Install ...
随机推荐
- TP框架实现分页
TP框架自带分页的实现方法,所以使用这个分页方案,不用再重新造轮子 1,先看效果图 2,源码 /** * TODO 基础分页的相同代码封装,使前台的代码更少 * @param $m 模型,引用传递 * ...
- Permutation test 置换检验
来源:Public Library of Bioinformatics 显著性检验通常可以告诉我们一个观测值是否是有效的,例如检测两组样本均值差异的假设检验可以告诉我们这两组样本的均值是否相等(或者那 ...
- 51nod lyk与gcd
1678 lyk与gcd 基准时间限制:2 秒 空间限制:131072 KB 分值: 80 难度:5级算法题 这天,lyk又和gcd杠上了.它拥有一个n个数的数列,它想实现两种操作. 1:将 ai ...
- Xcode里-ObjC, -all_load, -force_load
最近在做一个项目的时候,需要使用到一个第三方库,这个库的使用向导里面特别说明,在添加完该库后,需要在Xcode的Build Settings下Other Linker Flags里面加入-ObjC标志 ...
- 条件变量pthread_cond_t怎么用
#include <pthread.h> #include <stdio.h> #include <stdlib.h> pthread_mutex_t mutex ...
- Linux Linux程序练习十五(进程间的通信共享内存版)
/* * 题目: * 编写程序,要去实现如下功能: 父进程创建子进程1和子进程2.子进程1向子进程2发送可靠信号,并传送额外数据为子进程1的pid*2; 子进程2接受可靠信号的值,并发送给父进程,父进 ...
- ZooKeeper 笔记(4) 实战应用之【消除单点故障】
关键节点的单点故障(Single Point of Failure)在大型的架构中,往往是致命的.比如:SOA架构中,服务注册中心(Server Register)统一调度所有服务,如果这个节点挂了, ...
- mac 10.9.4下配置apache
mac 10.9.x已经自带了apache,可按如下步骤开启: 1.启动 sudo apachectl start 启动后,访问 http://localhost/ 应该能看到"It wor ...
- xmind 使用备忘
快捷键: shift+enter 编辑文字时回车换行 enter 快速建立同级主题(纵向) tab 快速建立子主题(横向) F4 插入注释 alt+左键+移动 拖动 shift+左键+移动 将元素脱离 ...
- SQLServer(MSSQL)、MySQL、SQLite、Access相互迁移转换工具 DB2DB v1.3
最近公司有一个项目,需要把原来的系统从 MSSQL 升迁到阿里云RDS(MySQL)上面.为便于测试,所以需要把原来系统的所有数据表以及测试数据转换到 MySQL 上面.在百度上找了很多方法,有通过微 ...