Parallel Computing–Cannon算法 (MPI 实现)

原理不解释，直接上代码

代码中被注释的源程序可用于打印中间结果，检查运算是否正确。

#include "mpi.h"
#include <math.h>
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>

void scatter_matrix(int* fstream,int n1,int n2,int*Q,int root,int tag){
	/*每个矩阵块的大小*/
	int rows=(n1+root-1)/root;
	int cols=(n2+root-1)/root;
	int* tmp_matrix=(int*)malloc(rows*cols*sizeof(int));

	int i,j;
	memset(Q,0,rows*cols*sizeof(int));
	for(i=0;i<root;i++){
		for(j=0;j<root;j++){
			int p=0,q=0;
			int imin=i*rows*n2;
			int jmin=j*cols;
			memset(tmp_matrix,0,sizeof(tmp_matrix));

			/*在划分矩阵时，由于地空间不连续，需要另开辟一个数组连续的保存起来，以便于调用MPI_Send*/
			for(p=0;p<rows;p++,imin+=n2){
				for(q=0;q<cols;q++){
					tmp_matrix[p*cols+q]=fstream[imin+jmin+q];
				}
			}
			if(i==0&&j==0){
				/*进程0 不需要使用MPI_Send将数据发送给自己，直接使用memcpy将结果拷贝即可*/
				memcpy(Q,tmp_matrix,rows*cols*sizeof(int));
			}else{
				/*将分块发送给位于i行，j列的进程*/
				MPI_Send(tmp_matrix,rows*cols,MPI_INT,i*root+j,tag,MPI_COMM_WORLD);
			}
		}
	}
}
/*
 *@row:矩阵所在的行
 *@col:矩阵所在的列
 *@sp:sp=root=sqrt(nprocs)
 *@return 根据行列号计算进程实际编号
*/
int get_index(int row,int col,int sp){
	int tmp=((row+sp)%sp)*sp+(col+sp)%sp;
	return tmp;
}
/*计算矩阵乘法，将结果存入C中*/
void matrix_multi(int* A,int *B,int *C,int n1,int n2,int n3,int myid){
	int i=0,j=0,k=0;
	int* tmp_C=(int*)malloc(n1*n3*sizeof(int));
	memset(tmp_C,0,sizeof(int)*n1*n3);

	for(i=0;i<n1;i++){
		for(j=0;j<n3;j++){
			for(k=0;k<n2;k++){
				tmp_C[i*n3+j]+=A[i*n2+k]*B[k*n3+j];
			}
			C[i*n3+j]+=tmp_C[i*n3+j];
		}

	}

}

/*用于矩阵下标定位对齐*/
void shuffle(int*A,int*buf_A,int buf_A_size,int *B,int*buf_B,int buf_B_size,int root,int myid){
	int i,j;
	MPI_Status status;
	int cur_col=0;
	int cur_row=0;
	/*通过进程编号计算获得当前进程所在的行号和列号*/
	cur_row=myid/root;
	cur_col=myid-cur_row*root;
	/*对于矩阵A，第i行的矩阵需要向左平移i次*/
	for(i=0;i<cur_row;i++){
		/*接收来自右边的数据，并将当前矩阵发送给左边的进程*/
		MPI_Sendrecv(A,buf_A_size,MPI_INT,get_index(cur_row,cur_col-1,root),102,
			     buf_A,buf_A_size,MPI_INT,get_index(cur_row,cur_col+1,root),102,MPI_COMM_WORLD,&status);
		memcpy(A,buf_A,buf_A_size*sizeof(int));/*buf_A用于通信时缓存矩阵*/
		memset(buf_A,0,buf_A_size*sizeof(int));
	}
	/*对于矩阵B，第j列的矩阵需要向上平移j次*/
	for(j=0;j<cur_col;j++){
		/*接收来自下边的数据，并将当前矩阵发送给上边的进程*/
		MPI_Sendrecv(B,buf_B_size,MPI_INT,get_index(cur_row-1,cur_col,root),103,
			     buf_B,buf_B_size,MPI_INT,get_index(cur_row+1,cur_col,root),103,MPI_COMM_WORLD,&status);
		memcpy(B,buf_B,buf_B_size*sizeof(int));/*buf_B用于通信时缓存矩阵*/
		memset(buf_B,0,buf_B_size*sizeof(int));
	}
	/*printf("I have shuffled!\n");*/
}
void cannon(int*A,int*buf_A,int buf_A_size,int *B,int*buf_B,int buf_B_size,
	int *C,int buf_C_size,int row_a,int col_a,int col_b,int root,int myid){
	MPI_Status status;
	double elapsed_time,multiply_time=0,passdata_time=0;
	int i,j;
	memset(C,0,sizeof(int)*buf_C_size);
	int cur_col=0;
	int cur_row=0;
	/*通过进程编号计算获得当前进程所在的行号和列号*/
	cur_row=myid/root;
	cur_col=myid-cur_row*root;

	for(i=0;i<root;i++){/*一共需要循环root次，root=sqrt(nprocs)*/
		elapsed_time=MPI_Wtime();
		matrix_multi(A,B,C,row_a,col_a,col_b,myid);/*计算矩阵乘法*/
		elapsed_time=MPI_Wtime()-elapsed_time;
		multiply_time+=elapsed_time;
		/*elapsed_time=MPI_Wtime();		*/
		/*接收来自右边(row,col+1)的数据，并将当前矩阵发送给左边(row,col-1)的进程*/
		MPI_Sendrecv(A,buf_A_size,MPI_INT,get_index(cur_row,cur_col-1,root),102,
			     buf_A,buf_A_size,MPI_INT,get_index(cur_row,cur_col+1,root),102,MPI_COMM_WORLD,&status);
		/*接收来自下边(row+1,col)的数据，并将当前矩阵发送给上边(row-1,col)的进程*/
		MPI_Sendrecv(B,buf_B_size,MPI_INT,get_index(cur_row-1,cur_col,root),103,
			     buf_B,buf_B_size,MPI_INT,get_index(cur_row+1,cur_col,root),103,MPI_COMM_WORLD,&status);
		/*elapsed_time=MPI_Wtime()-elapsed_time;
		passdata_time+=elapsed_time;*/
		memcpy(B,buf_B,buf_B_size*sizeof(int));/*将buf_B中的数据拷贝至B中*/
		memcpy(A,buf_A,buf_A_size*sizeof(int));/*将buf_A中的数据拷贝至A中*/

	}
	/*将计算结果发送给数组C*/
	MPI_Send(C,row_a*col_b,MPI_INT,0,104,MPI_COMM_WORLD);

	printf("proc:%d, passdata time:%lf    multiply time:%lf\n",myid,passdata_time,multiply_time);
}

void gather_matrix(int *fstream,int n1,int n3,int*C,int root,FILE*fhc){
	MPI_Status status;
	int rows=(n1+root-1)/root;
	int cols=(n3+root-1)/root;
	int* tmp_matrix=(int*)malloc(rows*cols*sizeof(int));
	int i,j;

	for(i=0;i<root;i++){
		for(j=0;j<root;j++){
			int p,q;
			int imin=i*rows*n3;
			int jmin=j*cols;
			memset(tmp_matrix,0,sizeof(tmp_matrix));
			/*接收来自各个进程的数据*/
			MPI_Recv(tmp_matrix,rows*cols,MPI_INT,i*root+j,104,MPI_COMM_WORLD,&status);
			/*printf("I am passed proc:%d \n",i*root+j);*/
			/*将接收的矩阵tmp拼接到矩阵C中去，需要按照合理顺序拼接，否则结果会出错*/
			for(p=0;p<rows;p++,imin+=n3){
				for(q=0;q<cols;q++){
					fstream[imin+jmin+q]=tmp_matrix[p*cols+q];
					/*printf("%d ",((int*)fstream)[imin+jmin+q]);*/
				}
				/*printf("\n");*/
			}
		}
	}

	/*将结果打印到文件中*/
	for(i=0;i<n1;i++){
		for(j=0;j<n3;j++){
			fprintf(fhc,"%d ",fstream[i*n3+j]);
		}
		fprintf(fhc,"\n");
	}
}

int main(int argc,char**argv){
	int myid,numprocs;
	int i,j;
	MPI_Status status;
	int root=0;
	int dim[3];
	double elapsed_time=0;
	int max_rows_a,max_cols_a,max_rows_b,max_cols_b;
	int buf_A_size,buf_B_size,buf_C_size;
	FILE* fhc;
	/*suppose A:n1*n2 ,B:n2*n3;n1,n2,n3 are read from input file*/
	int n1,n2,n3;
	/*buffer for matrix A,B,C will be shifted ,so they each have two buffer*/
	int *A,*B,*C,*buf_A,*buf_B;

	/*on proc0,buffers to cache matrix files of A,B and C*/
	int *fstream_a=NULL,*fstream_b=NULL,*fstream_c=NULL;
	MPI_Init(&argc,&argv);/*初始化*/
	MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD,&myid);/*获取当前进程ID*/
	MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD,&numprocs);/*获取全部进程数量*/

	root=sqrt(numprocs);
	if(numprocs!=root*root){
		/*如果进程总数不是平方数，则结束程序*/
		printf("process number must be a squre!\n");
		exit(-1);
	}

	/*on proc0,preprocess the command line,read in file
	 for A,B and put their sizes in dim[]*/
	if(myid==0){
		FILE *file_a,*file_b,*file_c;
		int n1,n2,n3;
		int i,j;
		file_a=fopen(argv[1],"r");/*打开文件a，文件名从运行时给的参数中获得*/
		file_b=fopen(argv[2],"r");/*打开文件b，文件名从运行时给的参数中获得*/
		fscanf(file_a,"%d %d",&n1,&n2);/*从文件a中读取矩阵A的行数，列数*/
		fscanf(file_b,"%d %d",&n2,&n3);/*从文件b中读取矩阵B的行数，列数*/

		dim[0]=n1,dim[1]=n2,dim[2]=n3;
		fstream_a=(int*)malloc(n1*n2*sizeof(int));/*分配一块内存，用于将矩阵A读入内存*/
		fstream_b=(int*)malloc(n2*n3*sizeof(int));/*分配一块内存，用于将矩阵B读入内存*/
		/*printf("Yeah! I got n1=%d,n2=%d,n3=%d\n",n1,n2,n3);*/
		/*读入矩阵A，保存在fstream_a中*/
		for(i=0;i<n1;i++)
			for(j=0;j<n2;j++)
			fscanf(file_a,"%d",&((int*)fstream_a)[i*n2+j]);
		/*读入矩阵B，保存在fstream_b中*/
		for(i=0;i<n2;i++)
			for(j=0;j<n3;j++)
				fscanf(file_b,"%d",&((int*)fstream_b)[i*n3+j]);
	}
	/*将矩阵的行数，列数通过Bcast广播给所有进程*/
	MPI_Bcast(dim,3,MPI_INT,0,MPI_COMM_WORLD);
	n1=dim[0],n2=dim[1],n3=dim[2];

	/*begin new version*/

	max_rows_a=(n1+root-1)/root;/*子矩阵块A的行数*/
	max_cols_a=(n2+root-1)/root;/*子矩阵块A的列数*/
	max_rows_b=max_cols_a;      /*子矩阵块B的行数*/
	max_cols_b=(n3+root-1)/root;/*子矩阵块B的列数*/
	buf_A_size=max_rows_a*max_cols_a;/*子矩阵块A的大小*/
	buf_B_size=max_rows_b*max_cols_b;/*子矩阵块B的大小*/
	buf_C_size=max_rows_a*max_cols_b;/*子矩阵块C的大小*/

	/*给A,，buf_A,buf_B,B,C分配内存空间，其中buf_A,buf_B用于通讯中的缓存*/
	A=(int*)malloc(sizeof(int)*buf_A_size);
	buf_A=(int*)malloc(sizeof(int)*buf_A_size);
	B=(int*)malloc(sizeof(int)*buf_B_size);
	buf_B=(int*)malloc(sizeof(int)*buf_B_size);
	C=(int*)malloc(sizeof(int)*buf_C_size);
	if(A==NULL||buf_A==NULL||B==NULL||buf_B==NULL||C==NULL)
	{
		/*如果内存申请失败，就退出*/
		printf("Memory allocation failed!\n");
		exit(-1);
	}

	/*proc 0 scatter A,B to other procs in a 2D block distribution fashion*/
	if(myid==0){
		/*printf("max_rows_a:%d\n",max_rows_a);
		printf("max_cols_a:%d\n",max_cols_a);
		printf("max_rows_b:%d\n",max_rows_b);
		printf("max_cols_b:%d\n",max_cols_b);*/
		/*进程0 将矩阵A，B划分成小块，分发给其他进程*/
		scatter_matrix((int*)fstream_a,n1,n2,A,root,100);
		/*printf("I am debuging!\n");*/
		scatter_matrix((int*)fstream_b,n2,n3,B,root,101);
		/*printf("I am finding fault!\n");*/
	}else{
		/*其他进程接收来自进程0 发送的矩阵A,B*/
		MPI_Recv(A,max_rows_a*max_cols_a,MPI_INT,0,100,MPI_COMM_WORLD,&status);
		MPI_Recv(B,max_rows_b*max_cols_b,MPI_INT,0,101,MPI_COMM_WORLD,&status);
	}

	MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD);/*等待全部进程完成数据接收工作。*/

	/*printf("I am proc %d\n",myid);
	for(i=0;i<max_rows_a;i++){
		printf("%d:      ",myid);
		for(j=0;j<max_cols_a;j++){
			printf("%d ",A[i*max_cols_a+j]);
		}
		printf("\n");
	}
	printf("I am proc %d\n",myid);
	for(i=0;i<max_rows_b;i++){
		printf("%d:      ",myid);
		for(j=0;j<max_cols_b;j++){
			printf("%d ",B[i*max_cols_b+j]);
		}
		printf("\n");
	}*/

	/*compute C=A*B by Cannon algorithm*/
	/*矩阵块必须定位对齐，先做预处理*/
	shuffle(A,buf_A,buf_A_size,B,buf_B,buf_B_size,root,myid);
	elapsed_time=MPI_Wtime();
	/*包含cannon全部内容*/
	cannon(A,buf_A,buf_A_size,B,buf_B,buf_B_size,
		C,buf_C_size,max_rows_a,max_cols_a,max_cols_b,root,myid);
	MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD);
	elapsed_time=MPI_Wtime()-elapsed_time;/*统计cannon算法实际耗时*/

	MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD);/*等待所有进程完成cannon算法，将结果发送给进程0*/

	int fsize_c=sizeof(int)*n1*n3;
	if(myid==0){
		/*进程0创建文件写句柄，准备将计算结果写入文件中*/
		if(!(fhc=fopen(argv[3],"w"))){
			printf("Cant't open file %s\n",argv[3]);
			MPI_Finalize();
		}
		fstream_c=(int*)malloc(fsize_c);
		/*进程0 接收来自各个进程的结果矩阵，拼接成一个完整的结果，写入文件，持久化数据结果*/
		gather_matrix(fstream_c,n1,n3,C,root,fhc);
	}

	MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD);    /*make sure proc 0 read all it needs*/

	if(myid==0){
		int i,j;
		printf("Cannon algorithm :multiply a %d* %d with a %d*%d, use %lf(s)\n",
			n1,n2,n2,n3,elapsed_time);
		/*printf("I have finished!\n");*/
		fclose(fhc);/*关闭文件读写句柄*/
		/*释放申请的内存空间*/
		free(fstream_a);
		free(fstream_b);
		free(fstream_c);
	}

	/*释放申请的内存空间*/
	free(A);free(buf_A);
	free(B);free(buf_B);
	free(C);
	MPI_Finalize();
	return 0;
}