pasa的安装

介绍：

http://pasapipeline.github.io/

参考别人的安装教程：http://sihua.us/pasa.htm

软件下载：

https://github.com/PASApipeline/PASApipeline/releases

第一步：安装pasa

tar -zxvf PASApipeline-2.0.2.tar.gz

cd PASApipeline-2.0.2

make

pasa在bin目录下，你可以复制到/usr/local/bin下面

第二步：创建mysql的两个用户，一个只读，一个所有权限

见博客mysql用户创建

第三步：编辑pasa的配置文件

cd /home/cmiao/PASApipeline-2.0.2/pasa_conf

cp pasa.CONFIG.template conf.txt

vi conf.txt

修改好后，保存退出。其他的文件不用修改！

第四步（如果运行augustus提示PASAHOME NOT DIFINED时才执行此步）

vi ~/.bash_profile

export PASAHOME=$HOME/PASApipeline-2.0.2

source ~/.bash_profile

在 ~/PASApipeline-2.0.2/seqclean/目录下：

mdust.tar.gz

psx.tar.gz

seqclean.tar.gz

trimpoly.tar.gz

这几个文件都没有解压。需要手动解压一下，因为seqclean在augustus训练中要用。不解压的话augustus会提示没有seqclean程序而断掉。

tar -zxvf mdust.tar.gz

tar -zxvf psx.tar.gz

tar -zxvf seqclean.tar.gz

tar -zxvf trimpoly.tar.gz

make

make insatll

将各自目录下的可执行程序

~/PASApipeline-2.0.2/seqclean/mdust/mdust

~/PASApipeline-2.0.2/seqclean/psx/psx

~/PASApipeline-2.0.2/seqclean/seqclean/seqclean

~/PASApipeline-2.0.2/seqclean/trimpoly/trimpoly

~/PASApipeline-2.0.2/bin/slclust

都复制到/usr/local/bin里面!

freemao

FAFU